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- PDB-6syg: Crystal structure of the Cyclic Nucleotide-Binding Homology Domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syg
タイトルCrystal structure of the Cyclic Nucleotide-Binding Homology Domain of the human KCNH2 channel
要素Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Intracellular domain / CNBHD / hERG
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 3 - rapid repolarisation / inward rectifier potassium channel complex / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / regulation of heart rate by hormone / Phase 3 - rapid repolarisation / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during action potential / negative regulation of potassium ion transmembrane transport ...Phase 3 - rapid repolarisation / inward rectifier potassium channel complex / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / regulation of heart rate by hormone / Phase 3 - rapid repolarisation / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during action potential / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / C3HC4-type RING finger domain binding / regulation of membrane repolarization / membrane repolarization / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion homeostasis / membrane depolarization during action potential / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of potassium ion transmembrane transport / delayed rectifier potassium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / spinal cord development / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / potassium channel activity / cardiac muscle contraction / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / brain development / cellular response to xenobiotic stimulus / nuclear envelope / monoatomic ion channel activity / scaffold protein binding / transcription cis-regulatory region binding / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, ERG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...Potassium channel, voltage-dependent, ERG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Voltage-dependent channel domain superfamily / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 / Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ben-Bassat, A. / Giladi, M. / Haitin, Y.
資金援助 イスラエル, 4件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1721/16 イスラエル
Israel Science Foundation1775/12 イスラエル
Other privateICRF 01214 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI-2425-418.13/2016 イスラエル
引用ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2020
タイトル: Structure of KCNH2 cyclic nucleotide-binding homology domain reveals a functionally vital salt-bridge.
著者: Ben-Bassat, A. / Giladi, M. / Haitin, Y.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_name_com ...atom_site / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 3.02020年4月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number
解説: Model completeness / 詳細: OXT added to the C-terminal residue. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0661
ポリマ－15,0661
非ポリマー00
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.493, 90.649, 61.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-910-

HOH

21A-923-

HOH

31A-956-

HOH

41A-1066-

HOH

51A-1124-

HOH

61A-1187-

HOH

71A-1188-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 / Eag homolog / Ether-a-go-go-related gene potassium channel 1 / hERG1 / Voltage-gated potassium ...Eag homolog / Ether-a-go-go-related gene potassium channel 1 / hERG1 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv11.1


分子量: 15066.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNH2, ERG, ERG1, HERG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12809, UniProt: O08962*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 3350, 2% v/v Tacsimate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.58 Å / Num. obs: 25875 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 4087 / Rrim(I) all: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4llo

4llo


解像度: 1.5→48.55 Å / SU ML: 0.1555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 19.6688
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1297 5.01 %
Rwork0.1702 24578 -
obs0.1706 25875 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 0 0 297 1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05831495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7606894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.560.26661430.23572642X-RAY DIFFRACTION98.55
1.56-1.630.25661300.20682722X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.720.22741360.19032707X-RAY DIFFRACTION99.96
1.72-1.820.19481460.18262694X-RAY DIFFRACTION99.86
1.82-1.970.22321550.18282705X-RAY DIFFRACTION99.97
1.97-2.160.17141480.15612720X-RAY DIFFRACTION99.97
2.16-2.480.17941510.16692742X-RAY DIFFRACTION99.9
2.48-3.120.16481380.16652767X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-48.550.16521500.15622879X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.304383527183-0.218186393792-0.1103166197920.41302967414-0.05970545617950.432920666021-0.0394856019538-0.0107874865761-0.220520689857-0.1973974004630.1393279331720.1421290696990.120476625323-0.0737358834440.08392766529860.18536310741-0.0173065624688-0.0112109962170.1067825082570.02294258581730.106466583869-12.2956394634-22.5675241326.09194719724
20.370485124369-0.102586284103-0.3645810680030.02575765721130.09417790983010.372224813501-0.0183836291396-0.0984614062471-0.06744504531040.05702648008680.03845809022530.136786069416-0.0844998508428-0.320697477536-0.001803632473370.141400347090.0101561321038-0.009251627108130.140808041197-0.001473583732190.119214136003-15.417203843-13.95285028427.84474233148
30.1467386523060.3343596947960.02772459522070.7576525039220.04372609749180.2705513126650.0101663365445-0.09510170826550.404841431949-0.040121016002-0.01013462819280.29840665868-0.0513621870417-0.05394359339910.02677183369520.0860311748802-0.00848715770784-0.004790322882360.112205662609-0.0245662866570.112584740666-17.7587913698-6.45421717611-10.9229756546
40.568706496052-0.234452718670.5000222603930.674093802166-0.05350056286190.473189403912-0.0263693190766-0.103675338496-0.09534317693960.04440801889170.125014476285-0.121968245517-0.191014978507-0.06809932895820.05652384885050.0957214417805-0.0165203367219-0.003454194490010.111093007948-0.000924110566020.0782974591514-16.3881987182-15.541191138-9.94102279624
50.363916218223-0.1195897904220.1180150610660.4980776070280.3577236265170.378747354732-0.0319405380283-0.0270759789834-0.0297677043543-0.08030796503710.0335046537432-0.121907879227-0.0921090283375-0.008675468077730.001711904497230.131357000955-0.0122567993973-0.002013615249010.11173751477-0.001943453740740.117637294417-13.0626807805-15.6211694217-12.9293720842
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71.90672948150.1371423472220.4557210002360.9168239162680.3431244905791.12159655638-0.0168031395214-0.2136400009210.1243383525280.1202931091660.0136033145757-0.0756300831291-0.15918301348-0.1911230026380.153916914360.1038894204170.00397673748233-0.02960420356910.0969525020660.007569805277770.114265879893-10.7974634214-10.00304611752.77516969868
80.2074701143370.0706582637804-0.008496094838130.126154211068-0.006958759073930.0926171308003-0.0179083059772-0.126707719599-0.05101647501620.0222418627056-0.118231660626-0.2832521922790.420313058040.363928324795-0.008639925632190.1955117711130.0395461858737-0.005477792609050.1823541345590.01652419890580.162860618863-0.304872376377-17.39764213584.7026791734
91.04006761541-0.2012812473250.0003952310868830.08410501674020.1666890896220.607221467353-0.006118578847460.309515722016-0.004547091947260.000564429925310.0115249967959-0.198649368335-0.03152742351760.1558168320620.02712678959930.0946197010023-0.00405126118545-0.01658020354680.103592424285-0.009235192615730.120304686913-5.92239958366-13.4739741514-11.3656312711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 730 through 747 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 748 through 763 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 764 through 777 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 778 through 791 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 792 through 809 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 810 through 827 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 828 through 844 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 845 through 855 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 856 through 864 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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