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- PDB-6t1c: Structure of the C7S mutant of mosquitocidal Cyt1A protoxin obtai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1c
タイトルStructure of the C7S mutant of mosquitocidal Cyt1A protoxin obtained by Serial Femtosecond Crystallography on in vivo grown crystals at pH 7
要素Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin
キーワードTOXIN / Mosquitocidal toxin / in vivo grown nanocrystals
機能・相同性Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like superfamily / Bacillus thuringiensis toxin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / extracellular region / Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Young, I.D. / Boutet, S. / Coquelle, N. / Cascio, D. ...Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Young, I.D. / Boutet, S. / Coquelle, N. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Sauter, N.K. / Colletier, J.P.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0018-01 フランス
French National Research AgencyANR-2018-CE11-0005-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Serial femtosecond crystallography on in vivo-grown crystals drives elucidation of mosquitocidal Cyt1Aa bioactivation cascade.
著者: Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E.A. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Teulon, J.M. / Young, I.D. / Burke, N. / Grunewald, T.A. / Beaudouin, J. / Snigireva, I. / ...著者: Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E.A. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Teulon, J.M. / Young, I.D. / Burke, N. / Grunewald, T.A. / Beaudouin, J. / Snigireva, I. / Fernandez-Luna, M.T. / Burt, A. / Park, H.W. / Signor, L. / Bafna, J.A. / Sadir, R. / Fenel, D. / Boeri-Erba, E. / Bacia, M. / Zala, N. / Laporte, F. / Despres, L. / Weik, M. / Boutet, S. / Rosenthal, M. / Coquelle, N. / Burghammer, M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Winterhalter, M. / Gratton, E. / Gutsche, I. / Federici, B. / Pellequer, J.L. / Sauter, N.K. / Colletier, J.P.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3622
ポリマ－27,3391
非ポリマー231
水4,936274
1
BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin
ヘテロ分子

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7244
ポリマ－54,6782
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area6490 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.666, 65.666, 164.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-635-

HOH

21BBB-673-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin / 27 kDa cytolytic toxin


分子量: 27338.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C7S mutant of Cyt1Aa
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア)
遺伝子: cyt1Aa, cytA / Variant: C7S mutant
発現宿主: Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア)
Variant (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P0A382
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.51 % / 解説: ball-like crystals.
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell / pH: 7
詳細: In cell crystallization by recombinant expression in a Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain devoid of its pBt plasmid.

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 14420 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 65.8 % / CC1/2: 0.994 / R split: 0.125 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.97→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 877 / CC1/2: 0.178 / R split: 0.616
Serial crystallography measurementFocal spot size: 1.7 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 1000 µJ / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: MESH
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 7683 / Frames total: 18218 / Lattices indexed: 7754

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230 2018/03/05精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6t14

6t14


解像度: 2→14.838 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.195 / WRfactor Rwork: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.223 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 722 -
Rwork0.2116 13698 -
all0.214 --
obs-14420 96.681 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.001 Å20 Å20 Å2
2---0.001 Å20 Å2
3---0.002 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 1 276 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8151.632719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1175257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96926.29289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79615330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.481153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1920.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1350.298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4513.3141010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3344.971273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.753.435970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7825.0971445
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.03547.1773015
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0510.445500.421955105994.90090.393
2.051-2.1060.415470.39928101995.6820.355
2.106-2.1660.43490.33189398895.34410.303
2.166-2.2310.382460.32389498095.91840.286
2.231-2.3020.364450.29485493696.0470.259
2.302-2.3810.316440.29184893195.8110.244
2.381-2.4680.287430.26281088196.82180.227
2.468-2.5660.288410.26378685796.49940.223
2.566-2.6770.307410.2776182597.21210.23
2.677-2.8030.236390.24173780296.75810.201
2.803-2.9490.253380.21570276496.85860.183
2.949-3.120.318350.20867372397.92530.171
3.12-3.3250.223330.17763868697.81340.141
3.325-3.5760.25320.14960664698.76160.116
3.576-3.8950.259310.14557661099.50820.118
3.895-4.3180.174280.13152255499.2780.108
4.318-4.9170.183250.1364785031000.114
4.917-5.8630.219220.15342344699.77580.127
5.863-7.7110.231190.18235037199.46090.144
7.711-14.8380.206140.152642781000.121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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