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- PDB-6ste: Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ste
タイトルCrystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 (SG 3)
要素Evasin-4
キーワードIMMUNE SYSTEM / CHEMOKINE-BINDING PROTEIN / TICKS
機能・相同性negative regulation of chemokine activity / Evasins Class A / Evasins Class A / C-C chemokine binding / Immunoglobulin-like domain / extracellular region / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Evasin-4
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus sanguineus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Ramirez-Escudero, M. / Janssen, B.J.C.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council677500
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of anti-CCL5 activity of the tick salivary protein evasin-4.
著者: Denisov, S.S. / Ramirez-Escudero, M. / Heinzmann, A.C.A. / Ippel, J.H. / Dawson, P.E. / Koenen, R.R. / Hackeng, T.M. / Janssen, B.J.C. / Dijkgraaf, I.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin-4
B: Evasin-4
D: Evasin-4
C: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,82710
ポリマ－45,2654
非ポリマー5626
水4,288238
1
A: Evasin-4
B: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0296
ポリマ－22,6332
非ポリマー3964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
2
D: Evasin-4
C: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7984
ポリマ－22,6332
非ポリマー1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.214, 68.214, 181.531
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 18 or resid 20 through 49...
21(chain C and (resid 18 or resid 20 through 49...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(chain A and (resid 18 or resid 20 through 49...AA1818
12THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 18 or resid 20 through 49...AA20 - 4920 - 49
13THRTHRPHEPHE(chain A and (resid 18 or resid 20 through 49...AA51 - 6951 - 69
14PROPROARGARG(chain A and (resid 18 or resid 20 through 49...AA81 - 9981 - 99
15ALAALATRPTRP(chain A and (resid 18 or resid 20 through 49...AA101 - 104101 - 104
21ASPASPASPASP(chain C and (resid 18 or resid 20 through 49...CD1818
22THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 18 or resid 20 through 49...CD20 - 4920 - 49
23THRTHRPHEPHE(chain C and (resid 18 or resid 20 through 49...CD51 - 6951 - 69
24PROPROARGARG(chain C and (resid 18 or resid 20 through 49...CD81 - 9981 - 99
25ALAALATRPTRP(chain C and (resid 18 or resid 20 through 49...CD101 - 104101 - 104

-
要素

#1: タンパク質
Evasin-4


分子量: 11316.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C8E9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: pentagonal prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% glycerol, 25.5% PEG 4000, 0.17 M ammonium acetate, 85 mM acetate buffer pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97717 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→59.07 Å / Num. obs: 47147 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 19.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3398 / CC1/2: 0.559

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ST4

6st4


解像度: 1.79→56.175 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 20.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 2360 5.01 %
Rwork0.1793 --
obs0.1808 47078 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.94 Å2 / Biso mean: 38.4992 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→56.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2513 0 37 238 2788
Biso mean--46.85 44.66 -
残基数----332
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A412X-RAY DIFFRACTION8.155TORSIONAL
12C412X-RAY DIFFRACTION8.155TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.79-1.82630.34761380.2988252099
1.8263-1.8660.28131400.27762575100
1.866-1.90950.28391220.24362630100
1.9095-1.95720.25341180.22172614100
1.9572-2.01010.22211520.20022594100
2.0101-2.06930.22721080.18082612100
2.0693-2.13610.22541420.17632609100
2.1361-2.21240.24951200.18532600100
2.2124-2.3010.21471610.18232578100
2.301-2.40570.21311460.18872632100
2.4057-2.53260.2671580.18722599100
2.5326-2.69120.24791290.17842645100
2.6912-2.8990.19751550.17242610100
2.899-3.19070.22371260.17732682100
3.1907-3.65240.18131470.15922658100
3.6524-4.60130.16331520.15712700100
4.6013-56.1750.20051460.17232860100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.554-0.63970.12820.5890.42354.2406-0.0638-0.20560.57170.3089-0.1036-0.574-0.34080.65560.24410.3507-0.0855-0.06680.3271-0.04910.288244.978512.684513.1585
24.0151.21771.67823.97561.60083.5256-0.0763-0.20210.11930.2178-0.15610.2334-0.0347-0.19770.18530.2977-0.03230.04730.1928-0.03760.170935.4839-4.15825.9289
33.4342.32641.06742.51391.01532.83980.5575-0.3262-1.06771.01140.2058-1.69030.85981.3937-0.28380.54630.0909-0.15980.7797-0.13770.757642.5967-19.819-6.4929
44.27191.1031.15134.54181.10494.1942-0.0197-0.37080.03410.0739-0.06830.3978-0.03310.16090.1380.2583-0.0299-0.00090.2631-0.04180.199230.1727-9.3211-3.5798
55.7853-0.4507-0.12154.10341.48625.4087-0.05930.3045-0.1823-0.08520.1701-0.71270.4440.43140.11010.30680.01810.07920.245-0.02110.173545.1527-4.17782.0467
62.8405-1.2766-2.23542.7751.05763.865-0.0391-0.0003-0.0559-0.07580.0227-0.0621-0.03670.11420.02510.2785-0.00930.01530.2103-0.00640.172134.969516.049513.5174
76.88330.56191.41744.82350.21863.6189-0.0310.10610.1309-0.2618-0.05380.2431-0.3085-0.640.23780.24390.0922-0.00090.3513-0.01920.168446.208-30.73617.8816
83.8160.50681.04043.15690.8012.6612-0.0337-0.28270.15010.06170.06230.156-0.2775-0.30870.08580.25580.03030.03130.2556-0.01940.148159.3826-31.807927.3178
95.02170.73480.38724.29480.24813.33330.08610.46160.2375-0.8553-0.1754-0.0317-0.5593-0.28330.19010.42110.057-0.00040.38090.01080.196856.5419-31.750214.8373
105.16640.31171.14682.10830.15493.5318-0.079-0.3450.16780.08870.0027-0.1733-0.29370.16120.03030.3043-0.01520.0220.307-0.0010.147865.741-31.246730.6239
115.35662.3888-0.46061.58170.03944.449-0.3211-0.1382-1.97641.52330.42020.13441.95510.156-0.13540.91590.0574-0.03460.73940.15140.67665.9815-45.367240.5401
126.4139-0.75742.00965.17510.74254.1707-0.1537-0.14580.6845-0.0601-0.2788-0.1402-0.82350.22990.0930.4128-0.0346-0.01510.3297-0.04970.258467.764-24.970831.345
132.36240.74221.88342.28110.52822.4680.3101-0.8587-0.06581.0068-0.21640.17070.3878-0.27910.05420.4611-0.04240.00970.5149-0.0220.162964.486-32.936539.085
143.1286-0.47431.22464.3625-1.38614.6277-0.1597-0.3461-0.47310.38050.09370.14990.1258-0.05580.09920.29390.00210.04490.30440.02290.186953.5058-37.189526.2368
152.4032-0.27920.34424.6524-1.84664.72840.3084-0.04760.0019-0.2478-0.10570.0746-0.3831-0.44930.07860.28120.07670.00970.2323-0.00920.148444.9148-20.708413.9797
162.712-0.57230.64775.5377-1.70374.6635-0.0778-0.26950.1280.5669-0.1-0.5298-0.43610.09840.02580.35560.04790.01970.37270.00880.23544.4039-26.84525.7182
172.31230.53880.28796.7986-1.11184.5441-0.0017-0.4825-0.30850.4061-0.1316-0.3047-0.08540.35710.05680.30450.05010.04190.3538-0.01680.182544.2553-27.713429.2158
183.8246-0.56621.11115.1371-1.84565.07320.3009-0.2482-0.1067-0.2686-0.1661-0.3202-0.3528-0.22250.12450.37620.04120.02390.31010.01350.17646.3866-15.147215.9348
194.45990.22730.87244.783-1.73484.30310.41280.5685-0.192-0.55730.23590.3970.6786-1.0371-0.14240.8536-0.0449-0.03931.00660.1570.689331.6492-19.68884.8244
202.3779-0.1975-0.97885.357-2.41472.8949-0.04640.06340.2162-0.5220.11570.4098-0.1939-0.25970.1240.53420.05960.04960.28070.04750.258443.5038-14.611811.0976
214.83720.75220.63241.7014-1.43426.2051-0.0225-0.41250.57470.8104-0.0204-0.4306-0.38540.13830.43770.56840.0691-0.05640.2865-0.07930.279546.3361-8.906717.1218
220.72640.5706-0.16380.62730.48342.13540.09870.1576-0.1478-0.8265-0.11070.21630.614-0.45830.01820.7132-0.0024-0.08980.3172-0.01350.214743.3473-18.94665.0607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 27 )A18 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 67 )A28 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 81 )A68 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 82 through 104 )A82 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 27 )B18 - 27
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 104 )B28 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 20 through 28 )D20 - 28
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 29 through 48 )D29 - 48
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 49 through 56 )D49 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 57 through 71 )D57 - 71
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 72 through 83 )D72 - 83
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 84 through 95 )D84 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 96 through 104 )D96 - 104
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 18 through 28 )C18 - 28
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 29 through 42 )C29 - 42
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 43 through 48 )C43 - 48
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 49 through 56 )C49 - 56
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 57 through 67 )C57 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 68 through 81 )C68 - 81
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 82 through 90 )C82 - 90
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 91 through 98 )C91 - 98
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 99 through 104 )C99 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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