PDB-6t2s: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t2s

タイトル

Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown

要素

Glycoside hydrolase family 16 protein

キーワード

HYDROLASE / Human gut microbiota / mucin degradation / O-glycanases / GH16 / endo beta-galactosidase

機能・相同性

Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / Glycoside hydrolase family 16 protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides finegoldii DSM 17565 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. ...

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown.
著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / ...

履歴

登録	2019年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年8月26日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t2s.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t2s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t2nC 6t2oC 6t2pC 6t2qC 6t2rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t2q-1 6t2q-2 6t2o-1 4crq-1 3wzg-d 4fva-1 4crq-2 5eyy-d 1t31-d 6t2p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Glycoside hydrolase family 16 protein

BBB: Glycoside hydrolase family 16 protein

CCC: Glycoside hydrolase family 16 protein

ヘテロ分子

84 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glycoside hydrolase family 16 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: Glycoside hydrolase family 16 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Glycoside hydrolase family 16 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.620, 156.620, 197.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 16 protein

分子量: 27444.811 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides finegoldii DSM 17565 (バクテリア)
遺伝子: DXB57_07550 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E5CV05

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1/a3-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.97 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 M lithuim chloride, 1 M sodium citrate pH 4.0 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→197.05 Å / Num. obs: 22156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 3.3→3.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4469 / CC_1/2: 0.679

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
GDA		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→135.637 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 52 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.452 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	1097	4.966 %
R_work	0.1991	-	-
all	0.202	-	-
obs	-	22092	99.937 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.885 Å²	-0.443 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.885 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.871 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→135.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5811	0	111	0	5922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	6099
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.026	1.665	8292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.273	1.602	12459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.151	5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.03	23.091	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.347	15	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.423	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.643	3.422	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.643	3.422	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.794	5.13	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.794	5.131	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.666	3.647	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.66	3.647	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.775	5.398	4686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.777	5.4	4687
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.792	39.025	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.792	39.037	6887

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.3-3.386	0.33	79	0.296	1520	0.297	1599	0.827	0.825	100	0.287
3.386-3.478	0.331	72	0.285	1495	0.287	1568	0.792	0.817	99.9362	0.271
3.478-3.579	0.381	80	0.274	1423	0.28	1504	0.778	0.816	99.9335	0.261
3.579-3.689	0.264	61	0.257	1405	0.257	1468	0.864	0.878	99.8638	0.238
3.689-3.81	0.295	66	0.231	1375	0.234	1442	0.863	0.89	99.9306	0.212
3.81-3.944	0.289	79	0.229	1306	0.233	1385	0.884	0.9	100	0.207
3.944-4.093	0.192	54	0.198	1274	0.198	1330	0.944	0.933	99.8496	0.175
4.093-4.259	0.23	67	0.166	1229	0.169	1296	0.936	0.953	100	0.147
4.259-4.449	0.181	70	0.145	1175	0.147	1245	0.958	0.963	100	0.127
4.449-4.666	0.165	52	0.123	1143	0.125	1195	0.963	0.972	100	0.108
4.666-4.918	0.212	53	0.13	1086	0.133	1139	0.944	0.97	100	0.113
4.918-5.215	0.228	37	0.14	1053	0.143	1090	0.948	0.969	100	0.124
5.215-5.575	0.249	51	0.152	963	0.157	1015	0.951	0.964	99.9015	0.136
5.575-6.021	0.171	51	0.161	904	0.161	955	0.961	0.962	100	0.145
6.021-6.594	0.222	58	0.18	829	0.183	887	0.953	0.953	100	0.16
6.594-7.37	0.238	54	0.154	757	0.16	811	0.952	0.962	100	0.14
7.37-8.506	0.248	41	0.168	685	0.172	727	0.943	0.958	99.8624	0.156
8.506-10.408	0.297	37	0.195	592	0.2	629	0.911	0.962	100	0.187
10.408-14.676	0.288	23	0.239	477	0.241	500	0.912	0.943	100	0.233
14.676-135.637	0.453	12	0.428	303	0.429	320	0.881	0.776	98.4375	1.105

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4773	0.4255	0.0902	2.7698	-0.4808	3.0111	0.0183	0.1866	-0.1635	-0.0686	0.0894	-0.087	0.057	0.3406	-0.1077	0.0535	0.0925	-0.0197	0.2046	-0.056	0.0224	62.5182	66.6687	134.772
2	6.1915	-3.7081	0.1221	5.6505	-0.7368	1.6105	-0.1511	-0.7201	0.0272	0.0053	0.355	-0.0019	0.1234	-0.1733	-0.2039	0.1916	0.0986	-0.0667	0.2603	0.0125	0.1103	51.9919	47.8577	101.3338
3	3.5966	-0.8224	-0.2117	2.7209	-0.4232	3.3312	-0.0072	-0.1498	0.3793	-0.0026	0.1871	-0.1679	-0.7031	0.376	-0.1799	0.4713	-0.0516	0.1484	0.1486	-0.128	0.21	47.043	90.1466	93.3782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	36 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	36 - 276
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	36 - 276

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