[日本語] English
万見
- PDB-6sx5: Full length Mutant Open-form Sodium Channel NavMs -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sx5
タイトルFull length Mutant Open-form Sodium Channel NavMs
要素Ion transport protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Voltage Gated Sodium Channel / Membrane protein.
機能・相同性Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / monoatomic cation channel activity / Ion transport domain / Ion transport protein / plasma membrane / Ion transport protein
機能・相同性情報
生物種Magnetococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sula, A. / Hollingworth, D. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L006790, BB/N012763 and BB/R001294 英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: A tamoxifen receptor within a voltage-gated sodium channel.
著者: Sula, A. / Hollingworth, D. / Ng, L.C.T. / Larmore, M. / DeCaen, P.G. / Wallace, B.A.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,58011
ポリマ－31,1861
非ポリマー3,39410
水1,62190
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,31944
ポリマ－124,7434
非ポリマー13,57640
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area27460 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area53460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.133, 109.133, 209.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

21A-302-

NA

31A-303-

NA

-
要素

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 31185.730 Da / 分子数: 1 / 変異: F208L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (strain ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1 / 遺伝子: Mmc1_0798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0L5S6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M NaCl, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, 37.8% v/v polyethylene glycol (PEG) 400 and 4% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9688 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.8 Å / Num. obs: 32440 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 40.88 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2774 / CC1/2: 0.969 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HVX

5hvx


解像度: 2.2→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1618 4.99 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 32421 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 279.4 Å2 / Biso mean: 78.06 Å2 / Biso min: 22.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4306 Å20 Å20 Å2
2---9.4306 Å20 Å2
3---18.8612 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2095 0 109 90 2294
Biso mean--81.57 77.66 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d817SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes352HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2234HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2681SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2234HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2997HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.47
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1904 42 6.47 %
Rwork0.2057 607 -
all0.2045 649 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.0863 Å / Origin y: 72.1494 Å / Origin z: 30.8704 Å
111213212223313233
T-0.0049 Å20.0909 Å20.0073 Å2--0.1495 Å2-0.097 Å2---0.1413 Å2
L1.2975 °2-0.2162 °2-0.329 °2-0.6592 °20.1546 °2--2.6299 °2
S-0.0362 Å °-0.3713 Å °0.2451 Å °0.2383 Å °0.0181 Å °0.0699 Å °-0.6925 Å °-0.2591 Å °0.0181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る