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- PDB-6t2b: Glycoside hydrolase family 109 from Akkermansia muciniphila in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t2b
タイトルGlycoside hydrolase family 109 from Akkermansia muciniphila in complex with GalNAc and NAD+.
要素Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / inverting / retaining
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolase 109, C-terminal domain / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / Glycosyl hydrolase family 109 protein 2 / Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Chaberski, E.K. / Fredslund, F. / Teze, D. / Shuoker, B. / Kunstmann, S. / Karlsson, E.N. / Hachem, M.A. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF10CC1016517 デンマーク
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: The Catalytic Acid-Base in GH109 Resides in a Conserved GGHGG Loop and Allows for Comparable alpha-Retaining and beta-Inverting Activity in an N-Acetylgalactosaminidase from Akkermansia muciniphila
著者: Teze, D. / Shuoker, B. / Chaberski, E.K. / Kunstmann, S. / Fredslund, F. / Nielsen, T.S. / Stender, E.G.P. / Peters, G.H.J. / Nordberg Karlsson, E. / Welner, D.H. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
B: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
C: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
D: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,98214
ポリマ－202,0554
非ポリマー3,92710
水22,4471246
1
A: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
C: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1858
ポリマ－101,0282
非ポリマー2,1586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA
2
B: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
D: Glycosyl hydrolase family 109 protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7976
ポリマ－101,0282
非ポリマー1,7694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.110, 182.640, 70.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.139, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILESERSER(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA34 - 439 - 18
12PROPROPROPRO(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA49 - 6324 - 38
13LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA6540
14ILEILEMETMET(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA68 - 8643 - 61
15VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA88 - 11463 - 89
16METMETLEULEU(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA116 - 13491 - 109
17GLUGLUMETMET(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA136 - 194111 - 169
18GLUGLUTHRTHR(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA196 - 237171 - 212
19GLYGLYHISHIS(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA239 - 302214 - 277
110TRPTRPGLUGLU(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA304 - 374279 - 349
111LYSLYSILEILE(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA378 - 394353 - 369
112LEULEUTHRTHR(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA397 - 399372 - 374
113METMETLEULEU(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA401 - 419376 - 394
114ASNASNASNASN(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA421396
115PROPROGLYGLY(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA424 - 449399 - 424
116PROPROVALVAL(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AA452 - 472427 - 447
117HOHHOHHOHHOH(chain 'A' and (resid 34 through 43 or resid 49...AO625
218ILEILESERSER(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB34 - 439 - 18
219PROPROPROPRO(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB49 - 6324 - 38
220LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB6540
221ILEILEMETMET(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB68 - 8643 - 61
222VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB88 - 11463 - 89
223METMETLEULEU(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB116 - 13491 - 109
224GLUGLUMETMET(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB136 - 194111 - 169
225GLUGLUTHRTHR(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB196 - 237171 - 212
226GLYGLYHISHIS(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB239 - 302214 - 277
227TRPTRPGLUGLU(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB304 - 374279 - 349
228LYSLYSILEILE(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB378 - 394353 - 369
229LEULEUTHRTHR(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB397 - 399372 - 374
230METMETLEULEU(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB401 - 419376 - 394
231ASNASNASNASN(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB421396
232PROPROGLYGLY(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB424 - 449399 - 424
233PROPROVALVAL(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BB452 - 472427 - 447
234HOHHOHHOHHOH(chain 'B' and (resid 34 through 43 or resid 49...BP625
335ILEILESERSER(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC34 - 439 - 18
336PROPROPROPRO(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC49 - 6324 - 38
337LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC6540
338ILEILEMETMET(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC68 - 8643 - 61
339VALVALSERSER(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC88 - 11463 - 89
340METMETLEULEU(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC116 - 13491 - 109
341GLUGLUMETMET(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC136 - 194111 - 169
342GLUGLUTHRTHR(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC196 - 237171 - 212
343GLYGLYHISHIS(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC239 - 302214 - 277
344TRPTRPGLUGLU(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC304 - 374279 - 349
345LYSLYSILEILE(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC378 - 394353 - 369
346LEULEUTHRTHR(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC397 - 399372 - 374
347METMETLEULEU(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC401 - 419376 - 394
348ASNASNASNASN(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC421396
349PROPROGLYGLY(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC424 - 449399 - 424
350PROPROVALVAL(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CC452 - 472427 - 447
351HOHHOHHOHHOH(chain 'C' and (resid 34 through 43 or resid 49...CQ625
452ILEILESERSER(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD34 - 439 - 18
453PROPROPROPRO(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD49 - 6324 - 38
454LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD6540
455ILEILEMETMET(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD68 - 8643 - 61
456VALVALSERSER(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD88 - 11463 - 89
457METMETLEULEU(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD116 - 13491 - 109
458GLUGLUMETMET(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD136 - 194111 - 169
459GLUGLUTHRTHR(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD196 - 237171 - 212
460GLYGLYHISHIS(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD239 - 302214 - 277
461TRPTRPGLUGLU(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD304 - 374279 - 349
462LYSLYSILEILE(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD378 - 394353 - 369
463LEULEUTHRTHR(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD397 - 399372 - 374
464METMETLEULEU(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD401 - 419376 - 394
465ASNASNASNASN(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD421396
466PROPROGLYGLY(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD424 - 449399 - 424
467PROPROVALVAL(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DD452 - 472427 - 447
468HOHHOHHOHHOH(chain 'D' and (resid 34 through 43 or resid 49...DR625

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Glycosyl hydrolase family 109 protein 2


分子量: 50513.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: CXU07_04960 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8I799, UniProt: B2UQL7*PLUS
#2: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1252分子

#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 15% PEG 2000 MME 0.1 mM sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.3799 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→70.87 Å / Num. obs: 92335 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.61
反射 シェル解像度: 2.13→2.201 Å / Num. unique obs: 7967 / CC1/2: 0.714

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
MxCuBEデータ収集
XDSMar 15, 2019 (BUILT 20190315)データ削減
XSCALEMar 15, 2019 (BUILT 20190315)データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IXA

2ixa


解像度: 2.13→70.87 Å / SU ML: 0.2205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.5572
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 1896 2.15 %
Rwork0.158 86261 -
obs0.1588 88157 93.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→70.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13566 0 262 1246 15074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003914223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.739519265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04562061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.21788351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.180.3001930.23294647X-RAY DIFFRACTION70.81
2.18-2.240.29081090.21765315X-RAY DIFFRACTION80.73
2.24-2.30.24451280.19855907X-RAY DIFFRACTION89.65
2.3-2.380.22551370.196047X-RAY DIFFRACTION92.08
2.38-2.460.23931500.18416151X-RAY DIFFRACTION94.06
2.46-2.560.24031250.17836238X-RAY DIFFRACTION94.69
2.56-2.680.23781450.17976273X-RAY DIFFRACTION95.88
2.68-2.820.23091450.18016384X-RAY DIFFRACTION96.98
2.82-30.20931440.17236461X-RAY DIFFRACTION98.06
3-3.230.18351430.1756483X-RAY DIFFRACTION98.53
3.23-3.550.19511480.16156524X-RAY DIFFRACTION99.43
3.55-4.070.16091470.13766585X-RAY DIFFRACTION99.75
4.07-5.120.15571420.11736612X-RAY DIFFRACTION99.88
5.12-70.870.16081400.13496634X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.11546668896-0.4014013874380.7348936217611.455721220640.4289956722322.026908783510.0179012286372-0.111874299279-0.3257726060620.02138266275240.06389858737790.03742689349360.132700254362-0.224790340458-0.06487544806790.291495973245-0.0841742765328-0.05679123123780.2501237320980.02265903039710.2262856521124.7426086575385.978392747510.7991740047
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 388 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 389 through 428 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 429 through 473 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 174 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 175 through 388 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 389 through 428 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 429 through 473 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 34 through 174 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 175 through 473 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 34 through 174 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 175 through 473 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る