[日本語] English
万見
- PDB-6t3l: PAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans phytochrome in dark... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3l
タイトルPAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans phytochrome in dark state
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Photosensor / Phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Claesson, E. / Takala, H. / Yuan Wahlgren, W. / Pandey, S. / Schmidt, M. / Westenhoff, S.
資金援助 スウェーデン, 日本, フィンランド, 4件
組織認可番号国
European Research Council279944 スウェーデン
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Academy of Finland285461 フィンランド
Academy of Finland296135 フィンランド
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The primary structural photoresponse of phytochrome proteins captured by a femtosecond X-ray laser.
著者: Claesson, E. / Wahlgren, W.Y. / Takala, H. / Pandey, S. / Castillon, L. / Kuznetsova, V. / Henry, L. / Panman, M. / Carrillo, M. / Kubel, J. / Nanekar, R. / Isaksson, L. / Nimmrich, A. / ...著者: Claesson, E. / Wahlgren, W.Y. / Takala, H. / Pandey, S. / Castillon, L. / Kuznetsova, V. / Henry, L. / Panman, M. / Carrillo, M. / Kubel, J. / Nanekar, R. / Isaksson, L. / Nimmrich, A. / Cellini, A. / Morozov, D. / Maj, M. / Kurttila, M. / Bosman, R. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Fangjia, L. / Iwata, S. / Owada, S. / Moffat, K. / Groenhof, G. / A Stojkovic, E. / A Ihalainen, J. / Schmidt, M. / Westenhoff, S.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_related_exp_data_set
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Bacteriophytochrome
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6304
ポリマ－74,4592
非ポリマー1,1712
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.980, 116.690, 117.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37229.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 4.95
詳細: 60 mM Sodium Acetate, 3.3% PEG400, 1 mM DTT, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月12日
放射モノクロメーター: graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→45.87 Å / Num. obs: 52060 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 461.35 % / CC1/2: 0.99 / R split: 0.0579 / Net I/σ(I): 9.21
反射 シェル解像度: 2.07→2.1 Å / 冗長度: 65.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 2052 / CC1/2: 0.33 / R split: 1.2005 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: grease jet / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: Superlube

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystFELデータ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K5B

5k5b


解像度: 2.07→45.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 4.02 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1698 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.145
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 2297 5.2 %RANDOM
Rwork0.1611 ---
obs0.1627 41872 93.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 184.06 Å2 / Biso mean: 76.469 Å2 / Biso min: 50.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å2-0 Å20 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4794 0 86 145 5025
Biso mean--64.7 70.55 -
残基数----628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9997036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.904311279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0075646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64523.27211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8115759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.0311538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021138
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 133 -
Rwork0.346 2517 -
all-2650 -
obs--77.39 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る