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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6stc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 (SG 2) | ||||||
要素 | Evasin-4 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / CHEMOKINE-BINDING PROTEIN / TICKS | ||||||
機能・相同性 | negative regulation of chemokine activity / Evasins Class A / Evasins Class A / C-C chemokine binding / Immunoglobulin-like domain / extracellular region / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Evasin-4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhipicephalus sanguineus (ダニ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Ramirez-Escudero, M. / Janssen, B.J.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural characterization of anti-CCL5 activity of the tick salivary protein evasin-4. 著者: Denisov, S.S. / Ramirez-Escudero, M. / Heinzmann, A.C.A. / Ippel, J.H. / Dawson, P.E. / Koenen, R.R. / Hackeng, T.M. / Janssen, B.J.C. / Dijkgraaf, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6stc.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6stc.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6stc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6stc_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6stc_full_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6stc_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6stc_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/6stc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/6stc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11316.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C8E9 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 % / 解説: hexagonal prism |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% PEG 400, 0.1 M NaAc pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→43.06 Å / Num. obs: 14083 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 722 / CC1/2: 0.496 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ST4 解像度: 1.69→30.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.99 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.19 Å2 / Biso mean: 32.411 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.69→30.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.734 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -26.639 Å / Origin y: 25.688 Å / Origin z: 9.112 Å
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