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- PDB-6swr: Crystal structure of the lysosomal potassium channel MtTMEM175 T3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6swr
タイトルCrystal structure of the lysosomal potassium channel MtTMEM175 T38A mutant soaked with zinc
要素
  • Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic proteinナノボディ
  • Uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / lysosome (リソソーム) / TMEM175 / potassium channel (カリウムチャネル) / Parkinson disease (パーキンソン病)
機能・相同性
機能・相同性情報


proton channel activity / potassium ion leak channel activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...proton channel activity / potassium ion leak channel activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / potassium ion transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Endosomal/lysomomal potassium channel TMEM175 / Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Potassium channel Ftrac_2467 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Escherichia coli (大腸菌)
Marivirga tractuosa
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Brunner, J.D. / Jakob, R.P. / Schulze, T. / Neldner, Y. / Moroni, A. / Thiel, G. / Maier, T. / Schenck, S.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for ion selectivity in TMEM175 K + channels.
著者: Brunner, J.D. / Jakob, R.P. / Schulze, T. / Neldner, Y. / Moroni, A. / Thiel, G. / Maier, T. / Schenck, S.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
B: Uncharacterized protein
D: Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,1819
ポリマ－165,4364
非ポリマー1,7455
水55831
1
A: Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
B: Uncharacterized protein
D: Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
B: Uncharacterized protein
D: Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,36218
ポリマ－330,8728
非ポリマー3,49010
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)129.788, 131.611, 151.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 Nanobody, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltodextrin-binding protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / ナノボディ / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 53267.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: malE, b4034, JW3994 / プラスミド: pBXNPHM3 / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 29450.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marivirga tractuosa (strain ATCC 23168 / DSM 4126 / NBRC 15989 / NCIMB 1408 / VKM B-1430 / H-43) (バクテリア)
株: ATCC 23168 / DSM 4126 / NBRC 15989 / NCIMB 1408 / VKM B-1430 / H-43
遺伝子: Ftrac_2467 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: E4TN31

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糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 2種, 32分子

#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM NaCl, 150 mM MgCl2 and 28-30 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.280961 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.280961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.72 Å / Num. obs: 43526 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 51.8 % / Biso Wilson estimate: 76.29 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å / Num. unique obs: 4510 / CC1/2: 0.663

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ANF, 5JQH

1anf

5jqh


解像度: 3.2→49.72 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 --
Rwork0.269 --
obs-43526 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10806 0 107 49 10962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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