PDB-6t3j: Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t3j

タイトル

Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies

要素

IgG1-hDR5-01-Heavy Chain
IgG1-hDR5-01-Light Chain
IgG1-hDR5-05-Heavy Chain
IgG1-hDR5-05-Light Chain
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

キーワード

APOPTOSIS / DR5 / ANTIBODY

機能・相同性

機能・相同性情報

TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Tauchert, M.J. / Augustin, M. / Krapp, S. / Overdijk, M.B. / Breij, E.C.W. / Hibbert, R.G.

引用

ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2020
タイトル: Dual Epitope Targeting and Enhanced Hexamerization by DR5 Antibodies as a Novel Approach to Induce Potent Antitumor Activity Through DR5 Agonism.
著者: Overdijk, M.B. / Strumane, K. / Beurskens, F.J. / Ortiz Buijsse, A. / Vermot-Desroches, C. / Vuillermoz, B.S. / Kroes, T. / de Jong, B. / Hoevenaars, N. / Hibbert, R.G. / Lingnau, A. / ...

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb6t3j.ent.gz	640.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t3j_validation.pdf.gz	502.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t3j_full_validation.pdf.gz	516.4 KB	表示
XML形式データ	6t3j_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	6t3j_validation.cif.gz	94.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6wxv-d 4j1r-d 4fip-d 1u0w-d 850 4ffz-d 21964 4abn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#21 - 2001年9月
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)

登録構造単位

A: IgG1-hDR5-01-Heavy Chain

B: IgG1-hDR5-01-Light Chain

C: IgG1-hDR5-05-Heavy Chain

D: IgG1-hDR5-05-Light Chain

E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

F: IgG1-hDR5-01-Heavy Chain

G: IgG1-hDR5-01-Light Chain

H: IgG1-hDR5-05-Heavy Chain

I: IgG1-hDR5-05-Light Chain

J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

223 kDa, 10 ポリマー
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1

A: IgG1-hDR5-01-Heavy Chain

B: IgG1-hDR5-01-Light Chain

C: IgG1-hDR5-05-Heavy Chain

D: IgG1-hDR5-05-Light Chain

E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

登録者が定義した集合体
112 kDa, 5 ポリマー
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2

F: IgG1-hDR5-01-Heavy Chain

G: IgG1-hDR5-01-Light Chain

H: IgG1-hDR5-05-Heavy Chain

I: IgG1-hDR5-05-Light Chain

J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

登録者が定義した集合体
112 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.604, 90.926, 138.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.790, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	A	A	1 - 219	1 - 219
2	1	GLN	GLN	LYS	LYS	C	C	1 - 219	1 - 219
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	A	A	1 - 219	1 - 219
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	1 - 219	1 - 219
1	3	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	2 - 218	2 - 218
2	3	VAL	VAL	PRO	PRO	H	H	2 - 218	2 - 218
1	4	GLU	GLU	ARG	ARG	B	B	1 - 211	1 - 211
2	4	ASP	ASP	ARG	ARG	D	D	1 - 210	1 - 210
1	5	GLU	GLU	ARG	ARG	B	B	1 - 211	1 - 211
2	5	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 211	1 - 211
1	6	GLU	GLU	ARG	ARG	B	B	1 - 211	1 - 211
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	I	I	1 - 210	1 - 210
1	7	GLN	GLN	LYS	LYS	C	C	1 - 219	1 - 219
2	7	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	1 - 219	1 - 219
1	8	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	2 - 218	2 - 218
2	8	VAL	VAL	PRO	PRO	H	H	2 - 218	2 - 218
1	9	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	1 - 209	1 - 209
2	9	GLU	GLU	ASN	ASN	G	G	1 - 210	1 - 210
1	10	ASP	ASP	ARG	ARG	D	D	1 - 210	1 - 210
2	10	ASP	ASP	ARG	ARG	I	I	1 - 210	1 - 210
1	11	SER	SER	GLU	GLU	E	E	74 - 182	17 - 125
2	11	SER	SER	GLU	GLU	J	J	74 - 182	17 - 125
1	12	VAL	VAL	PRO	PRO	F	F	2 - 218	2 - 218
2	12	VAL	VAL	PRO	PRO	H	H	2 - 218	2 - 218
1	13	GLU	GLU	ASN	ASN	G	G	1 - 210	1 - 210
2	13	ASP	ASP	ASN	ASN	I	I	1 - 209	1 - 209

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

#1: 抗体	IgG1-hDR5-01-Heavy Chain 分子量: 25099.020 Da / 分子数: 2 / 断片: >#FRAGMENT#< / 変異: G56T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	IgG1-hDR5-01-Light Chain 分子量: 23436.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	IgG1-hDR5-05-Heavy Chain 分子量: 25108.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	IgG1-hDR5-05-Light Chain 分子量: 23385.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B / Death receptor 5 / TNF-related apoptosis-inducing ligand receptor 2 / TRAIL-R2 分子量: 14663.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: TNFRSF10B, DR5, KILLER, TRAILR2, TRICK2, ZTNFR9, UNQ160/PRO186 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14763
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.82 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% (w/v) PEG 4000 200 mM ammonium sulphate 100 mM Sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→134.41 Å / Num. obs: 55388 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 79.206 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 1.057 / Net I/σ(I): 10.69
反射シェル	解像度: 3.05→3.3 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 11644 / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.024 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.05→134.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 63.398 / SU ML: 0.482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.447
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2819	534	1 %	RANDOM
R_work	0.2505	-	-	-
obs	0.2508	54854	98.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 691.7 Å² / B_iso mean: 134.398 Å² / B_iso min: 40.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2 Å²	-0 Å²	0.27 Å²
2-	-	-2.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.05→134.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14837	0	0	0	14837
残基数	-	-	-	-	1942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	14932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	13336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.943	20376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.147	3	30820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.35	5	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.969	24.485	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.687	15	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.897	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3324

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5693	0.1
1	2	C	5693	0.1
2	1	A	6206	0.1
2	2	F	6206	0.1
3	1	A	5746	0.1
3	2	H	5746	0.1
4	1	B	5178	0.12
4	2	D	5178	0.12
5	1	B	6224	0.09
5	2	G	6224	0.09
6	1	B	5264	0.12
6	2	I	5264	0.12
7	1	C	5502	0.12
7	2	F	5502	0.12
8	1	C	6434	0.06
8	2	H	6434	0.06
9	1	D	4917	0.13
9	2	G	4917	0.13
10	1	D	6200	0.07
10	2	I	6200	0.07
11	1	E	2930	0.12
11	2	J	2930	0.12
12	1	F	5404	0.12
12	2	H	5404	0.12
13	1	G	5033	0.12
13	2	I	5033	0.12

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.483	30	-
R_work	0.403	4031	-
all	-	4061	-
obs	-	-	97.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.008	-1.5768	1.5883	1.7562	-0.2582	5.8887	0.2041	0.573	0.2227	-0.7693	-0.236	-0.5074	-0.0332	0.0437	0.0319	0.5019	-0.0203	0.3199	0.1578	0.0348	0.7883	10.365	-13.656	42.746
2	2.2125	-1.2238	0.4083	6.307	1.3775	4.9796	-0.0546	0.5258	0.3571	-0.9628	-0.0775	-0.0843	-0.2526	0.2574	0.1321	0.6966	-0.084	0.2174	0.6521	0.0031	0.7131	0.945	11.174	19.098
3	1.5677	-2.7382	0.771	7.2634	-2.0435	1.7925	-0.1467	-0.1116	-0.1276	-0.1425	0.1256	-0.027	0.0018	-0.3653	0.0211	0.0866	0.0181	0.1094	0.2236	-0.0299	0.5107	-3.898	-0.914	53.915
4	1.4444	-0.1104	-0.8963	2.0435	2.2504	7.1934	-0.0094	0.7586	-0.1591	-0.7772	-0.1722	0.3396	0.324	-0.5989	0.1815	0.678	0.0935	0.0089	0.6761	-0.0514	0.7265	-14.837	9.074	20.438
5	3.6526	1.0594	0.238	6.1321	3.0974	3.1031	0.0556	-0.3102	0.2984	-0.2004	0.0172	-0.5391	-0.6007	0.4658	-0.0727	0.2795	-0.127	0.0846	0.4289	-0.0298	0.7962	-4.434	-0.61	93.646
6	3.5894	2.9948	0.5514	3.1829	0.1651	3.6958	0.0008	-0.7425	-0.4187	0.7444	-0.2103	-0.4256	-0.1748	-0.335	0.2095	0.9964	0.1448	-0.078	0.9074	-0.1058	1.2685	-10.207	11.136	127.712
7	4.1704	-1.9374	-0.2787	5.4117	0.8248	4.7765	0.0227	-0.5238	0.356	0.3608	-0.2693	0.6138	-0.3352	-0.3656	0.2467	0.1725	-0.0889	0.0929	0.2493	-0.1273	0.7035	-25.984	-3.899	96.92
8	6.121	3.25	0.4976	2.9887	0.7035	2.7795	-0.1179	-0.2513	1.2291	0.4549	0.1163	0.0098	-0.6244	0.0647	0.0017	1.0281	0.0887	0.0796	0.7497	-0.2243	1.2756	-22.065	20.878	123.374
9	6.6328	2.2343	-2.9959	1.0385	-0.6804	2.3967	0.1628	-0.0673	0.1715	0.1365	-0.0228	-0.1843	-0.1894	0.2782	-0.14	0.2225	0.002	-0.0168	0.1686	0.0522	0.7985	5.544	-19.996	73.563
10	4.2828	-0.7722	-2.9644	0.7342	-0.4421	6.2489	0.4515	0.6278	-0.1947	-0.539	-0.1952	0.1667	0	0.2226	-0.2563	0.4772	0.0435	-0.0419	0.2111	-0.0415	0.7762	18.818	50.6	42.2
11	0.9287	0.3709	-1.5725	5.9982	0.3923	2.9767	-0.0959	0.3788	-0.2578	-1.5981	-0.1282	0.5927	0.079	-0.5024	0.2241	1.0557	0.2652	-0.3361	1.1434	-0.2608	1.3736	30.06	27.345	17.082
12	2.9478	-2.2899	-1.0503	7.4698	0.9356	2.0562	0.0244	-0.0237	-0.0678	0.1241	-0.0132	-0.0219	0.1514	0.4452	-0.0113	0.0198	0.0341	0.0208	0.2536	-0.0421	0.5876	32.335	36.93	53.289
13	1.0852	1.1562	0.0411	3.1431	-3.2182	7.4746	-0.2249	0.7924	-0.0837	-0.756	0.0122	-0.3919	-0.2294	0.9263	0.2127	0.8669	0.4211	0.0904	1.1649	-0.1089	0.9713	45.397	29.153	19.662
14	1.2724	2.1743	-1.1681	4.081	-2.3734	1.6171	0.3251	-0.2133	-0.057	0.0865	-0.051	0.636	0.5621	-0.2165	-0.2741	1.8861	-0.1855	0.1628	1.1739	0.516	2.6867	30.347	38.069	96.924
15	0.0204	-0.0024	-0.0132	0.0015	-0.0007	0.0219	-0.101	-0.0581	-0.1699	0.0052	0.0608	0.0093	0.2022	-0.0785	0.0403	2.2473	-0.1933	-0.3495	2.6172	0.1252	2.4285	34.955	28.572	131.662
16	6.2403	-3.8473	1.4866	9.985	-3.5054	2.9485	-0.0905	-0.694	-0.7001	0.9802	-0.1519	0.4862	0.3277	0.2931	0.2423	0.7973	0.1646	0.1363	0.8184	0.2095	1.3511	51.986	40.827	100.351
17	0.0461	0.08	-0.0315	0.3969	-0.1708	0.106	0.1595	-0.2285	0.1099	-0.032	-0.2243	0.3289	-0.0893	0.0718	0.0647	2.2173	-0.1319	0.1447	2.085	0.178	2.1446	46.565	18.143	128.446
18	7.0658	2.5723	3.37	1.4717	1.0909	3.5014	0.0699	0.1972	-0.3384	0.092	0.0455	-0.0377	0.0582	0.0472	-0.1155	0.1952	0.0419	0.1761	0.1165	-0.0004	0.7434	23.063	56.033	73.993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	109 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	118 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	107 - 210
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	73 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	1 - 119
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	120 - 219
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	1 - 108
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	109 - 213
14	X-RAY DIFFRACTION	14	H	2 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	118 - 219
16	X-RAY DIFFRACTION	16	I	1 - 106
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	107 - 210
18	X-RAY DIFFRACTION	18	J	74 - 183

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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