PDB-6syi: C-TERMINAL DOMAIN OF INFLUENZA POLYMERASE PA SUBUNIT AND OPTIMIZE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6syi

タイトル

C-TERMINAL DOMAIN OF INFLUENZA POLYMERASE PA SUBUNIT AND OPTIMIZED SMALL PEPTIDE INHIBITOR

要素

PB1-11
Polymerase acidic protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / neuraminidase / influenza / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hejdanek, J. / Pachl, P.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2020
タイトル: structural characterization of the interaction between the C-terminal domain of the influenza polymerase PA subunit and an optimized small peptide inhibitor.
著者: Hejdanek, J. / Radilova, K. / Pachl, P. / Hodek, J. / Machara, A. / Weber, J. / Rezacova, P. / Konvalinka, J. / Kozisek, M.

履歴

登録	2019年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6syi.cif.gz	194.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6syi.ent.gz	152.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6syi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6syi_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6syi_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	6syi_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	6syi_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2znlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7l15-d 6cpo-2 6jsz-d 4bma-2 3tzw-d 1hwo-d 6r3n-d 5d2e-d 4fbw-1 5fz9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase acidic protein

B: PB1-11

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.521, 120.883, 122.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2 分子量: 52939.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Wisconsin/629-D00036/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D4HIS2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	PB1-11 分子量: 1286.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES; pH 7.5, 35% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→43.043 Å / Num. obs: 74825 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.564 % / B_iso Wilson estimate: 35.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 1.112 / Net I/σ(I): 13.42 / Num. measured all: 491165

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.69	6.284	2.658	0.66	73936	11980	11766	0.276	2.897	98.2
1.69-1.81	6.623	1.443	1.32	74448	11245	11241	0.605	1.565	100
1.81-1.96	6.938	0.752	2.69	73018	10529	10525	0.872	0.812	100
1.96-2.14	6.805	0.348	5.58	65900	9686	9684	0.97	0.377	100
2.14-2.39	6.349	0.171	10.45	55823	8799	8793	0.991	0.186	99.9
2.39-2.76	6.638	0.093	18.42	52001	7836	7834	0.997	0.101	100
2.76-3.38	6.753	0.051	32.45	45130	6684	6683	0.999	0.055	100
3.38-4.77	6.068	0.03	50.96	31812	5249	5243	0.999	0.033	99.9
4.77-43.043	6.249	0.026	58.47	19097	3079	3056	0.999	0.028	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZNL

2znl

解像度: 1.6→34.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.2046 / WR_factor R_work: 0.1773 / FOM work R set: 0.6984 / SU B: 5.415 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.0789 / SU R_free: 0.0809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2204	2101	2.8 %	RANDOM
R_work	0.1913	-	-	-
obs	0.1922	72724	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.85 Å² / B_iso mean: 38.131 Å² / B_iso min: 19.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→34.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3402	0	26	316	3744
B_iso mean	-	-	53.02	38.33	-
残基数	-	-	-	-	432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.648	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.431	1.578	7585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.657	22.37	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.33	15	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.684	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	730

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.639 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.459	149	-
R_work	0.437	5137	-
obs	-	-	96.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0014	0.0184	0.0094	0.8766	0.8489	1.2287	0.0022	0.0074	-0.0019	0.0095	0.0524	-0.03	-0.1233	0.0114	-0.0545	0.1277	0.0206	-0.0214	0.0993	-0.0296	0.0216	-9.367	2.912	32.901
2	0.4261	0.0687	0.0126	0.9308	0.0386	0.3458	0.0086	0.016	-0.0813	-0.122	0.0224	0.0083	0.0786	0.0023	-0.0309	0.1264	0.0168	-0.0246	0.0521	-0.0052	0.0204	-13.46	-21.138	8.895
3	1.0687	-0.2163	1.2256	0.9861	0.4508	1.937	-0.0253	-0.0058	-0.0063	-0.2065	0.033	0.0184	-0.1735	0.0449	-0.0077	0.1127	0.01	-0.0427	0.0618	-0.0225	0.0269	-13.973	2.937	20.899
4	0.1207	0.0142	0.1105	0.5007	0.4589	0.5319	-0.0269	-0.052	0.0189	-0.0872	-0.0332	0.0652	-0.0596	-0.0379	0.06	0.1054	0.0321	-0.0415	0.0843	-0.0107	0.0236	-17.61	-10.131	15.308
5	1.0804	0.0134	-0.4448	0.4469	0.1381	0.6074	-0.0101	-0.0562	0.0525	-0.0671	-0.028	0.0371	0.0187	0.0463	0.0381	0.0889	0.0151	-0.0292	0.0735	-0.0166	0.0244	-12.586	-8.484	15.33
6	0.6825	-0.632	0.7262	4.7171	0.702	1.2558	-0.1466	-0.2818	0.151	-0.2961	-0.2721	0.5917	-0.2779	-0.4721	0.4187	0.1208	0.1425	-0.1366	0.2054	-0.1869	0.2351	-29.785	16.344	24.461
7	0.1095	-0.0482	0.1908	1.2104	1.0001	1.3238	-0.0623	0.0162	-0.0065	0.0434	-0.0265	0.118	-0.0765	0.0136	0.0888	0.132	0.0062	-0.0196	0.0524	-0.0299	0.0294	-15.036	9.558	36.121
8	1.0292	-2.2529	-1.7025	5.147	3.8852	2.9689	0.0422	-0.0472	0.0214	-0.3101	-0.0025	0.0056	-0.2434	0.0398	-0.0396	0.2008	0.0604	-0.043	0.0882	-0.0465	0.0487	-12.515	11.398	27.96
9	0.0011	-0.0314	0.0261	7.859	-1.9914	3.8617	0.006	-0.0036	0.0001	-0.0909	0.0188	0.2713	-0.2273	-0.166	-0.0248	0.0972	0.0067	-0.034	0.0467	-0.0384	0.0693	-16.928	18.241	32.344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	256 - 293
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	294 - 397
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	398 - 443
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	444 - 549
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	550 - 581
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	582 - 615
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	616 - 716
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 6
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	7 - 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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