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万見
- PDB-6sy2: Structure of the BRK domain of the SWI/SNF chromatin remodelling ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sy2
タイトルStructure of the BRK domain of the SWI/SNF chromatin remodelling complex subunit BRG1 reveals a potential role in protein-protein interactions
要素Transcription activator BRG1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / BRG1 / BRK domain / SWI/SNF / chromatin remodelling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / neural retina development / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / GBAF complex / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / nucleosome array spacer activity ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / neural retina development / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / GBAF complex / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / host-mediated activation of viral transcription / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / Interleukin-7 signaling / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / transcription coregulator binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / helicase activity / negative regulation of cell growth / kinetochore / positive regulation of miRNA transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / fibrillar center / p53 binding / transcription corepressor activity / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / histone binding / transcription coactivator activity / hydrolase activity / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L9; domain 1 - #120 / SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. ...Ribosomal Protein L9; domain 1 - #120 / SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Allen, M.D. / Bycoft, M. / Zinzalla, G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structure of the BRK domain of the SWI/SNF chromatin remodeling complex subunit BRG1 reveals a potential role in protein-protein interactions.
著者: Allen, M.D. / Bycroft, M. / Zinzalla, G.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription activator BRG1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2881
ポリマ－5,2881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4120 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1none

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Transcription activator BRG1


分子量: 5287.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4 / プラスミド: HLTV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A2R8Y7S2, UniProt: P51532*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D NOESY
122isotropic12D TOCSY
132isotropic12D DQF-COSY
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D CBCA(CO)NH
1111isotropic23D HNCO
1101isotropic23D HN(CA)CO
191isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic22D 1H-15N HSQC
171isotropic22D 1H-13C HSQC
163isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BRG1 BRK domain, 90% H2O/10% D2O20mM potassium phosphate, pH 6.5 150mM NaCl13C, 15N sample90% H2O/10% D2O
solution22 mM unlabelled BRG1 BRK domain, 90% H2O/10% D2O20mM potassium phosphate, pH 6.5 150mM NaClunlabelled90% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-10% 13C] BRG1 BRK domain, 90% H2O/10% D2O20mM potassium phosphate, pH 6.5 150mM NaCl10% C sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBRG1 BRK domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2 mMBRG1 BRK domainunlabelled2
1 mMBRG1 BRK domain[U-10% 13C]3
試料状態詳細: 20mM potassium phosphate pH 6.5 100mM NaCl / イオン強度: 140 mM / Label: Standard conditions / pH: 6.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 293 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001All homonuclear experiments
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002All heteronuclear experiments

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ANSIGKraulischemical shift assignment
AzaraBoucher解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: none
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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