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- PDB-6t3h: Structure of the Rap conjugation gene regulator of the plasmid pL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3h
タイトルStructure of the Rap conjugation gene regulator of the plasmid pLS20 in apo form
要素Response regulator aspartate phosphatase
キーワードTRANSCRIPTION / Response regulator / conjugation
機能・相同性response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Response regulator aspartate phosphatase
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.039 Å
データ登録者Crespo, I. / Bernardo, N. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-77883-C2-2-P スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-77883-C2-2-P スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessFIS2015-72574-EXP スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Inactivation of the dimeric RappLS20 anti-repressor of the conjugation operon is mediated by peptide-induced tetramerization.
著者: Crespo, I. / Bernardo, N. / Miguel-Arribas, A. / Singh, P.K. / Luque-Ortega, J.R. / Alfonso, C. / Malfois, M. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _software.name
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator aspartate phosphatase
B: Response regulator aspartate phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0032
ポリマ－89,0032
非ポリマー00
水00
1
A: Response regulator aspartate phosphatase
B: Response regulator aspartate phosphatase

A: Response regulator aspartate phosphatase
B: Response regulator aspartate phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,0064
ポリマ－178,0064
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area66910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.790, 174.487, 49.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 9 through 364)
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 9 - 364 / Label seq-ID: 9 - 364

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 9 through 364)AA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Response regulator aspartate phosphatase


分子量: 44501.383 Da / 分子数: 2 / 変異: C-terminal His-tag / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: plasmid pLS20
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌)
遺伝子: rapA / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9RIY6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% Peg 6000, 0.1M Hepes pH 7. Protein concentration 10mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月16日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.039→87.2 Å / Num. obs: 18645 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 94.17 Å2 / CC1/2: 0.607 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.039→3.092 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 797 / CC1/2: 0.607 / Rpim(I) all: 0.615 / Rrim(I) all: 1.041 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJun 1, 2017データ削減
autoPROCstaraniso 1.0.4データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ulq

3ulq


解像度: 3.039→53.231 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 925 4.96 %
Rwork0.2013 --
obs0.2042 18639 95.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 284.67 Å2 / Biso mean: 95.4016 Å2 / Biso min: 27.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.039→53.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5961 0 0 0 5961
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7348250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3273626
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3256X-RAY DIFFRACTION14.843TORSIONAL
12B3256X-RAY DIFFRACTION14.843TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0393-3.19960.44561100.3237239691
3.1996-3.40.34091420.2582592100
3.4-3.66250.28181190.22229488
3.6625-4.03090.24021150.2038242292
4.0309-4.61390.2581600.1677259299
4.6139-5.81190.26121340.1978265198
5.8119-53.2310.22341450.1893276798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18250.29040.1270.61960.62741.3936-0.1237-0.40490.03850.7273-0.04261.45990.0568-0.2075-0.06480.4088-0.02730.31350.43210.04421.0178-26.14799.0851-5.1236
22.2593-0.0526-0.46521.3407-1.78782.53060.07410.4284-0.1447-0.2874-0.17270.07520.16850.1986-0.00120.58730.0452-0.06790.3646-0.09890.341-12.125727.129-26.0923
31.0459-1.30430.57431.9526-0.15831.5477-0.1368-0.35660.52420.0696-0.0471-0.1246-0.1189-0.6542-0.00010.41320.0484-0.0160.63560.02630.582-21.545150.4285-20.1781
40.2548-0.2593-0.0950.2679-0.08160.62480.05770.16160.2002-0.5584-0.0792-0.24730.12380.17240.00020.6872-0.0370.21050.4837-0.00970.898525.518912.7117-14.5841
52.0411-0.1598-0.31493.72191.15190.9049-0.169-0.4972-0.30080.09350.19340.1069-0.15620.103900.56060.0083-0.05230.57680.07250.35956.359131.99421.892
60.83460.5202-0.17331.2375-0.55742.2173-0.18150.2410.8346-0.1152-0.1620.1206-0.07390.8634-0.0010.5223-0.0248-0.11960.66170.01940.68489.52256.0111-7.0294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 9:114)A9 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 115:249)A115 - 249
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 250:365)A250 - 365
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resseq 9:100)B9 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resseq 101:247)B101 - 247
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 248:364)B248 - 364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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