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万見
- PDB-6sw8: Crystal structure of the NS1 (H7N1) RNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sw8
タイトルCrystal structure of the NS1 (H7N1) RNA-binding domain
要素Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / INFLUENZA VIRUS / RNA-BINDING DOMAIN / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.933 Å
データ登録者Coste, F. / Wacquiez, A. / Marc, D. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structure and Sequence Determinants Governing the Interactions of RNAs with Influenza A Virus Non-Structural Protein NS1.
著者: Wacquiez, A. / Coste, F. / Kut, E. / Gaudon, V. / Trapp, S. / Castaing, B. / Marc, D.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0337
ポリマ－17,6342
非ポリマー3985
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.827, 83.827, 68.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 8817.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/turkey/Italy/977/1999(H7N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Italy/977/1999(H7N1) / 遺伝子: ns1, NS, NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1PST0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12M (Diethylene glycol, Triethylene glycol, Tetraethylene glycol, Pentaethylene glycol) + 0.1M (Sodium HEPES, MOPS) + 37.5% (MPD, PEG 1000, PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→49.832 Å / Num. obs: 21170 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 42.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 21170 / CC1/2: 0.704

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H5N

5h5n


解像度: 1.933→49.832 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 977 4.62 %
Rwork0.1755 --
obs0.1763 21170 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 177.85 Å2 / Biso mean: 54.5362 Å2 / Biso min: 29.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.933→49.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 26 66 1255
Biso mean--75.5 51.16 -
残基数----146
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.09281.61370.59248.0147-2.90486.91280.00430.31540.3422-0.35480.35921.23110.0953-0.4929-0.34810.2737-0.0831-0.03630.35240.01190.399624.9599-23.9772-1.011
24.75963.7501-2.83865.7415-5.16676.8228-0.93760.9225-0.0494-1.91490.609-0.51030.4653-0.58720.27040.5766-0.184-0.05760.59860.0030.408927.4299-26.8016-9.2266
34.9642.0251.6335.18420.18694.45590.334-0.90830.48650.9415-0.45780.965-0.0749-0.86220.24320.5134-0.10270.11370.4672-0.00240.498323.1313-27.33288.2572
43.8481.75940.13564.7304-2.88966.88920.26430.03610.36130.2632-0.09250.4619-0.49960.1156-0.31750.3202-0.05420.06960.2932-0.02960.365332.7822-15.8682.129
52.01272.1438-0.86954.736-2.18613.4210.1634-0.0890.33980.36410.07380.2864-0.4216-0.0665-0.13770.3839-0.02690.04340.318-0.01040.326633.5801-16.35561.8359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 29 )B1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 30 through 50 )B30 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 51 through 73 )B51 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 25 )A1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 26 through 73 )A26 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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