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- PDB-6szq: Crystal structure of human DDAH-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6szq
タイトルCrystal structure of human DDAH-1
要素N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / dimethylarginine dimethylaminohydrolase / guanidine inhibitor / induced fit / prodrug
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / nitric oxide metabolic process / amino acid binding / catalytic activity ...dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / nitric oxide metabolic process / amino acid binding / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction / eNOS activation / arginine catabolic process / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dimethylarginine dimethylaminohydrolase / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.412 Å
データ登録者Hennig, S. / Vetter, I.R. / Schade, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery ofN-(4-Aminobutyl)-N'-(2-methoxyethyl)guanidine as the First Selective, Nonamino Acid, Catalytic Site Inhibitor of Human Dimethylarginine Dimethylaminohydrolase-1 (hDDAH-1).
著者: Lunk, I. / Litty, F.A. / Hennig, S. / Vetter, I.R. / Kotthaus, J. / Altmann, K.S. / Ott, G. / Havemeyer, A. / Carillo Garcia, C. / Clement, B. / Schade, D.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
C: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
D: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
E: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
F: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,4106
ポリマ－195,4106
非ポリマー00
水6,846380
1
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5681
ポリマ－32,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5681
ポリマ－32,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5681
ポリマ－32,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5681
ポリマ－32,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5681
ポリマ－32,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5681
ポリマ－32,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.146, 76.153, 116.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 8 through 282)
21(chain B and resid 8 through 282)
31(chain C and resid 8 through 282)
41(chain D and resid 8 through 282)
51(chain E and resid 8 through 282)
61(chain F and resid 8 through 282)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 8 - 282 / Label seq-ID: 20 - 294

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 8 through 282)AA
2(chain B and resid 8 through 282)BB
3(chain C and resid 8 through 282)CC
4(chain D and resid 8 through 282)DD
5(chain E and resid 8 through 282)EE
6(chain F and resid 8 through 282)FF

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要素

#1: タンパク質
N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1


分子量: 32568.309 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDAH1, DDAH / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pREP4 / 参照: UniProt: O94760, dimethylargininase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M NaAc, 0.1M Tris pH 8,5, 30% PEG4000, cryo: reservoir+20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→46.646 Å / Num. obs: 59837 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.913 % / Biso Wilson estimate: 50.723 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 9.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.41-2.475.7781.0111.824285441842030.7551.10995.1
2.47-2.546.1170.8562.2526432433643210.8320.93599.7
2.54-2.626.0230.6622.8625181420741810.890.72599.4
2.62-2.75.9140.6043.1223994407140570.9130.66299.7
2.7-2.795.6120.5093.4822124396339420.9320.56299.5
2.79-2.885.8070.4294.1621903379737720.9470.47299.3
2.88-2.996.1930.3385.1922993373737130.970.36999.4
2.99-3.116.2140.2387.1521793352835070.9830.2699.4
3.11-3.256.1250.198.7620941343934190.9880.20899.4
3.25-3.416.070.1411.1119789327932600.9920.15399.4
3.41-3.65.5990.1113.5117301310930900.9950.12299.4
3.6-3.815.6850.09815.516675295029330.9950.10899.4
3.81-4.086.1550.0771917062277827720.9970.08499.8
4.08-4.46.0270.06920.6215471258725670.9970.07699.2
4.4-4.825.8610.06122.2513907239023730.9980.06799.3
4.82-5.395.4750.06420.3811749216421460.9970.0799.2
5.39-6.235.7780.06219.9610937190618930.9980.06899.3
6.23-7.636.0070.05621.429785163816290.9980.06299.5
7.63-10.795.4690.04324.436945128112700.9990.04799.1
10.79-46.6465.7760.03722.7640667217040.9990.04197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I2E

3i2e


解像度: 2.412→46.646 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.8 / 位相誤差: 32.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 2095 3.5 %
Rwork0.223 --
obs0.2246 59837 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.41 Å2 / Biso mean: 48.8041 Å2 / Biso min: 23.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.412→46.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12862 0 0 380 13242
Biso mean---44.73 -
残基数----1680
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5010X-RAY DIFFRACTION8.606TORSIONAL
12B5010X-RAY DIFFRACTION8.606TORSIONAL
13C5010X-RAY DIFFRACTION8.606TORSIONAL
14D5010X-RAY DIFFRACTION8.606TORSIONAL
15E5010X-RAY DIFFRACTION8.606TORSIONAL
16F5010X-RAY DIFFRACTION8.606TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.4123→2.4684 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4084 132 -
Rwork0.3319 3635 -
obs--95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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