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- PDB-6t1b: Crystal structure of YlmD from Geobacillus stearothermophilus in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1b
タイトルCrystal structure of YlmD from Geobacillus stearothermophilus in complex with inosine
要素YlmD
キーワードHYDROLASE / Purine metabolism / enzyme / deaminase / phosphorylase / nucleoside salvage / zinc-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-deoxyadenosine deaminase activity / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / adenosine deaminase / adenosine deaminase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
CNF1/YfiH-like putative cysteine hydrolases / CNF1/YfiH-like putative cysteine hydrolases / Multi-copper polyphenol oxidoreductase / Multi-copper polyphenol oxidoreductase superfamily / Multi-copper polyphenol oxidoreductase laccase / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINE / Purine nucleoside phosphorylase YlmD
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Reikine, S. / Modis, Y.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
Wellcome Trust217191/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust106260/Z/14/Z 英国
European Research Council (ERC)HORIZON2020/ERC 648889 英国
European Research Council (ERC)FP7/2007-2013 260961 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: FAMIN Is a Multifunctional Purine Enzyme Enabling the Purine Nucleotide Cycle.
著者: Cader, M.Z. / de Almeida Rodrigues, R.P. / West, J.A. / Sewell, G.W. / Md-Ibrahim, M.N. / Reikine, S. / Sirago, G. / Unger, L.W. / Iglesias-Romero, A.B. / Ramshorn, K. / Haag, L.M. / ...著者: Cader, M.Z. / de Almeida Rodrigues, R.P. / West, J.A. / Sewell, G.W. / Md-Ibrahim, M.N. / Reikine, S. / Sirago, G. / Unger, L.W. / Iglesias-Romero, A.B. / Ramshorn, K. / Haag, L.M. / Saveljeva, S. / Ebel, J.F. / Rosenstiel, P. / Kaneider, N.C. / Lee, J.C. / Lawley, T.D. / Bradley, A. / Dougan, G. / Modis, Y. / Griffin, J.L. / Kaser, A.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YlmD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3344
ポリマ－29,9351
非ポリマー3993
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.556, 48.483, 134.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 YlmD


分子量: 29934.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84138
#2: 化合物 ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン


分子量: 268.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 6000, 0.5 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日 / 詳細: Horizontal and vertical mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→45.62 Å / Num. obs: 85886 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.243 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 3.571 / Num. unique all: 8462 / Num. unique obs: 12741 / CC1/2: 0.377 / Rpim(I) all: 1.521 / Rrim(I) all: 3.889 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS11データ削減
PHASER1.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T8H

1t8h


解像度: 1.2→45.615 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1669 4212 4.95 %
Rwork0.1528 56728 -
obs0.1535 85564 69.4 %
all-8239 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.22 Å2 / Biso mean: 23.9947 Å2 / Biso min: 8.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→45.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2071 0 33 208 2312
Biso mean--35.16 32.85 -
残基数----271
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2-1.21970.2594270.274853614
1.2197-1.24070.2562340.266562316
1.2407-1.26330.2298330.249270918
1.2633-1.28760.2004430.243280921
1.2876-1.31390.2194570.225998826
1.3139-1.34240.2595660.2374126033
1.3424-1.37370.1892810.23149339
1.3737-1.4080.2374910.2253180547
1.408-1.44610.25391340.2169218557
1.4461-1.48860.23841620.2214311880
1.4886-1.53670.24582140.2151380999
1.5367-1.59160.20021840.19523878100
1.5916-1.65530.17432180.1733844100
1.6553-1.73070.17922150.16233901100
1.7307-1.82190.15772070.15633876100
1.8219-1.93610.15612000.14013896100
1.9361-2.08560.14251840.12913942100
2.0856-2.29540.13371960.13483936100
2.2954-2.62760.15432000.13953942100
2.6276-3.31030.14551880.14174015100
3.3103-45.610.17062230.14394163100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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