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- PDB-6t3o: Crystal structure of the human myomesin domain 10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3o
タイトルCrystal structure of the human myomesin domain 10
要素Myomesin-1
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / small protein domain / scaffold structure
機能・相同性
機能・相同性情報


extraocular skeletal muscle development / striated muscle myosin thick filament / protein kinase A signaling / M band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / positive regulation of protein secretion / kinase binding / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Myomesin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Duskova, J. / Petrokova, H. / Maly, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_025/0007397 チェコ
引用ジャーナル: Virulence / 年: 2021
タイトル: Myomedin scaffold variants targeted to 10E8 HIV-1 broadly neutralizing antibody mimic gp41 epitope and elicit HIV-1 virus-neutralizing sera in mice.
著者: Kuchar, M. / Kosztyu, P. / Daniel Liskova, V. / Cerny, J. / Petrokova, H. / Vroblova, E. / Maly, M. / Vankova, L. / Krupka, M. / Raskova Kafkova, L. / Turanek Knotigova, P. / Duskova, J. / ...著者: Kuchar, M. / Kosztyu, P. / Daniel Liskova, V. / Cerny, J. / Petrokova, H. / Vroblova, E. / Maly, M. / Vankova, L. / Krupka, M. / Raskova Kafkova, L. / Turanek Knotigova, P. / Duskova, J. / Dohnalek, J. / Masek, J. / Turanek, J. / Raska, M. / Maly, P.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myomesin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4372
ポリマ－15,3951
非ポリマー421
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area6670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.599, 58.599, 62.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

AZI

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要素

#1: タンパク質 Myomesin-1 / 190 kDa connectin-associated protein / 190 kDa titin-associated protein / Myomesin family member 1


分子量: 15395.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52179
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M citrate/phosphate buffer pH 5.4, 30 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.85 Å / Num. all: 55419 / Num. obs: 10591 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.031 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 2.5 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3310 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.408 / Rrim(I) all: 0.706 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y23

2y23


解像度: 1.8→42.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / SU B: 5.418 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 -5 %
Rwork0.1983 --
obs0.20471 10572 99.33 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数908 0 3 87 998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.013932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.018873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9951.6481246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5211.5872037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5475110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96824.44454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.21615185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.221154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8072.451437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8022.447436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.473.672545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4683.676546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1992.705494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.192.692492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3343.959699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.39947.4954122
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.32246.6434041
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 -5 %
Rwork0.289 765 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0084-0.0988-0.04461.63661.90055.9911-0.02010.0025-0.01710.3432-0.19710.25070.6573-0.15120.21710.1807-0.06440.10980.1498-0.04450.177214.3048-0.00219.4933
21.98310.0451-0.04082.59422.01892.6367-0.003-0.29630.19830.2407-0.39010.32670.219-0.3110.39320.082-0.06030.05030.1965-0.11770.1514.25698.934819.6684
31.8106-0.0185-4.47891.1014-0.641511.806-0.22-0.1833-0.01470.17230.07680.05880.42480.26030.14320.0910.03010.02270.1248-0.0490.09622.45745.556625.6296
46.29152.57992.91143.91952.37684.8334-0.09610.20.1473-0.23310.02030.3189-0.0690.14650.07570.04680.00980.00940.02380.01620.103817.00753.56271.5526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3A98 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4A109 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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