ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB XDSデータ削減 Show Aimless0.7.4データスケーリング Show PHASER位相決定 Show REFMAC5.8.0238精密化 Show PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 Show
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.37→39.64 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.975 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.964 / SU B : 2.51 / SU ML : 0.049 / SU R Cruickshank DPI : 0.0586 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.059 / ESU R Free : 0.061 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1989 5905 5 % RANDOM Rwork 0.1726 - - - obs 0.1739 113301 99.94 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 140.22 Å2 / Biso mean : 27.835 Å2 / Biso min : 12.01 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.21 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.05 Å2 -0 Å2 3- - - -1.25 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.37→39.64 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4522 0 0 695 5217 Biso mean - - - 37.87 - 残基数 - - - - 569
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.013 4860 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.017 4377 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.722 1.645 6631 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.487 1.582 10322 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.497 5 622 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.487 26.303 211 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.92 15 875 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg4.401 15 3 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.095 0.2 662 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.02 5499 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 918
LS精密化 シェル 解像度 : 1.37→1.406 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.345 412 - Rwork 0.313 8293 - all - 8705 - obs - - 99.99 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.5109 -0.4801 0.4881 2.43 0.2347 1.2589 -0.0208 -0.102 0.0581 0.1762 0.0206 -0.1267 -0.0699 0.0787 0.0002 0.025 -0.0072 -0.0288 0.021 -0.0159 0.1107 17.0805 -6.5887 -14.4817 2 1.2234 0.0949 -0.4447 1.5006 -0.3095 1.1708 0.0617 0.1095 0.0692 -0.1804 -0.03 0.0645 -0.0531 -0.0641 -0.0317 0.0314 0.0122 -0.0152 0.0119 0.0067 0.1335 -2.7144 -1.5761 -32.5048 3 2.069 0.3282 0.5695 1.4485 0.5396 1.9019 -0.0115 0.1365 0.0696 -0.2166 0.0819 -0.1844 -0.0705 0.2888 -0.0704 0.0341 -0.0099 0.0186 0.0452 -0.0065 0.1495 19.7128 -15.083 -39.9566
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 190 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 190 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C1 - 190