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- PDB-6t0j: Crystal structure of CYP124 in complex with SQ109 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t0j
タイトルCrystal structure of CYP124 in complex with SQ109
要素Methyl-branched lipid omega-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome / P450 / CYP / SQ109 / SQ / 109 / MmpL3 / tuberculosis / mycobacterium tuberculosis / antituberculosis / drug / substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-RWZ / Methyl-branched lipid omega-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Marin, E. / Varaksa, T. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.
資金援助 ロシア, Belarus, 3件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research20-54-00005 ロシア
Belarusian Republican Foundation for Fundamental ResearchB20R-061Belarus
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-00337-20-03 (FSMG-2020-0003) ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Hydroxylation of Antitubercular Drug Candidate, SQ109, by Mycobacterial Cytochrome P450.
著者: Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Grabovec, I. / Marin, E. / Shabunya, P. / Kadukova, M. / Grudinin, S. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Gilep, A. / Borshchevskiy, V. / Strushkevich, N.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月4日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 2.02021年2月17日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,50914
ポリマ－48,8391
非ポリマー1,67013
水13,475748
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.540, 75.110, 56.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyl-branched lipid omega-hydroxylase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4- ...Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25R)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 124 / Steroid C26-monooxygenase / Steroid C27-monooxygenase


分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp124, Rv2266, MTCY339.44c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

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非ポリマー , 7種, 761分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-RWZ / N-[(2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-yl]-N'-[(1R,3S,5R,7R)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-2-yl]ethane-1,2-diamine


分子量: 330.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H38N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.3 M Magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. obs: 162381 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.92-30728.919260.9970.05899.1
3.48-4.926.227.233400.9960.06196.5
2.84-3.486.723.844100.9960.07799.1
2.46-2.847.119.852100.9950.10499.2
2.2-2.466.816.758570.9920.12297.9
2.01-2.26.513.364140.9890.14797.6
1.86-2.016.810.670980.9850.18699.4
1.74-1.866.97.975840.9730.24799
1.64-1.7475.880880.9560.33498.9
1.56-1.646.34.482840.930.41596.2
1.48-1.566.73.588940.8880.53398.3
1.42-1.486.82.693510.8040.70698.9
1.36-1.426.9297500.7350.8798.6
1.32-1.366.71.699590.6831.02997.5
1.27-1.326.41.3103530.5591.25497.2
1.23-1.276.61.1107240.4751.45397.9
1.19-1.236.40.9110910.391.68697.9
1.16-1.196.20.7113350.3221.8997.2
1.13-1.165.70.6115800.2522.24696.4
1.1-1.135.70.4111330.1682.75190.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE2データ収集
XDS20180409データ削減
XSCALE20180409データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T0F

6t0f


解像度: 1.25→29.54 Å / SU ML: 0.1526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.1687
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 5509 4.96 %
Rwork0.1479 --
obs0.1496 111134 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 113 748 4231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14285822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0739603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.37081589
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.270.34831700.31333215X-RAY DIFFRACTION90.22
1.27-1.280.26871810.26693520X-RAY DIFFRACTION97.7
1.28-1.30.26051750.25883475X-RAY DIFFRACTION97.28
1.3-1.310.33051790.25373468X-RAY DIFFRACTION97.36
1.31-1.330.29071900.24423399X-RAY DIFFRACTION95.25
1.33-1.350.27781610.22953581X-RAY DIFFRACTION98.4
1.35-1.370.24441780.21313507X-RAY DIFFRACTION98.58
1.37-1.390.25561880.19953528X-RAY DIFFRACTION98.57
1.39-1.410.22882150.19493516X-RAY DIFFRACTION98.7
1.41-1.430.23831970.19543554X-RAY DIFFRACTION98.87
1.43-1.460.23641830.19083525X-RAY DIFFRACTION98.85
1.46-1.480.25351780.1873550X-RAY DIFFRACTION98.86
1.48-1.510.21491840.18573537X-RAY DIFFRACTION98.75
1.51-1.540.22721990.18313526X-RAY DIFFRACTION98.08
1.54-1.580.23271860.18233500X-RAY DIFFRACTION97.59
1.58-1.610.22671810.17753400X-RAY DIFFRACTION95.04
1.61-1.650.21411850.17083502X-RAY DIFFRACTION97.82
1.65-1.70.20031940.16263531X-RAY DIFFRACTION98.83
1.7-1.750.17281960.15733549X-RAY DIFFRACTION98.97
1.75-1.80.17971910.14383539X-RAY DIFFRACTION99.1
1.8-1.870.18591650.13523603X-RAY DIFFRACTION99.18
1.87-1.940.16461770.12383579X-RAY DIFFRACTION99.63
1.94-2.030.16311970.11863569X-RAY DIFFRACTION99.08
2.03-2.140.17191950.11873520X-RAY DIFFRACTION98.07
2.14-2.270.15491650.11623455X-RAY DIFFRACTION95.51
2.27-2.450.15661800.11993589X-RAY DIFFRACTION99.37
2.45-2.70.14561840.1223608X-RAY DIFFRACTION99.35
2.7-3.080.16961970.12483551X-RAY DIFFRACTION99.05
3.08-3.890.12671750.123609X-RAY DIFFRACTION99.11
3.89-29.540.1621630.14323620X-RAY DIFFRACTION97.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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