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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t11 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YTHDC1 with fragment 29 (DHU_DC1_218) | ||||||
![]() | YTHDC1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Fragment / Complex / YTHDC1 / Epitranscriptomic | ||||||
機能・相同性 | ![]() primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / spermatogenesis / in utero embryonic development / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bedi, R.K. / Huang, D. / Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selectively Disrupting m6A-Dependent Protein-RNA Interactions with Fragments. 著者: Bedi, R.K. / Huang, D. / Wiedmer, L. / Li, Y. / Dolbois, A. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E. / Caflisch, A. / Sledz, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6syzC ![]() 6sz1C ![]() 6sz2C ![]() 6sz3C ![]() 6sz7C ![]() 6sz8C ![]() 6szlC ![]() 6sznC ![]() 6szrC ![]() 6sztC ![]() 6szxC ![]() 6szyC ![]() 6t01C ![]() 6t02C ![]() 6t03C ![]() 6t04C ![]() 6t05C ![]() 6t06C ![]() 6t07C ![]() 6t08C ![]() 6t09C ![]() 6t0aC ![]() 6t0cC ![]() 6t0dC ![]() 6t0oC ![]() 6t0xC ![]() 6t0zC ![]() 6t10C ![]() 6t12C ![]() 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20967.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-O2A / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.28 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→40.7 Å / Num. obs: 52660 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.43 % / Biso Wilson estimate: 22.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.39 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.58 Å / Num. unique obs: 8126 / CC1/2: 0.728 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4r3h 解像度: 1.49→40.66 Å / SU ML: 0.2177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.798
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→40.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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