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- PDB-6su1: Trypanosoma congolense pyruvate kinase in complex with citrate an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6su1
タイトルTrypanosoma congolense pyruvate kinase in complex with citrate and glycerol
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / Complex / Glycolysis / Trypanosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma congolense IL3000 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sterckx, Y.G.-J. / Pinto Torres, J.E.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2020
タイトル: Structural and kinetic characterization of Trypanosoma congolense pyruvate kinase.
著者: Pinto Torres, J.E. / Yuan, M. / Goossens, J. / Versees, W. / Caljon, G. / Michels, P.A. / Walkinshaw, M.D. / Magez, S. / Sterckx, Y.G.
履歴
登録2019年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,72426
ポリマ－451,3948
非ポリマー2,33018
水3,207178
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,82613
ポリマ－225,6974
非ポリマー1,1299
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17350 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area71080 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,89813
ポリマ－225,6974
非ポリマー1,2019
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17200 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area67590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.450, 107.150, 148.000
Angle α, β, γ (deg.)109.740, 90.510, 106.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 56424.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma congolense IL3000 (トリパノソーマ)
遺伝子: TCIL3000_10_12020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0UYF4, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM ammonium citrate dibasic, 12.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.33 Å / Num. obs: 85798 / % possible obs: 93.36 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 96.58 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.1083 / Rpim(I) all: 0.09842 / Rrim(I) all: 0.1468 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Rmerge(I) obs: 0.8434 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 8940 / CC1/2: 0.364 / Rpim(I) all: 0.7708 / Rrim(I) all: 1.146

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HYV

4hyv


解像度: 3→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.431
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4290 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 85798 93.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 283.13 Å2 / Biso mean: 86.62 Å2 / Biso min: 18.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9073 Å22.4196 Å2-0.8049 Å2
2--5.3172 Å27.909 Å2
3---2.59 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27883 0 155 178 28216
Biso mean--102.04 50.03 -
残基数----3765
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9748SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4923HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it28441HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3983SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact33229SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d28441HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg38639HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.48
LS精密化 シェル解像度: 3→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 86 5.01 %
Rwork0.2165 1630 -
all0.2182 1716 -
obs--97.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3834-0.6621-0.20571.51940.42150.88770.1670.1278-0.2287-0.4611-0.10510.1540.11260.1893-0.06190.23010.2606-0.18270.160.16920.253671.0791-91.3304-4.3141
21.36370.25320.57611.07790.09711.7260.1864-0.1649-0.19630.1395-0.0199-0.06640.005-0.0174-0.1665-0.1360.1337-0.04960.11180.28690.059174.754-62.65623.8501
31.1237-0.14920.74210.3163-0.92892.3828-0.23420.15660.21780.0424-0.0403-0.0644-0.46010.13210.27450.12640.1659-0.09570.06110.24470.146952.399-31.268-13.996
41.6402-0.2590.8720.5992-0.26721.5820.55850.1361-0.4353-0.1002-0.11920.19180.488-0.0894-0.43930.2060.1585-0.23310.09260.21140.261330.05-59.601-19.934
51.11990.1873-0.04161.01960.22220.76930.1251-0.15750.26360.1466-0.01230.1185-0.2238-0.1597-0.11270.00390.1306-0.01390.19250.28720.061671.436-62.69577.08
60.81240.0841-0.18150.4073-0.9971.8823-0.1456-0.1095-0.2066-0.11560.102-0.0220.3334-0.02640.04360.04490.0729-0.02420.05610.27140.20993.138-91.07170.3931
72.7109-0.5521-0.77471.1114-0.24512.22910.16190.43790.3867-0.0274-0.0403-0.1909-0.0252-0.2624-0.1215-0.25440.07640.02090.12590.3154-0.0197116.593-59.11933.529
82.65840.1706-0.77630.58230.03431.91090.5849-0.3540.90990.24140.0383-0.008-0.81420.3983-0.62320.3956-0.13080.2160.1543-0.02550.5929114.1208-31.49762.689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|499 }A2 - 499
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|499 }B2 - 499
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|499 }C2 - 499
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|499 }D2 - 499
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|499 }E2 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|2 - F|499 }F2 - 499
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|2 - G|498 }G2 - 498
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|2 - H|499 }H2 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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