PDB-6swv: Trypsin fast data collection

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6swv

タイトル

Trypsin fast data collection

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.432 Å

データ登録者

von Stetten, D. / Mueller-Dieckmann, C.

引用

ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2020
タイトル: ID30A-3 (MASSIF-3) - a beamline for macromolecular crystallography at the ESRF with a small intense beam.
著者: von Stetten, D. / Carpentier, P. / Flot, D. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Guijarro, M. / Giraud, T. / Lentini, M. / McSweeney, S. / Royant, A. / Petitdemange, S. / Sinoir, J. / ...

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6swv.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6swv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6swv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y8gC 3atiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g3d-d 1o3m-d 6avl-d 1o3k-d 3uy9-14 1o2n-d 5mna-d 1c2d-d 2by5-d 2by7-d 1tnh-d 1o2q-d 2bdi-7 1f0u-d 4i8k-d 1auj-d 6svr-d 3v13-d 2by9-d 7bs1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Cationic trypsin

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.280, 57.944, 66.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 25806.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15 mg/ml protein, 100 mM benzamidine, 25% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 39193 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.43→1.48 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3704 / CC_1/2: 0.43 / R_pim(I) all: 0.751 / R_rim(I) all: 1.719 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126	データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ATI

3ati

解像度: 1.432→43.812 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.054 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	1897	-
R_work	0.185	-	-
all	0.186	-	-
obs	-	39129	98.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.017 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.432→43.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	40	232	1901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.62	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.614	1.57	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.195	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.51	25.333	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.156	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.524	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.792	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.022	1.012	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.022	1.012	890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.511	1.521	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.511	1.521	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.223	1.222	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.222	1.221	809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.078	1.761	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.078	1.761	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.792	13.086	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.663	12.662	1867

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.432-1.469	0.665	152	0.644	2604	2876	95.8275	0.629
1.469-1.509	0.635	130	0.552	2648	2783	99.8203	0.54
1.509-1.553	0.381	142	0.379	2619	2769	99.7111	0.368
1.553-1.601	0.241	119	0.237	2517	2638	99.9242	0.224
1.601-1.653	0.181	133	0.163	2452	2587	99.9227	0.154
1.653-1.711	0.164	138	0.148	2347	2491	99.7591	0.139
1.711-1.776	0.174	129	0.153	2260	2395	99.7495	0.146
1.776-1.848	0.181	121	0.159	2204	2339	99.4015	0.152
1.848-1.93	0.179	100	0.163	2120	2237	99.2401	0.158
1.93-2.024	0.161	86	0.162	2039	2146	99.0214	0.157
2.024-2.133	0.201	91	0.161	1919	2037	98.6745	0.155
2.133-2.262	0.169	77	0.146	1803	1933	97.2581	0.139
2.262-2.418	0.157	78	0.131	1685	1824	96.6557	0.126
2.418-2.611	0.142	80	0.132	1564	1711	96.0842	0.127
2.611-2.859	0.167	78	0.147	1498	1576	100	0.14
2.859-3.195	0.175	81	0.152	1361	1442	100	0.148
3.195-3.686	0.174	65	0.15	1203	1268	100	0.149
3.686-4.507	0.123	42	0.152	1056	1100	99.8182	0.156
4.507-6.34	0.32	33	0.236	835	869	99.8849	0.24
6.34-43.812	0.333	22	0.327	498	529	98.2987	0.342

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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