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- PDB-6syl: STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH3 FROM THE METAGENOME OF MARINE SE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syl
タイトルSTRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH3 FROM THE METAGENOME OF MARINE SEDIMENTS AT MILAZZO HARBOR (SICILY, ITALY) COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF BUTYL 4-NITROPHENYL HEXYLPHOSPHONATE
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / Ester Hydrolase / Complex
機能・相同性Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / triacylglycerol lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / butoxy(hexyl)phosphinic acid / Esterase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessProject BIO2016-76601-C3-3-R スペイン
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2020
タイトル: Tuning the Properties of Natural Promiscuous Enzymes by Engineering Their Nano-environment.
著者: Giunta, C.I. / Cea-Rama, I. / Alonso, S. / Briand, M.L. / Bargiela, R. / Coscolin, C. / Corvini, P.F. / Ferrer, M. / Sanz-Aparicio, J. / Shahgaldian, P.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8804
ポリマ－80,4352
非ポリマー4452
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA software
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.624, 51.316, 70.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 346 / Label seq-ID: 28 - 365

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Esterase


分子量: 40217.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8JN75
#2: 化合物 ChemComp-H7N / butoxy(hexyl)phosphinic acid


分子量: 222.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H23O3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26% PEG 3000, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2M MgCl2x6H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→45.84 Å / Num. obs: 13962 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Rpim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2236 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.289 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimless1.11.12データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SXP

6sxp


解像度: 2.95→45.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 25.191 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.576
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 732 5.2 %RANDOM
Rwork0.2518 ---
obs0.2547 13230 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.49 Å2 / Biso mean: 23.406 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.95 Å20 Å2-0.33 Å2
2---3.59 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→45.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5174 0 0 23 5197
Biso mean---8.28 -
残基数----679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0135276
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0174851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.6487141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2811.5911305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8445677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33823.459266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13915878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8731530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021029
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10998 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 55 -
Rwork0.293 985 -
all-1040 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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