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- PDB-6t1h: OXA-51-like beta-lactamase OXA-66 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1h
タイトルOXA-51-like beta-lactamase OXA-66
要素Beta-lactamase OXA-66
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / resistance protein / beta-lactamase / oxacillinase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Takebayashi, Y. / Chirgadze, D. / Henderson, S. / Warburton, P.J. / Evans, B.E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the OXA-51-like beta-lactamase OXA-66
著者: Takebayashi, Y. / Chirgadze, D. / Henderson, S. / Warburton, P. / Warburton, P.J. / Evans, B.E.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7763
ポリマ－30,6451
非ポリマー1312
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.544, 87.544, 90.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase OXA-66 / Beta-lactamase oxa66 / BlaOXA-66 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-66 / Carbapenem- ...Beta-lactamase oxa66 / BlaOXA-66 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-66 / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase OXA-66 / OXA-51 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-66 / OXA-66 / OXA-66 carbapenemase / Oxacillinase / Penicillin-binding protein


分子量: 30645.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: bla-oxa-66, bla(OXA-66), bla-oxa66, bla_1, bla_2, blaOXA-66, blaOxa-66, oxa-66, oxa66, AB719_14180, B9X91_20195, CEJ63_17380, E2535_07655, EJB02_15170, SAMEA104305229_04225, SAMEA104305337_09008
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58XD2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % / 解説: Octahedral
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5 22.85% (v/v) PEG MME 550 0.01 M ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月25日 / 詳細: kappa
放射モノクロメーター: confocal mirror monochromator, a kappa geometry goniometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.06 Å / Num. obs: 21092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 75.4 % / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 3.75
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 45.7 % / Num. unique obs: 2689 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.76 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PROTEUM2データ削減
PHENIX1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.772 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 1990 9.49 %
Rwork0.1881 --
obs0.1915 20960 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.23 Å2 / Biso mean: 27.15 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 2 229 2145
Biso mean--34.92 36.19 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8432653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3611173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1001-2.15260.29541400.247131699
2.1526-2.21080.27281360.24231334100
2.2108-2.27590.26011470.2215132099
2.2759-2.34930.2931390.23091319100
2.3493-2.43330.26511420.2201132899
2.4333-2.53070.24711310.2064132599
2.5307-2.64590.24451360.2126133899
2.6459-2.78530.24631430.191133199
2.7853-2.95980.22251430.19321356100
2.9598-3.18830.20711450.191355100
3.1883-3.5090.23621400.17971377100
3.509-4.01650.20181430.16741372100
4.0165-5.05910.17851490.1491395100
5.0591-43.7720.19811560.17981504100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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