ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SCALEPACK | | データスケーリング | PHENIX | 1.1 | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | PROTEUM2 | | データ削減 | PHENIX | 1.1 | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.772 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.13
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2236 | 1990 | 9.49 % |
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Rwork | 0.1881 | - | - |
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obs | 0.1915 | 20960 | 99.52 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 91.23 Å2 / Biso mean: 27.15 Å2 / Biso min: 10.91 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→43.772 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1914 | 0 | 2 | 229 | 2145 |
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Biso mean | - | - | 34.92 | 36.19 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 241 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 1961 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.843 | 2653 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.053 | 290 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 339 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d17.361 | 1173 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.1001-2.1526 | 0.2954 | 140 | 0.247 | 1316 | 99 | 2.1526-2.2108 | 0.2728 | 136 | 0.2423 | 1334 | 100 | 2.2108-2.2759 | 0.2601 | 147 | 0.2215 | 1320 | 99 | 2.2759-2.3493 | 0.293 | 139 | 0.2309 | 1319 | 100 | 2.3493-2.4333 | 0.2651 | 142 | 0.2201 | 1328 | 99 | 2.4333-2.5307 | 0.2471 | 131 | 0.2064 | 1325 | 99 | 2.5307-2.6459 | 0.2445 | 136 | 0.2126 | 1338 | 99 | 2.6459-2.7853 | 0.2463 | 143 | 0.191 | 1331 | 99 | 2.7853-2.9598 | 0.2225 | 143 | 0.1932 | 1356 | 100 | 2.9598-3.1883 | 0.2071 | 145 | 0.19 | 1355 | 100 | 3.1883-3.509 | 0.2362 | 140 | 0.1797 | 1377 | 100 | 3.509-4.0165 | 0.2018 | 143 | 0.1674 | 1372 | 100 | 4.0165-5.0591 | 0.1785 | 149 | 0.149 | 1395 | 100 | 5.0591-43.772 | 0.1981 | 156 | 0.1798 | 1504 | 100 |
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