PDB-6t14: Native structure of mosquitocidal Cyt1A protoxin obtained by Seri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t14

タイトル

Native structure of mosquitocidal Cyt1A protoxin obtained by Serial Femtosecond Crystallography on in vivo grown crystals at pH 7

要素

Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

キーワード

TOXIN / Mosquitocidal toxin / in vivo grown nanocrystals

機能・相同性

Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like superfamily / Bacillus thuringiensis toxin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / extracellular region / Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Young, I.D. / Boutet, S. / Coquelle, N. / Cascio, D. ...

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Serial femtosecond crystallography on in vivo-grown crystals drives elucidation of mosquitocidal Cyt1Aa bioactivation cascade.
著者: Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E.A. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Teulon, J.M. / Young, I.D. / Burke, N. / Grunewald, T.A. / Beaudouin, J. / Snigireva, I. / ...

履歴

登録	2019年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t14.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t14.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t19C 6t1aC 6t1cC 3ronS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t1c-1 6t19-1 6t1a-1 4ras-2 1sj0-1 3nqp-2 3x0w-d 2iog-1 6zxx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

ヘテロ分子

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.781, 64.781, 164.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-618- HOH
2	1	BBB-644- HOH

#1: タンパク質	Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin / 27 kDa cytolytic toxin 分子量: 27354.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: nanocrystals were grown in vivo 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア) 遺伝子: cyt1Aa, cytA 発現宿主: Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア) Variant (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P0A382
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.91 % / 解説: Bipyramidal crystals
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: In cell crystallization by recombinant expression in a Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain devoid of its pBt plasmid.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 300 K / Ambient temp details: data collection in a vacuum chamber / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 17966 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 107.8 % / CC_1/2: 0.995 / R split: 0.125 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 17.96 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 898 / CC_1/2: 0.078 / R split: 0.877 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 1.7 µm² / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 1000 µJ / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: MESH
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 8462 / Frames total: 65473 / Lattices indexed: 8584

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230 2018/03/05	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ron

3ron

解像度: 1.86→26.549 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.161 / WR_factor R_work: 0.145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	845	-
R_work	0.2179	16099	-
all	0.22	-	-
obs	-	16944	94.254 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.014 Å²	-0.007 Å²	0 Å²
2-	-	-0.014 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.047 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→26.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	1	245	2128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.014	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.884	1.647	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.404	1.626	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.228	26.292	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.581	15	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.074	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	2.882	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.944	2.881	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.616	4.318	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.616	4.319	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.04	2.967	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.039	2.967	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.709	4.418	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.709	4.418	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.08	35.255	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.259	34.152	2092

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.86-1.908	0.452	59	0.499	1126	1293	91.6473	0.489
1.908-1.96	0.459	57	0.437	1043	1245	88.3534	0.423
1.96-2.017	0.43	56	0.378	1067	1228	91.4495	0.36
2.017-2.078	0.351	51	0.345	1049	1184	92.9054	0.314
2.078-2.146	0.34	55	0.307	1006	1153	92.0208	0.279
2.146-2.221	0.279	51	0.264	972	1113	91.9137	0.23
2.221-2.304	0.331	51	0.241	966	1087	93.5603	0.207
2.304-2.397	0.311	49	0.229	934	1051	93.53	0.191
2.397-2.503	0.287	48	0.225	897	1002	94.3114	0.186
2.503-2.624	0.225	44	0.223	871	964	94.917	0.186
2.624-2.764	0.317	44	0.219	849	925	96.5405	0.179
2.764-2.93	0.318	45	0.203	811	883	96.9422	0.159
2.93-3.13	0.257	39	0.191	758	828	96.256	0.15
3.13-3.377	0.199	37	0.17	716	780	96.5385	0.132
3.377-3.693	0.187	37	0.141	677	725	98.4828	0.11
3.693-4.119	0.214	33	0.149	635	672	99.4048	0.117
4.119-4.737	0.188	28	0.139	564	598	98.9967	0.108
4.737-5.756	0.153	24	0.16	487	520	98.2692	0.126
5.756-7.956	0.241	22	0.208	405	428	99.7664	0.168
7.956-26.549	0.124	15	0.171	266	285	98.5965	0.137

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関連情報:EMDBヘッダ

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