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- PDB-6syy: Crystal structure of McoA multicopper oxidase from the hypertherm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syy
タイトルCrystal structure of McoA multicopper oxidase from the hyperthermophile Aquifex aeolicus
要素Periplasmic cell division protein (SufI)
キーワードOXIDOREDUCTASE / multicopper oxidase / hyperthermophiles / Met-rich loops / laccases
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / oxidoreductase activity / copper ion binding / cell division
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN ATOM / Periplasmic cell division protein (SufI)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.794 Å
データ登録者Borges, P.T. / Brissos, V. / Cordeiro, T.N. / Martins, L.O. / Frazao, C.
資金援助 ポルトガル, 3件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBBEBB/0122/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BII-BBF/29564/2017 ポルトガル
Other governmentLISBOA-01-0145-FEDER-007660 ポルトガル
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: The Methionine-Rich Loop of Multicopper Oxidase McoA follows Open-To-Close Transitions with a Role in Enzyme Catalysis
著者: Borges, P.T. / Brissos, V. / Cordeiro, T.N. / Martins, L.O. / Frazao, C.
履歴
登録2019年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic cell division protein (SufI)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8236
ポリマ－59,5521
非ポリマー2705
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.920, 98.927, 98.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic cell division protein (SufI)


分子量: 59552.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: sufI, aq_1130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67206
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→46.663 Å / Num. obs: 42821 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 25.32 Å2 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8.95
反射 シェル解像度: 1.79→1.794 Å / Num. unique obs: 13545 / Rrim(I) all: 0.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AW5

3aw5


解像度: 1.794→46.663 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.25
詳細: McoA refinement converged to Rwork and Rfree of 0.199 and 0.239, respectively using a Rfree test set size of 1.44 % (599 reflections). The final model was refined versus the full data, ...詳細: McoA refinement converged to Rwork and Rfree of 0.199 and 0.239, respectively using a Rfree test set size of 1.44 % (599 reflections). The final model was refined versus the full data, resulting in R value of 0.1922.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1922 41629 100 %
Rwork0.1922 --
obs0.1922 41629 84.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.97 Å2 / Biso mean: 37.0496 Å2 / Biso min: 16.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.794→46.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3700 0 5 238 3943
Biso mean--32.94 39.79 -
残基数----456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.794-1.81410.4913510.49135121
1.8141-1.83550.45165170.451651732
1.8355-1.85790.44316490.443164940
1.8579-1.88140.44037490.440374947
1.8814-1.90610.42659120.426591255
1.9061-1.93220.394810030.3948100362
1.9322-1.95980.393311130.3933111369
1.9598-1.98910.365311870.3653118773
1.9891-2.02020.349312400.3493124078
2.0202-2.05330.338613260.3386132682
2.0533-2.08870.31313900.313139086
2.0887-2.12670.295214890.2952148991
2.1267-2.16760.283815430.2838154395
2.1676-2.21180.26516080.265160899
2.2118-2.25990.25816250.2581625100
2.2599-2.31250.247916330.24791633100
2.3125-2.37030.247616410.24761641100
2.3703-2.43440.241416280.24141628100
2.4344-2.5060.233716190.23371619100
2.506-2.58690.229116420.22911642100
2.5869-2.67940.223416490.22341649100
2.6794-2.78660.206616490.20661649100
2.7866-2.91350.185916460.18591646100
2.9135-3.0670.173216420.17321642100
3.067-3.25910.157716450.15771645100
3.2591-3.51070.14116780.1411678100
3.5107-3.86380.126216660.12621666100
3.8638-4.42260.106916810.10691681100
4.4226-5.57050.108517120.10851712100
5.5705-46.6630.159417960.15941796100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98730.1944-0.07330.77390.67521.54080.03970.13660.2389-0.18120.0073-0.0223-0.3371-0.0776-0.03830.33770.04120.01170.18740.01290.210120.586149.216213.7056
23.9125-5.5018-0.47347.90570.41420.5030.04760.17350.1340.047-0.0819-0.05180.2534-0.0174-0.00060.36070.0336-0.04850.2424-0.02230.181215.775732.20157.2837
30.4517-0.09170.1320.9250.1911.1224-0.01860.00170.064-0.12560.0431-0.0246-0.0746-0.014-0.02870.28080.04290.02010.21130.00120.203720.098545.059219.5631
45.2173-2.7713-1.47113.16343.5895.12750.1409-0.0575-0.23890.45150.1123-0.34910.2453-0.0298-0.34220.33350.0041-0.07120.229-0.0010.259536.3441.115924.9708
51.6843-1.2185-0.77633.26892.09952.57060.0061-0.17680.06790.19380.1471-0.1367-0.02230.0669-0.13290.23620.01150.02150.23620.00740.194424.607448.35336.7311
61.3290.23410.60021.58340.55511.78910.0789-0.0785-0.00520.2634-0.0013-0.1-0.03850.1495-0.07060.3425-0.01720.01350.22060.00570.172922.510745.764839.4702
76.2595-5.0404-3.58084.05992.88342.05340.5401-0.81790.4561.2056-0.78390.81850.6471-1.42540.37260.3782-0.05660.13350.4669-0.05050.29933.468643.176139.693
85.834-0.76790.02534.62990.78772.4015-0.21520.0691-0.86770.1146-0.08750.55760.6448-0.12380.3040.4496-0.0640.00030.20080.05350.224813.437719.403426.4078
96.1675-2.01153.09545.6775-2.28337.56240.19180.3484-0.1905-0.4867-0.1873-0.31680.77930.4763-0.11110.39820.06520.0740.1728-0.01790.28527.360219.859712.3847
101.2878-0.0588-0.2531.58590.02541.69330.0369-0.015-0.09280.0029-0.03280.01920.2452-0.08440.0010.3180.0084-0.01260.179200.216316.751925.651422.3408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 47:125)A47 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 126:134)A126 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 135:218)A135 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 219:238)A219 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 239:270)A239 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 271:377)A271 - 377
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 378:384)A378 - 384
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 385:403)A385 - 403
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 404:422)A404 - 422
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 423:525)A423 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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