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- PDB-6swh: Crystal structure of the ternary complex between the type 1 pilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6swh
タイトルCrystal structure of the ternary complex between the type 1 pilus proteins FimC, FimI and FimA from E. coli
要素
  • Chaperone protein FimCシャペロン
  • Fimbrin-like protein FimI
  • Type-1 fimbrial protein, A chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / structural protein complex (構造) / pilus assembly inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / 性繊毛 / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / 細胞接着 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Type-1 fimbrial protein, A chain / Chaperone protein FimC / Fimbrin-like protein FimI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Giese, C. / Puorger, C. / Ignatov, O. / Weber, M. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comprehensive kinetic characterization of bacterial pilus rod assembly and assembly termination
著者: Giese, C. / Puorger, C. / Ignatov, O. / Weber, M. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet ...pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein FimC
B: Fimbrin-like protein FimI
C: Type-1 fimbrial protein, A chain
D: Chaperone protein FimC
E: Fimbrin-like protein FimI
F: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0738
ポリマ－110,9046
非ポリマー1682
水2,936163
1
A: Chaperone protein FimC
B: Fimbrin-like protein FimI
C: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6205
ポリマ－55,4523
非ポリマー1682
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
2
D: Chaperone protein FimC
E: Fimbrin-like protein FimI
F: Type-1 fimbrial protein, A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4523
ポリマ－55,4523
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.350, 198.350, 87.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Chaperone protein FimC / シャペロン


分子量: 22754.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fimC, b4316, JW4279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質 Fimbrin-like protein FimI


分子量: 17189.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fimI, b4315, JW5779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39264
#3: タンパク質 Type-1 fimbrial protein, A chain / Type-1A pilin


分子量: 15508.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fimA, pilA, b4314, JW4277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04128

-
非ポリマー , 3種, 165分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.8 M sodium formate, 100 mM Tris/acetic acid pH 8.5, 16% PEG 4000 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→22 Å / Num. obs: 48258 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.851 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 21.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.8-35.1370.5763.0789450.64399.2
3-45.7840.12813.02226110.14199.4
4-66.360.04138.38117530.04599.9
6-106.2780.02948.1539350.03299.9
10-126.2060.02363.94670.02599.8
12-156.0410.02262.83160.02499.4
15-1860.02362.471420.025100
18-195.5710.02259.94280.025100
19-205.6960.02761.94230.029100
20-215.40.02463.13200.026100
21-225.50.02463.06180.02713.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15rc3_3435精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SQB

3sqb


解像度: 2.8→19.891 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 1010 2.09 %
Rwork0.1705 --
obs0.1713 48217 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 218.28 Å2 / Biso mean: 80.5496 Å2 / Biso min: 29.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7206 0 11 163 7380
Biso mean--83.56 62.84 -
残基数----961
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.94720.31511430.2626666099
2.9472-3.13120.27921430.2337667699
3.1312-3.37190.27971430.2088670699
3.3719-3.70930.2161440.17886706100
3.7093-4.24150.18871440.15536771100
4.2415-5.32680.15991450.13216779100
5.3268-19.8910.19281480.16176909100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.28821.662-0.08518.33550.18683.43880.3473-0.2889-0.1587-0.14770.1298-0.6199-0.40391.1623-0.44720.8840.0913-0.05810.5189-0.17460.526-80.1120.8017-5.5471
28.16951.0161-0.45888.2267-1.33116.5435-0.1349-0.0657-0.2278-0.90141.3704-0.3904-0.54990.6571-1.06051.01620.0725-0.04850.728-0.330.5978-74.59436.6858-4.9712
33.1484-1.1627-0.46113.08151.60211.37640.0206-0.22870.0211-0.24380.4204-0.75830.03710.4497-0.39650.91040.075-0.13230.5715-0.11750.4055-82.1273.9354-2.0284
44.32021.54882.03482.60861.10862.58620.2387-0.4301-0.63580.15660.0155-0.35730.5823-0.4723-0.19521.08840.0861-0.0860.43130.05410.4167-98.205-15.8295-8.381
53.0621-3.4256-4.77788.50435.17438.3135-0.6938-0.6664-0.42210.73070.7836-0.76560.52841.4343-0.03220.78270.10290.01930.6417-0.26950.7367-78.7516-7.6036-24.8027
62.1010.84730.64353.93725.56539.11630.3364-0.02550.3314-1.366-0.8555-0.5665-1.56480.2840.49910.94450.01770.0510.4892-0.04120.5885-89.666816.7723-10.5842
77.037-4.7809-6.54384.20515.74798.79770.76490.32510.8405-0.1550.087-0.0863-0.6985-0.6377-0.99910.92220.139-0.00090.39840.12920.5317-104.552727.16485.7979
83.1351-2.9513-3.14076.66336.10495.59410.2770.55350.0411-1.0495-0.242-0.27530.02130.28660.02250.95580.0509-0.07980.3529-0.01290.4126-96.11687.3706-10.3593
98.27733.8491-1.63784.9387-3.57123.7373-0.0286-0.6678-0.38170.4474-0.09180.05960.4926-0.40380.20450.88510.0194-0.03960.36670.00430.3379-99.53414.311112.6924
107.89946.16311.81776.53894.29075.1652-0.0806-0.37730.42990.05150.3421-0.1145-0.18380.1437-0.38260.807-0.0033-0.12930.28990.00560.3962-94.515524.317313.9463
114.8497-0.2494-2.3890.05520.15571.13070.23260.5789-0.4915-0.55720.09170.15981.0931-0.4377-0.21341.0656-0.0292-0.16770.34140.00420.3548-103.332411.98-1.5471
123.52444.9602-2.72578.2764-3.74385.76170.1952-0.35930.92880.73960.24930.0746-0.55450.2113-0.31290.64460.0735-0.14380.3931-0.05780.4437-98.482425.383412.3574
135.6547-3.1561-3.40374.10744.77586.14220.163-0.0925-0.14480.33930.01290.00850.64340.1768-0.16141.03470.156-0.13090.33670.00540.3636-92.11224.0148-3.8347
145.70642.9697-1.62333.852-3.50283.33580.2056-1.1748-1.0983-0.0691-0.2003-1.1391-0.34181.60480.1350.7443-0.0206-0.11490.8552-0.25180.9072-70.3991-9.2628-28.009
156.02620.1279-0.71995.40143.09268.1225-0.35660.5007-0.2801-0.42120.6834-0.5946-0.37831.1635-0.28741.0261-0.2130.19040.5934-0.16050.5732-80.3718-5.8606-34.0638
167.9696-5.10073.53354.3089-4.30865.5277-0.27270.10151.8515-1.6468-0.8765-2.9728-0.94022.07910.89581.3638-0.50670.39461.1268-0.15371.413-72.7025-2.1148-43.3006
171.90312.19633.74193.0414.06197.5699-1.09790.8538-0.2422-0.19750.8936-0.6055-0.43541.66470.30391.307-0.64280.47251.6236-0.49121.1748-67.0887-5.2371-44.3431
181.50650.38961.84883.2471-0.2682.6636-0.3120.97310.2185-0.37050.3832-1.1397-0.380.99430.13571.0544-0.08210.25580.8867-0.2110.7244-76.8682-7.7723-35.1273
195.3085-0.37480.6248.61085.49099.2875-0.04730.00360.7533-0.3609-0.16520.5077-0.0858-0.17190.17440.612-0.1429-0.06540.3302-0.07790.6647-86.565843.876613.5737
208.42974.6375-1.10715.6772-0.08572.5358-0.89140.29690.5616-1.2310.53740.9159-0.02970.11390.36311.0525-0.164-0.19810.4991-0.04110.6236-87.445441.74985.9742
213.2799-1.5354-1.01593.14474.1254.72280.510.56192.2032-0.3638-0.9361.0711-1.3911-1.57661.63950.8614-0.3157-0.11330.6536-0.5341.4561-94.922150.38217.8391
223.5544-0.68891.45876.59461.64460.75270.22130.21030.2416-0.896-0.24270.00350.09990.1087-0.15570.8334-0.15120.1030.4806-0.05730.5204-80.165829.52310.6991
233.114-0.26430.5723.28663.28864.1390.2509-0.8270.5450.6418-0.78190.67770.3443-0.39110.37020.8456-0.3830.17890.5939-0.24130.8995-82.874950.598235.4946
243.88231.04931.22555.35333.43335.26240.3572-0.79020.0321.5147-0.470.57840.4393-0.47580.1231.2074-0.42640.17970.7601-0.12780.6909-78.036350.635339.1556
250.9625-1.4088-0.36163.3086-1.6913.50050.10080.36440.07710.8407-0.2743-0.277-0.07460.07640.26630.3735-0.1935-0.12360.6522-0.00750.5952-76.364663.785312.1779
264.697-1.1129-2.64564.0404-1.88243.22330.98681.1083-0.3373-3.0262-1.4535-1.37030.19031.30290.16080.99140.10620.14790.8849-0.21370.9834-70.252223.17219.6
275.05061.782-4.56237.93520.93577.9767-1.0073-1.1761-1.42320.6909-0.3469-3.83625.12053.68021.42631.9010.43280.08471.0370.22031.5634-72.55993.669919.1882
282.08711.03480.18718.24461.89243.64280.038-0.0352-0.30020.21080.0958-0.91740.47150.5163-0.15930.64150.045-0.08690.5163-0.11860.4566-76.29624.423919.4598
293.7531-1.59510.20674.0083-1.02882.51490.034-0.28160.18060.8621-0.1576-0.60180.41650.62670.10370.8417-0.0176-0.1120.5091-0.10780.4825-75.62222.741822.0495
302.62880.90281.20374.633-0.99342.94610.63660.4866-0.044-1.6392-0.01451.07880.5587-0.5864-0.56090.6115-0.2168-0.02460.89640.00290.5312-78.749274.10683.5916
310.0257-0.03790.27252.06322.33492.961-0.25610.82840.1493-0.06470.3277-0.4857-0.32410.5417-0.0860.5865-0.29060.02640.7149-0.03250.5262-66.804674.987510.4048
325.48580.65721.39264.5862-2.87668.34350.53160.08280.01560.3183-0.13460.3382-0.18310.0699-0.50990.5197-0.18580.05040.653-0.11840.4917-70.500269.218411.4352
337.2881-0.61145.18555.1949-0.07834.03060.48090.3222-0.0644-0.2257-0.4610.643-0.49480.31530.19680.8137-0.1069-0.06821.10.03880.6041-75.044982.9907-4.4599
343.2951-2.10840.90979.8505-2.69335.57760.17240.5896-0.0768-0.74030.13320.11370.0877-0.0883-0.28650.4794-0.2514-0.08820.6658-0.00970.4092-73.803672.41477.3716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 47 )A1 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 60 )A48 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 106 )A61 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 205 )A107 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 11 through 24 )B11 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 25 through 33 )B25 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 34 through 54 )B34 - 54
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 55 through 77 )B55 - 77
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 78 through 87 )B78 - 87
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 88 through 99 )B88 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 100 through 139 )B100 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 140 through 153 )B140 - 153
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 154 through 160 )B154 - 160
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 25 through 38 )C25 - 38
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 39 through 104 )C39 - 104
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 105 through 114 )C105 - 114
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 115 through 133 )C115 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 134 through 158 )C134 - 158
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 47 )D1 - 47
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 48 through 60 )D48 - 60
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 61 through 80 )D61 - 80
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 81 through 106 )D81 - 106
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 107 through 164 )D107 - 164
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 165 through 205 )D165 - 205
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 6 through 27 )E6 - 27
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 28 through 39 )E28 - 39
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 40 through 49 )E40 - 49
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 50 through 99 )E50 - 99
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 100 through 160 )E100 - 160
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 18 through 68 )F18 - 68
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 69 through 84 )F69 - 84
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 85 through 114 )F85 - 114
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 115 through 128 )F115 - 128
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 129 through 159 )F129 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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