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- PDB-6svl: human Myeloid-derived growth factor (MYDGF) in complex with neutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6svl
タイトルhuman Myeloid-derived growth factor (MYDGF) in complex with neutralizing Fab
要素
  • Fab_heavy_chain
  • Fab_light_chain
  • Myeloid-derived growth factor
キーワードCYTOKINE / MYDGF / growth factor / Fab / neutralizing antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process ...XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Myeloid-derived growth factor / UPF0556 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid-derived growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Ebenhoch, R. / Nar, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structure and receptor-interacting residues of MYDGF - a protein mediating ischemic tissue repair.
著者: Ebenhoch, R. / Akhdar, A. / Reboll, M.R. / Korf-Klingebiel, M. / Gupta, P. / Armstrong, J. / Huang, Y. / Frego, L. / Rybina, I. / Miglietta, J. / Pekcec, A. / Wollert, K.C. / Nar, H.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab_heavy_chain
B: Fab_light_chain
C: Myeloid-derived growth factor
D: Fab_heavy_chain
E: Fab_light_chain
F: Myeloid-derived growth factor
G: Fab_heavy_chain
H: Fab_heavy_chain
I: Fab_light_chain
J: Myeloid-derived growth factor
K: Fab_heavy_chain
L: Fab_light_chain
M: Fab_light_chain
N: Myeloid-derived growth factor
O: Fab_heavy_chain
P: Fab_light_chain
Q: Myeloid-derived growth factor
R: Myeloid-derived growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,57521
ポリマ－408,29918
非ポリマー2763
水46,9112604
1
A: Fab_heavy_chain
B: Fab_light_chain
C: Myeloid-derived growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0503
ポリマ－68,0503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Fab_heavy_chain
E: Fab_light_chain
F: Myeloid-derived growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1424
ポリマ－68,0503
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Fab_heavy_chain
I: Fab_light_chain
J: Myeloid-derived growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0503
ポリマ－68,0503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Fab_heavy_chain
L: Fab_light_chain
Q: Myeloid-derived growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0503
ポリマ－68,0503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: Fab_heavy_chain
M: Fab_light_chain
N: Myeloid-derived growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1424
ポリマ－68,0503
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
O: Fab_heavy_chain
P: Fab_light_chain
R: Myeloid-derived growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1424
ポリマ－68,0503
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.519, 107.430, 109.369
Angle α, β, γ (deg.)71.540, 86.250, 73.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
Fab_heavy_chain


分子量: 26561.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293F
#2: 抗体
Fab_light_chain


分子量: 25633.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293F
#3: タンパク質
Myeloid-derived growth factor / MYDGF


分子量: 15854.741 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYDGF, C19orf10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293-6E / 参照: UniProt: Q969H8
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M trisodium citrate (pH 5.5) and 20 % PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→97.82 Å / Num. obs: 320264 / % possible obs: 63.5 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 24.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.584→1.584 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 160008 / Rsym value: 0.633

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IQW

1iqw


解像度: 1.58→97.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.111
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 16013 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.182 320264 62.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 139.1 Å2 / Biso mean: 33.23 Å2 / Biso min: 6.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5024 Å20.9584 Å21.2789 Å2
2---1.2375 Å21.1692 Å2
3---2.7399 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→97.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24893 0 42 2604 27539
Biso mean--24.04 39.1 -
残基数----3231
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8458SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4293HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25660HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact30213SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d25660HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg34917HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.25
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 324 5.06 %
Rwork0.2162 6082 -
all0.2181 6406 -
obs--6.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3892-0.9441-0.75213.2763-0.46782.53620.20510.12621.133-0.04950.0332-0.0251-0.6031-0.1214-0.2383-0.14060.02820.0871-0.22970.0640.1197-70.865835.047629.6119
2-0.0024-0.60640.14751.7278-0.14890.58560.005-0.0489-0.04830.0589-0.0739-0.0639-0.10220.06340.0689-0.06230.01180.0195-0.02370.0238-0.0281-54.703160.59380.0328
30.87310.24350.17890.8876-0.37240.4573-0.027-0.08420.20310.0841-0.05260.0134-0.1088-0.01760.0795-0.0640.00430.0102-0.0448-0.0119-0.0126-37.431527.116425.6752
40.8405-0.3048-0.16963.7892-0.26111.10840.0563-0.0376-0.0543-0.079-0.01680.0697-0.31310.0065-0.0395-0.11490.04270.031-0.1302-0.035-0.1651-69.256670.5792-5.536
50.7386-0.02840.44060.67540.0410.4789-0.113-0.14640.16660.0582-0.0118-0.0651-0.1098-0.03350.1248-0.08010.0044-0.0154-0.0310.0087-0.0194-21.382221.427230.6924
64.8580.99840.95845.9851-0.14592.65520.06860.0265-0.7024-0.06640.04661.17450.4102-0.3332-0.1152-0.2805-0.05860.0118-0.2821-0.00250.2777-73.411621.40481.4411
72.41180.0671-1.03013.2146-0.33281.95950.0326-0.17720.0746-0.10130.0269-0.3507-0.22740.2172-0.0595-0.0907-0.02780.0302-0.09190.0078-0.0335-24.804847.7521-5.4879
80.6459-0.15860.10262.0556-0.40790.36630.03060.0205-0.0719-0.0097-0.06990.1053-0.00360.05120.0393-0.02810.03330.0241-0.01310.0299-0.026-26.426842.8303-35.6491
92.2528-0.22980.20364.3384-0.26511.84480.0680.0997-0.3601-0.1769-0.0547-0.12610.40260.0244-0.01330.03410.00830.0331-0.0130.01750.0452-44.417-17.969830.3783
100.6684-0.96630.18252.9486-0.80040.58170.11520.0904-0.1799-0.1197-0.10410.393-0.00540.0725-0.0112-0.14420.0273-0.0133-0.139-0.0042-0.0586-40.58953.2575-40.673
116.09970.64740.87695.2152-0.37352.46230.0869-0.2366-0.26650.043-0.00450.90540.291-0.3308-0.0823-0.2363-0.02070.0207-0.28560.04290.1709-47.47653.9571-34.3627
120.22720.0084-0.19721.2524-0.06280.2346-0.01240.03160.13580.0490.01540.1014-0.04090.004-0.003-0.03830.0439-0.0056-0.0245-0.0031-0.0087-106.6127-7.8766-33.4268
130.3015-0.3253-0.28841.3553-0.240.972-0.00610.0318-0.0406-0.1046-0.03370.21830.2688-0.02880.0398-0.02110.0065-0.0076-0.07690.0063-0.0687-46.17557.57951.7403
140.3770.0604-0.02991.66660.0470.3597-0.00780.03140.03950.0067-0.0101-0.08080.0197-0.03840.0179-0.03540.02750.0062-0.0546-0.0074-0.0472-93.6141-18.7985-40.3772
152.99260.3414-0.91313.4264-0.35371.37420.0086-0.13090.00520.04290.0107-0.4398-0.06940.1531-0.0193-0.13170.00590.0064-0.1394-0.01520.0372-85.740730.56-42.1849
160.6350.4405-0.19470.6602-0.02270.3701-0.01380.066-0.0762-0.0708-0.0293-0.08770.0611-0.01230.0431-0.05680.00430.01420.00860.0194-0.03-75.4156-8.596532.6892
170.3377-0.1139-0.17491.1962-0.29080.76030.04080.1487-0.0227-0.2905-0.11720.06250.34520.06150.07650.06020.07990.0154-0.1075-0.0097-0.1456-32.8751-0.0637-6.8048
180.83970.3323-0.20710.839-0.07980.4025-0.0566-0.004-0.1297-0.02650.0091-0.00880.14490.03760.0475-0.04950.00560.014-0.0330.0115-0.0446-91.3218-8.891941.8068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }N5 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }A1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3{ O|* }O1 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|* }B1 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5{ P|* }P1 - 209
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|* }C7 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7{ Q|* }Q5 - 137
8X-RAY DIFFRACTION8{ D|* }D1 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9{ R|* }R5 - 136
10X-RAY DIFFRACTION10{ E|* }E1 - 212
11X-RAY DIFFRACTION11{ F|* }F5 - 137
12X-RAY DIFFRACTION12{ G|* }G1 - 221
13X-RAY DIFFRACTION13{ H|* }H1 - 221
14X-RAY DIFFRACTION14{ I|* }I1 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15{ J|* }J5 - 137
16X-RAY DIFFRACTION16{ K|* }K1 - 221
17X-RAY DIFFRACTION17{ L|* }L1 - 212
18X-RAY DIFFRACTION18{ M|* }M1 - 212

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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