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- PDB-6sxi: Antibody-anti-idiotype complex: AP33 Fab (hepatitis C virus E2 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxi
タイトルAntibody-anti-idiotype complex: AP33 Fab (hepatitis C virus E2 antibody) - B2.1A scFv (anti-idiotype)
要素
  • (Single chain Fv - ...) x 2
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-idiotype / antigen binding fragment / single chain Fv / complex
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Taylor, G.L. / Potter, J.A. / Fadda, V. / Patel, A.H. / Owsianka, A.M. / Cowtan, V.M.
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / : 2021
タイトル: Development of a structural epitope mimic: an idiotypic approach to HCV vaccine design.
著者: Cowton, V.M. / Owsianka, A.M. / Fadda, V. / Ortega-Prieto, A.M. / Cole, S.J. / Potter, J.A. / Skelton, J.K. / Jeffrey, N. / Di Lorenzo, C. / Dorner, M. / Taylor, G.L. / Patel, A.H.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
A: Single chain Fv - heavy chain
B: Single chain Fv - light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8305
ポリマ-72,7384
非ポリマー921
9,116506
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.900, 93.280, 177.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23677.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23921.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Single chain Fv - heavy chain


分子量: 13365.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Single chain Fv - light chain


分子量: 11773.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 2種, 507分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→64.25 Å / Num. obs: 55039 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.25
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 4169

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
pointlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→64.21 Å / FOM work R set: 0.8877 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 2708 4.92 %
Rwork0.1559 52294 -
obs0.1581 55002 91.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.73 Å2 / Biso mean: 26.95 Å2 / Biso min: 8.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→64.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5050 0 6 506 5562
Biso mean--39.61 34.52 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1267221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1131885
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.88370.26191650.2182277094
1.8837-1.91990.25941540.195280994
1.9199-1.95910.22781540.1937275093
1.9591-2.00170.25091390.1859279993
2.0017-2.04820.23261320.1774276993
2.0482-2.09950.23861560.1737274292
2.0995-2.15620.22321350.1626275493
2.1562-2.21970.20751560.1546278593
2.2197-2.29130.19221430.1592273592
2.2913-2.37320.24021400.1657274992
2.3732-2.46830.22431630.1648276392
2.4683-2.58060.21521440.1631271391
2.5806-2.71670.21061170.1545275791
2.7167-2.88690.20441440.1556273491
2.8869-3.10980.23841580.158273590
3.1098-3.42270.17531240.147271589
3.4227-3.91790.13911320.1388273389
3.9179-4.93590.17361320.1251270587
4.9359-64.210.21161200.1656277784
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1333-0.0569-0.03110.0259-0.01290.1367-0.0533-0.0244-0.0389-0.2339-0.17130.085-0.1887-0.0974-0.24010.37210.0906-0.19610.1258-0.01770.352238.77423.641628.0243
20.0665-0.02670.01190.0296-0.02010.024-0.0143-0.0680.0639-0.08-0.06110.0164-0.0829-0.1043-0.0370.1660.2419-0.09730.3662-0.18550.344933.530919.170438.9097
30.03940.0970.02240.33290.06460.0294-0.1049-0.03720.0595-0.1993-0.0190.029-0.1621-0.0966-0.03370.16240.0476-0.03220.154-0.03640.150446.741818.585838.6983
40.02420.10330.06180.45640.22920.1356-0.1275-0.04820.0934-0.4154-0.03730.025-0.3506-0.2062-0.15470.32980.1829-0.16640.1109-0.090.31742.372826.259935.8857
50.017-0.0129-0.00890.14140.05510.0446-0.1231-0.12020.0328-0.1666-0.20410.1596-0.0953-0.2169-0.04770.18660.0338-0.0350.2187-0.0450.184640.905512.147636.3793
60.1147-0.0318-0.09950.00940.02520.0895-0.04640.1173-0.10310.0767-0.09220.0201-0.158-0.0119-0.02530.46050.018-0.12790.193-0.00220.3139.563216.82475.953
70.015-0.0024-0.00410.00670.00290.010.02610.0554-0.10370.03090.01070.0633-0.1643-0.0634-0.00050.3910.0397-0.13120.19430.00180.224438.22838.46763.5664
80.001-0.0045-0.00090.00960.00340.0089-0.06090.0346-0.03560.1015-0.1151-0.0027-0.2992-0.12510.00010.4104-0.005-0.03030.2347-0.02310.324635.160112.921512.5211
90.0464-0.0383-0.01950.02910.02480.0641-0.0392-0.0355-0.01070.00930.0019-0.0561-0.2909-0.0291-00.3126-0.0075-0.0570.2022-0.0250.223340.89148.71678.7916
100.00130.0019-0.00160.0239-0.04120.06760.02240.2034-0.04990.13530.10420.1316-0.2517-0.25350.01320.32420.0465-0.07860.3206-0.08990.329829.30456.93364.8991
110.00610.00310.00510.00230.00380.00430.08260.1671-0.00980.0860.01610.022-0.07680.014400.3770.0824-0.1140.3186-0.06010.374429.643612.41221.838
120.1733-0.0963-0.08570.18420.05740.12030.0019-0.02010.0199-0.0285-0.01230.01240.0053-0.0023-00.11510.0006-0.01740.1129-0.0240.127151.5737-0.042635.0034
130.11530.03960.09570.1760.09420.1-0.02440.1320.1319-0.1256-0.0008-0.0756-0.25480.0394-0.00080.27120.0118-0.02860.19670.04980.138448.96065.0036-1.2318
140.0096-0.0152-0.0150.02570.02610.0227-0.00480.04480.01560.0477-0.06850.11730.0273-0.13360.00010.22410.01890.03920.2967-0.0170.183545.139819.058378.1385
15-0.0010.00790.01020.02320.00370.03480.0552-0.0111-0.17620.0956-0.08890.10260.1001-0.2535-0.00060.1078-0.03320.00890.2895-0.01590.178140.391613.653466.5065
160.025-0.024-0.00740.01910.0030.0125-0.00080.01540.0758-0.02190.0332-0.1015-0.1106-0.026300.1577-0.02090.0120.17760.00020.17752.975817.888569.0891
170.00080.0037-0.00780.0079-0.01690.0309-0.0514-0.101-0.1131-0.01340.03810.00430.0801-0.000600.1466-0.04010.00440.11980.00210.136151.08349.913665.3272
180.0078-0.00920.00160.0083-0.0010.0093-0.09550.0396-0.10310.0067-0.03940.01210.0788-0.02850.00010.190.01010.00570.19470.00730.185858.60778.534870.6656
190.0007-0.0030.0010.0085-0.01170.01370.006-0.0241-0.04060.1265-0.08020.04970.0798-0.198400.16-0.06070.03710.24840.00780.17543.6688.985772.4105
200.06550.013-0.06160.0662-0.00570.0468-0.0151-0.0214-0.07610.0496-0.0499-0.01850.02610.0239-00.11710.002-0.0020.1498-0.01920.117950.758518.480866.4437
210.008-0.0040.00520.0057-0.00510.01950.01560.0339-0.00890.0251-0.03190.0421-0.0155-0.00410.00010.25490.02040.01230.208-0.01050.098551.641921.581683.3401
220.0003-0.0007-0.00370.0082-0.01340.02890.0075-0.0712-0.03440.04080.0087-0.0434-0.09070.0362-00.127-0.01-0.00840.1659-0.00120.176466.566927.863662.9097
230.02710.01070.0180.00290.00670.00620.0603-0.1389-0.0038-0.007-0.0127-0.01980.05220.0952-00.12410.02080.00810.1125-0.00280.1763.062537.586456.6911
240.01590.0103-0.00490.046-0.03230.01710.00490.0579-0.05670.0571-0.01880.0577-0.06650.03240.02360.08550.02020.00960.1262-0.0140.164359.95823.36756.0323
250.0006-0.0023-0.00350.0088-0.0020.01440.0284-0.17370.11010.0235-0.01740.0871-0.0107-0.10450.00960.12540.00160.02750.2249-0.05760.121749.804231.002964.4894
260.00460.00050.0010.0110.005-0.0005-0.11260.06420.0131-0.0835-0.01640.1813-0.05360.041900.120.0067-0.01030.1593-0.01220.183652.230731.356951.0503
270.02940.03160.00360.0303-0.00110.0122-0.01790.0602-0.03010.0442-0.01970.0757-0.0674-0.038200.12350.02690.01240.1241-0.0030.136157.698237.063256.2277
280.00550.00060.00270.00550.00320.00110.08470.0274-0.00520.0312-0.0319-0.0384-0.03670.084900.1138-0.0130.00690.118-0.00640.145358.139728.406462.3453
290.02220.0231-0.05130.0248-0.06540.22690.0316-0.0506-0.0679-0.0073-0.05010.0429-0.03380.1487-0.00780.07910.0149-0.00130.1103-0.02060.148960.244522.886961.6133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 32 )H18 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 33 through 63 )H33 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 64 through 87 )H64 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 88 through 109 )H88 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 110 through 134 )H110 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 135 through 145 )H135 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 146 through 157 )H146 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 158 through 184 )H158 - 184
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 185 through 202 )H185 - 202
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 203 through 213 )H203 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 113 )L1 - 113
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 114 through 211 )L114 - 211
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1 through 17 )A1 - 17
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 18 through 32 )A18 - 32
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 33 through 44 )A33 - 44
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 45 through 56 )A45 - 56
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 57 through 66 )A57 - 66
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 67 through 82 )A67 - 82
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 82A through 106 )A82
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 107 through 112 )A107 - 112
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid -2 through 12 )B-2 - 12
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 13 through 25 )B13 - 25
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 26 through 38 )B26 - 38
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 39 through 48 )B39 - 48
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 49 through 67 )B49 - 67
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 68 through 83 )B68 - 83
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 84 through 90 )B84 - 90
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 91 through 105 )B91 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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