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万見
- PDB-6szc: NMR structure of repeat domain 13 of the fibrillar adhesin CshA f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6szc
タイトルNMR structure of repeat domain 13 of the fibrillar adhesin CshA from Streptococcus gordonii.
要素Surface-associated protein CshA
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / Fibril / Novel / Repeat domain / Streptococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


GEVED domain / GEVED domain / CshA domain / Surface adhesin CshA, non-repetitive domain 2 / Surface adhesin CshA non-repetitive domain 2 / Surface adhesin CshA repetitive domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface-associated protein CshA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Higman, V.A. / Back, C. / Crump, M.P. / Race, P.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE016690 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L01386X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M025624/1 英国
Royal SocietyUF080534 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The streptococcal multidomain fibrillar adhesin CshA has an elongated polymeric architecture.
著者: Back, C.R. / Higman, V.A. / Le Vay, K. / Patel, V.V. / Parnell, A.E. / Frankel, D. / Jenkinson, H.F. / Burston, S.G. / Crump, M.P. / Nobbs, A.H. / Race, P.R.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface-associated protein CshA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4811
ポリマ－12,4811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4830 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Surface-associated protein CshA


分子量: 12480.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sample sequence includes N-terminal His-tag and disordered N-terminal of the polypeptide.
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (strain Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288) (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: cshA, SGO_0854 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AWJ3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HN(CA)CB
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D HNCA
151isotropic13D HNHA
162isotropic13D HN(CO)CA
172isotropic13D HNCO
182isotropic1HN(CA)CO
192isotropic13D C(CO)NH
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic115N TOCSY-HSQC
1131isotropic115N NOESY-HSQC
1142isotropic113C NOESY-HSQC
1152isotropic113C NOESY-HSQC aromatic
1162isotropic215N NOESY-HSQC
1172isotropic213C NOESY-HSQC
1183isotropic12D 1H-15N HSQC
1193isotropic12D 1H-1H TOCSY
1203isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mg/mL [U-15N] CshA_RD13, 50 mM sodium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N-CshA_RD1390% H2O/10% D2O
solution320 mg/mL [U-15N] CshA_RD13, 50 mM sodium chloride, 20 mM potassium phosphate, 100% D2O15N-CshA_RD13-D2O100% D2O
solution220 mg/mL [U-13C; U-15N] CshA_RD13, 50 mM sodium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N13C-CshA_RD1390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mg/mLCshA_RD13[U-15N]1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
20 mg/mLCshA_RD13[U-15N]3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
20 mg/mLCshA_RD13[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: Condition1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian VNMRSVarianVNMRS6001with cryogenic cold probe
Varian INOVAVarianINOVA9002with cryogenic cold probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: standard ARIA calculation and water refinement protocol
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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