PDB-6sut: Crystal structure of phosphothreonine MCR-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sut

タイトル

Crystal structure of phosphothreonine MCR-2

要素

Putative integral membrane protein

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / colistin / MCR / phosphoethanolamine / transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Resistance to the "last resort" antibiotic colistin: a single-zinc mechanism for phosphointermediate formation in MCR enzymes.
著者: Lythell, E. / Suardiaz, R. / Hinchliffe, P. / Hanpaibool, C. / Visitsatthawong, S. / Oliveira, A.S.F. / Lang, E.J.M. / Surawatanawong, P. / Lee, V.S. / Rungrotmongkol, T. / Fey, N. / Spencer, ...

履歴

登録	2019年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sut.cif.gz	252.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sut.ent.gz	166.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sut.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sut_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sut_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	6sut_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6sut_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6sut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6sut	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mx9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c29-2 6a7w-2 5lrn-1 2nnl-2 1lrj-d 1udc-d 6li6-2 4ay8-1 6bnc-2 1il5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative integral membrane protein

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.080, 53.570, 122.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Putative integral membrane protein 分子量: 36161.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: A0A1C3NEV1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.15 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.15 M potassium bromide, 30% PEG2000MME Protein: 15 mg/ml in 10 mM NaPi pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→53.57 Å / Num. obs: 87793 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 10.8490655323 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4367 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.426 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MX9

5mx9

解像度: 1.2→49.09 Å / SU ML: 0.0938913037912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33789850815 / 位相誤差: 14.6461024616

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.153780431788	4277	4.87690851663 %
R_work	0.141051462457	-	-
obs	0.141659840596	87699	97.8881807324 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.02196251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2541	0	26	444	3011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00756645170287	2681
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.960098440838	3656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0776142061777	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00669745613111	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9378721896	977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.256292271784	141	0.269318801126	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.022587269
1.2136-1.2279	0.254617097527	133	0.243781039306	2734	X-RAY DIFFRACTION	95.2808241941
1.2279-1.2429	0.226143002153	162	0.23571840858	2623	X-RAY DIFFRACTION	96.3667820069
1.2429-1.2586	0.245030356815	108	0.228160525283	2725	X-RAY DIFFRACTION	96.7885206696
1.2586-1.2752	0.220452195909	138	0.214024146209	2724	X-RAY DIFFRACTION	95.6231206148
1.2752-1.2927	0.21000994331	143	0.215360992879	2706	X-RAY DIFFRACTION	96.8718123087
1.2927-1.3111	0.213303624618	132	0.210245399479	2716	X-RAY DIFFRACTION	96.64065151
1.3111-1.3307	0.234795699072	161	0.201123106782	2672	X-RAY DIFFRACTION	96.8215994532
1.3307-1.3515	0.195149309922	136	0.20345789857	2764	X-RAY DIFFRACTION	97.1198928332
1.3515-1.3737	0.180112142448	146	0.181201195027	2716	X-RAY DIFFRACTION	96.8200270636
1.3737-1.3973	0.196726484901	142	0.190080393371	2738	X-RAY DIFFRACTION	97.4949221395
1.3973-1.4228	0.192240823668	140	0.168163885638	2717	X-RAY DIFFRACTION	97.0118845501
1.4228-1.4501	0.181109726241	136	0.158720178932	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.0840336134
1.4501-1.4797	0.175918057804	141	0.15468257283	2712	X-RAY DIFFRACTION	96.6136132746
1.4797-1.5119	0.181948837564	164	0.147055375098	2766	X-RAY DIFFRACTION	98.7196765499
1.5119-1.5471	0.154638994595	145	0.14157571777	2741	X-RAY DIFFRACTION	97.0084033613
1.5471-1.5858	0.143955033241	126	0.140321741959	2791	X-RAY DIFFRACTION	98.2485685416
1.5858-1.6286	0.142297175359	183	0.134048785402	2767	X-RAY DIFFRACTION	98.9600805099
1.6286-1.6766	0.166251299419	149	0.137165203847	2775	X-RAY DIFFRACTION	97.6946207818
1.6766-1.7307	0.1293910117	138	0.132375694488	2777	X-RAY DIFFRACTION	97.9831932773
1.7307-1.7925	0.14909296914	141	0.130107967737	2790	X-RAY DIFFRACTION	98.6204576043
1.7925-1.8643	0.137463783846	126	0.131889606513	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.0317195326
1.8643-1.9492	0.138407217731	150	0.123471039869	2800	X-RAY DIFFRACTION	98.9268947015
1.9492-2.0519	0.126413662357	126	0.122698095907	2847	X-RAY DIFFRACTION	98.7379608104
2.0519-2.1805	0.130007123978	145	0.120626042647	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.4320080187
2.1805-2.3488	0.120676322093	153	0.122635190762	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.471423852
2.3488-2.5852	0.119037470083	147	0.118597993097	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.4721214121
2.5852-2.9593	0.150170144767	137	0.125492813963	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.7050147493
2.9593-3.7282	0.144110962003	142	0.121505252398	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.8381353189
3.7282-49.09	0.150260397546	146	0.133665302622	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.8769609351

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.64705782349	-5.57633813481	0.0705994588437	7.05134511503	-0.213507783958	2.15423479023	-0.312981768175	-0.291256521056	0.143125386567	0.683547792245	0.242628466865	-0.250222442824	0.11399588719	0.0597322375399	0.0713947558048	0.207461724127	-0.0354221361757	-0.0290296953592	0.164665610614	-0.0199790703235	0.107560582225	15.4340269774	4.67859237516	3.79830162471
2	0.753669286853	0.223221357934	0.190753303062	0.938684275756	0.407265296034	0.748036615271	-6.85564418475E-5	-0.0269940649901	-0.0917148430344	0.081480392543	-0.0223080171645	0.0314695400188	0.0868299368898	-0.0187220206286	0.0158858528264	0.0807116246134	-0.00458319678515	0.0156795945319	0.0704709333082	0.00375653135748	0.0800614109942	5.16805623194	-6.55421617115	-19.8250121658
3	4.82403454692	-1.02990419718	0.575082333664	3.20818993713	1.22417018289	4.46522449028	-0.0796565685522	-0.139983008982	0.133049194306	0.0275285131155	-0.0452083276425	0.26054671809	-0.248294617759	-0.307075404209	0.0882503582083	0.106812075449	0.00793696988035	0.0119070611281	0.0938675315091	-0.0163541691567	0.0780685097028	2.22074273116	11.7207115133	-8.19105669552
4	0.840566469237	-0.0728184348892	-0.125293633057	0.851731317985	0.273835535138	1.1902692489	-0.0137127075059	-0.0159901329766	0.0231659864913	0.0285610290718	0.0205469475419	-0.0942206802462	-0.0515701430548	0.0675041119583	-0.0144147587291	0.0782671904737	-0.0196817242921	-0.000975810762203	0.0906776785099	-0.0158102788291	0.0947322468096	19.4864189957	7.1611752549	-18.2903250746
5	1.21351530967	0.372870648147	2.2649223835	0.924845586487	1.02369887881	6.50945251496	-0.0432412398894	0.0516828825	-0.0133760988636	0.0249678149595	0.0461641509024	-0.0399656707616	-0.0688641721413	0.142330312903	-0.00132263183483	0.0456858991328	-0.016249622838	0.0237936842383	0.0549712378564	-0.000999182109667	0.0729921292213	14.5987663741	0.711134269106	-24.2735108875
6	7.23313655093	-6.18694628626	1.40248539306	7.77746296547	-1.37182820722	3.08301441172	0.241782776619	0.371956018184	0.151280400118	-0.418831923072	-0.235262647041	0.0340771040599	-0.158491201651	-0.0316819234745	-0.0207611426536	0.13516588179	-0.00739381491803	-0.00452373981127	0.116960976242	-0.0119315148986	0.0841307937682	2.07290323632	-1.89050620519	-41.3857050608
7	5.78176517644	-0.655036633162	5.9419043521	0.929552485818	-0.336108280803	7.0069840954	0.0629548517424	0.0763933594891	-0.120429315205	0.0120294427475	0.028304164935	-0.0379553903534	0.0737297107355	0.114931954493	-0.0931213963628	0.0552257975741	-0.00454995490798	0.0115383880454	0.0471732600667	-0.00782986639998	0.0665393482074	12.4194470462	-7.07509869335	-26.3575525279
8	1.03754337055	-0.281589951599	1.11134812611	0.846717073033	-0.279763571206	1.6501224376	0.0435982823569	0.0598625733137	0.0159299307576	0.0284855938733	-0.0697286061602	0.0115096791043	0.0675179423151	0.0583566508607	0.0466024844868	0.0580085327837	-0.0109330612597	0.0173205877941	0.0610065666224	-0.00562914623424	0.0598517118317	2.45655599098	-0.296326592515	-20.6754945638
9	3.29575590671	-1.84343993628	1.17921822183	2.42853616268	-1.09937161691	1.55405905276	-0.027300127915	-0.176621293634	-0.196674170623	0.181657111499	0.0382167070863	0.0570254966194	0.133985826071	-0.0386269241875	-0.0379978111231	0.13047271956	-0.0158652872094	0.0184352333188	0.0730348954905	-0.000278624431836	0.101250768035	4.90937857526	-8.94298071797	-11.9324102249
10	1.84330955681	-0.0549730011554	1.02641884724	1.32798927372	0.527635460752	2.11501455468	-0.00261859489169	-0.34268292537	-0.0773882534013	0.431549974314	0.0193268408618	0.0938663247036	0.122596656101	-0.169029916463	-0.0164093389355	0.194504536712	-0.00651812930241	0.0281072530229	0.142163837835	0.0114472886643	0.0774184695399	6.38953997453	-1.52779032431	-1.86578775677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 217 through 237 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 238 through 287 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 288 through 311 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 379 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 380 through 407 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 408 through 423 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 424 through 452 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 453 through 486 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 487 through 513 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 514 through 540 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)