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- PDB-6su0: Crystal structure of dimethylated RSLex in complex with cucurbit[... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6su0
タイトルCrystal structure of dimethylated RSLex in complex with cucurbit[7]uril
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cucurbituril / molecular glue / crystal engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-L-fucopyranoside / cucurbit[7]uril / Fucose-binding lectin protein / Fucose-binding lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Guagnini, F. / Engilberge, S. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland アイルランド
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Engineered assembly of a protein-cucurbituril biohybrid.
著者: Guagnini, F. / Engilberge, S. / Ramberg, K.O. / Perez, J. / Crowley, P.B.
履歴
登録2019年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
D: Fucose-binding lectin protein
E: Fucose-binding lectin protein
F: Fucose-binding lectin protein
I: Fucose-binding lectin protein
J: Fucose-binding lectin protein
K: Fucose-binding lectin protein
M: Fucose-binding lectin protein
N: Fucose-binding lectin protein
O: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,40542
ポリマ－118,17412
非ポリマー16,23230
水4,990277
1
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
I: Fucose-binding lectin protein
J: Fucose-binding lectin protein
K: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,22622
ポリマ－59,0876
非ポリマー8,13916
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Fucose-binding lectin protein
E: Fucose-binding lectin protein
F: Fucose-binding lectin protein
I: Fucose-binding lectin protein
J: Fucose-binding lectin protein
K: Fucose-binding lectin protein
M: Fucose-binding lectin protein
N: Fucose-binding lectin protein
O: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,39027
ポリマ－88,6309
非ポリマー11,76018
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.638, 94.534, 149.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9847.815 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: RSP795_21825, RSP799_05830, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1, UniProt: Q8XXK6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril


分子量: 1162.962 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42N28O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖
ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-a-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 % PEG 8,000 100 mM Sodium acetate; pH 4.5 200 mM Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→149.64 Å / Num. obs: 52443 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.27 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / Num. unique obs: 2608 / CC1/2: 0.09 / Rpim(I) all: 0.358

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BT9

2bt9


解像度: 1.98→27.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU R Cruickshank DPI: 0.469 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.393 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.266
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 2583 4.93 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.25 52422 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 209 Å2 / Biso mean: 45.23 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6341 Å20 Å20.1185 Å2
2--5.9497 Å20 Å2
3----11.5838 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→27.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8479 0 5293 279 14051
Biso mean--45.06 32.49 -
残基数----540
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3637SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2084HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10677HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1212SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11765SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10677HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15905HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.07
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3539 61 5.82 %
Rwork0.2091 988 -
all0.217 1049 -
obs--97.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16920.4835-0.94052.4612-0.045-0.0020.0433-0.19510.11960.1699-0.0177-0.0118-0.0782-0.052-0.0256-0.10640.0431-0.0147-0.0492-0.0169-0.13634.469536.319619.4403
21.2925-0.03770.22461.47740.75670.40060.0138-0.114-0.09780.2023-0.0282-0.15-0.01270.01740.01440.0026-0.0332-0.00250.0070.00330.01216.895416.734519.3866
31.79320.40010.68181.73820.10870.1084-0.0231-0.1630.00550.17590.04570.16360.0093-0.0178-0.02260.0110.02570.0332-0.0544-0.0036-0.0062-11.374824.418319.4061
48.45072.7997-2.2495.69281.05551.3411-0.0281-0.2050.15970.03640.0369-0.0055-0.14390.016-0.00870.3142-0.0852-0.15780.30930.15190.313638.718234.14255.4461
52.4542-2.84322.97848.5168-1.44720.17850.0289-0.02010.04250.0326-0.05310.16450.2401-0.26980.02420.3190.01080.15680.31890.10760.314222.765146.017155.4311
61.88760.0751-1.75451.50191.573-0.00370.0668-0.1470.0466-0.17050.20330.401-0.0908-0.0464-0.27010.1979-0.0172-0.01890.1981-0.02230.121220.446226.190955.4274
71.65530.3288-0.6332.3870.17260.4472-0.0596-0.22140.13420.23680.0545-0.1731-0.0330.16290.0051-0.06590.01620.0144-0.06880.00040.170711.346927.177319.4066
81.29270.13230.60072.09740.12160.09990.0526-0.228-0.13820.1397-0.0208-0.02760.1025-0.0815-0.0318-0.10070.00320.0069-0.03280.0080.1916-4.461215.31919.3678
91.6873-0.6197-0.18221.8535-0.74830.92630.0104-0.17620.09720.3554-0.004-0.0384-0.1682-0.0674-0.0064-0.0887-0.0590.0018-0.04320.00950.2095-6.900134.997319.3461
100-0.0138-0.00930-0.0140.0025-0.01350.0034-0.0199-0.01480.00720.0299-0.01960.01830.0063-0.0660.00370.0211-0.01970.00440.152713.593130.628637.4145
113.4068-0.1661-1.06441.92041.0872-0.00220.11240.216-0.36990.0271-00.0725-0.0031-0.0258-0.11240.17790.0091-0.02240.1528-0.01110.109331.817424.872755.4281
121.9557-0.59840.76923.01490.12490.42480.10780.1048-0.0686-0.2556-0.0561-0.2762-0.0470.0241-0.05170.19010.00540.00540.2020.01030.110934.153844.573955.3979
132.7094-0.4908-0.05941.11091.40671.54440.0729-0.0789-0.23290.1306-0.0514-0.00740.1802-0.0402-0.02150.1891-0.0224-0.02240.1222-0.01460.039515.823436.708255.4974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 24
7X-RAY DIFFRACTION7{ I|* }I2 - 24
8X-RAY DIFFRACTION8{ J|* }J2 - 24
9X-RAY DIFFRACTION9{ K|* }K2 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10{ L|* }L1 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11{ M|* }M2 - 24
12X-RAY DIFFRACTION12{ N|* }N2 - 24
13X-RAY DIFFRACTION13{ O|* }O2 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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