PDB-6st3: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with 4-hydroxy-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6st3

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with 4-hydroxy-N-(4-phenoxybenzyl)-2-(1H-pyrazol-1-yl)pyrimidine-5-carboxamide

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.426 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Holt-Martyn, J.P. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Structure-Activity Relationship and Crystallographic Studies on 4-Hydroxypyrimidine HIF Prolyl Hydroxylase Domain Inhibitors.
著者: Holt-Martyn, J.P. / Chowdhury, R. / Tumber, A. / Yeh, T.L. / Abboud, M.I. / Lippl, K. / Lohans, C.T. / Langley, G.W. / Figg Jr., W. / McDonough, M.A. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2019年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6st3.cif.gz	250.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6st3.ent.gz	204.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6st3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/6st3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/6st3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bqxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lr8-d 5y59-d 6yo7-d 6t8m-2 6zbn-1 5l9b-1 3ouh-d 5wl3-2 5brl-1 6zbn-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

B: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.870, 80.580, 83.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...
2	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	187 - 215
1	2	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	216
1	3	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	189 - 405
1	4	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	189 - 405
1	5	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	189 - 405
1	6	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	189 - 405
1	7	1	(chain A and (resid 187 through 215 or (resid 216...	A	189 - 405
2	1	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...	B	187
2	2	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...	B	188
2	3	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...	B	188 - 406
2	4	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...	B	188 - 406
2	5	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...	B	188 - 406
2	6	1	(chain B and (resid 187 or (resid 188 and (name...	B	188 - 406

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 26036.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: CATALYTIC DOMAIN (aa 181-407) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-LUW / 4-oxidanyl-~{N}-[(4-phenoxyphenyl)methyl]-2-pyrazol-1-yl-pyrimidine-5-carboxamide 分子量: 387.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% PEG 4000, Sitting drop (300 nl), protein-to-well ratio, 1:2, 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月21日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.426→83.92 Å / Num. obs: 19127 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.8 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.43-2.52	3.8	0.974	1.5	1978	0.548	0.586	1.206	99.5
9.08-83.92	3.5	0.05		424	0.99	0.033	0.064	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BQX

4bqx

解像度: 2.426→58.123 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	946	4.96 %
R_work	0.1924	-	-
obs	0.1936	19083	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 46.4 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.19 Å² / B_iso mean: 49.777 Å² / B_iso min: 20.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.426→58.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3202	0	102	130	3434
B_iso mean	-	-	48.15	46.68	-
残基数	-	-	-	-	419

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1815	X-RAY DIFFRACTION	6.233	TORSIONAL
1	2	B	1815	X-RAY DIFFRACTION	6.233	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.426-2.5537	0.3637	124	0.3021	2534	99
2.5537-2.7137	0.2575	137	0.2682	2576	99
2.7137-2.9232	0.231	127	0.2278	2542	98
2.9232-3.2174	0.2257	158	0.2092	2549	99
3.2174-3.6829	0.2058	123	0.1685	2603	99
3.6829-4.6398	0.2024	134	0.1516	2625	99
4.6398-58.123	0.1865	143	0.1792	2708	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0909	-0.0943	0.1388	0.134	0.0187	0.321	-0.4572	0.2857	0.4978	-0.0667	0.3736	-0.0645	-0.7124	-0.152	0.0004	0.7145	-0.0684	-0.0758	0.459	-0.1639	0.6775	10.9203	46.8764	23.9922
2	0.1661	-0.012	0.0838	0.1542	-0.2123	0.1331	-0.5438	0.4023	0.9332	-0.4204	0.0888	0.3232	-0.4025	-0.6331	-0.0049	0.5447	-0.0489	-0.1304	0.3793	0.0122	0.5833	8.9653	39.8421	17.6651
3	0.2792	0.1322	-0.0376	1.1761	0.3087	0.4474	0.1624	0.7018	0.1199	-1.8313	-0.251	-0.4565	0.0268	0.2275	-0.0073	0.4499	-0.001	0.0493	0.4588	-0.0128	0.4138	18.3222	24.0986	9.2826
4	0.6288	-0.7432	-0.2044	0.7252	-0.9634	1.2585	0.0965	-0.5448	-0.7019	0.4088	-0.1127	-0.1135	0.5649	-0.042	0.0245	0.3992	-0.0068	0.0454	0.3926	0.0102	0.4689	14.7134	16.2339	22.0423
5	1.717	0.2359	-1.2758	0.358	-0.558	3.2612	-0.4113	-0.1049	0.2715	-0.2863	-0.012	-0.5291	-0.3969	0.5695	-0.8497	0.446	-0.0663	-0.1626	0.3664	-0.0303	0.5502	20.5287	35.5507	22.3582
6	0.4957	0.2016	0.2335	0.0751	0.0047	0.2799	0.131	-0.8967	0.9031	0.3364	-0.0363	0.7429	-0.561	-0.3299	0.268	0.7083	-0.0407	-0.1035	0.6783	-0.1541	0.6306	13.0179	41.0014	35.4431
7	0.3044	-0.6975	0.5071	0.5597	-0.1471	0.1706	-0.0172	0.2701	0.048	0.21	-0.0306	-0.0378	0.4203	0.6274	-0.0012	0.3212	-0.0551	0.0327	0.2816	0.0097	0.3407	11.1176	22.3609	20.4757
8	0.0618	0.2429	0.3935	0.1798	-0.0192	0.2018	-0.2315	-0.1325	0.1202	0.5403	-0.1889	0.6684	0.3518	0.2681	-0.0072	0.3949	0.0209	0.0312	0.4148	-0.0057	0.3674	0.9856	24.1223	28.4998
9	0.8581	0.0819	0.0747	0.9291	0.0797	0.2286	-0.5406	0.0449	0.2049	-0.2861	-0.1478	0.1061	-0.4508	0.1229	-0.0155	0.4072	-0.0375	-0.0324	0.3028	-0.0187	0.2742	8.4618	30.4374	17.5239
10	0.3998	-0.207	-0.006	0.0499	0.0418	0.0126	0.0539	-0.0229	0.3837	-0.3193	-0.3379	0.2341	-1.2352	-0.6699	-0.0453	0.5177	0.0199	-0.0502	0.3876	-0.0886	0.4302	-3.7333	31.3704	18.0303
11	0.7358	-0.1161	0.8415	0.0617	-0.0771	0.9332	0.1681	0.4193	1.1728	-0.9009	-0.1633	1.2037	-1.3064	-0.1044	-0.3452	0.4296	0.0079	-0.1035	0.2789	-0.145	0.5595	0.6848	34.5343	15.293
12	1.432	-0.4937	0.9387	0.6505	-0.8695	3.8318	-0.459	0.1373	-0.1077	0.2879	-0.8623	0.3209	-0.3531	0.5447	-0.561	0.4616	0.0711	0.0246	0.1812	-0.1581	0.4205	4.6639	34.9253	27.049
13	0.2262	-0.1035	0.0998	0.5945	0.0199	-0.0101	0.0532	-0.0824	-0.3561	-0.1868	-0.0737	0.4834	-0.1794	-0.0808	-0.0111	0.2657	-0.0199	-0.0736	0.3149	-0.0968	0.3874	-2.0079	25.633	18.091
14	0.3152	-0.387	0.5433	0.2839	-0.4137	0.2969	-0.2505	0.2606	0.028	0.2311	0.2558	-0.1255	-0.6628	0.4451	-0.0006	0.399	-0.0357	-0.0457	0.3166	-0.0456	0.3287	11.2839	27.6862	23.2354
15	0.6466	0.0686	-0.2075	0.3069	-0.3023	0.2593	-0.0164	0.4019	-0.0772	0.8769	0.4861	-0.0119	0.5817	0.0244	0.7323	0.9966	0.0865	-0.2757	0.7572	-0.1948	0.4089	12.1633	28.8116	44.2272
16	0.1789	-0.2185	0.1654	0.2844	0.0222	0.5296	0.0441	-0.1429	0.246	0.3111	0.0534	0.2169	-0.0847	0.2674	-0	0.3327	-0.001	-0.0301	0.416	0.0051	0.2512	25.4416	9.1973	7.751
17	0.1263	-0.1173	-0.1244	0.4431	0.3121	0.0339	0.4907	-0.5604	0.788	0.4175	-0.1863	0.3389	-0.6244	0.497	0	0.2846	-0.04	-0.0023	0.3121	0.0291	0.3769	22.1987	13.6276	-0.4327
18	0.7854	0.2201	0.8569	1.2975	0.3884	1.0152	0.4748	0.8562	0.8469	-0.6661	0.0968	-0.9084	-1.2202	0.5519	0.1587	0.438	-0.047	0.0818	0.6727	0.157	0.2972	28.0523	14.4313	-19.7638
19	0.2467	-0.3175	-0.0191	5.6279	-1.217	1.6104	-0.455	0.8152	-0.3795	-0.5814	0.2233	0.7366	0.3156	-0.4837	0.1765	0.4739	-0.0277	0.0349	0.5581	-0.0526	0.3101	21.3939	2.9577	-20.3681
20	0.8623	-0.0247	0.2317	0.5324	-0.0322	0.284	-0.1517	0.4352	-0.0082	-0.017	-0.0669	-0.0691	-0.0242	0.4268	-0.0001	0.3012	-0.0117	0.0293	0.4525	0.0191	0.3781	31.4254	5.3058	-5.3068
21	-0.0139	-0.0181	0.0184	0.2181	-0.2007	0.076	-0.3446	-0.4359	-0.2337	0.7751	0.2181	0.0091	0.4323	0.3248	0.0003	0.4101	0.033	0.0296	0.3741	-0.0074	0.4397	23.7634	-3.7596	5.3826
22	0.2488	0.2374	0.2707	0.1315	-0.0128	-0.0696	0.497	0.548	-0.0711	-0.2477	-0.414	0.1506	0.0704	0.4912	0.0001	0.356	0.0678	-0.0109	0.3897	-0.0311	0.3181	19.1629	5.3764	-16.0593
23	0.4832	0.2007	0.4467	0.1992	-0.3848	0.6027	-0.0444	0.1927	-0.5042	-0.3567	0.4907	0.4371	0.4024	-0.3846	0.0402	0.3718	-0.0554	-0.0137	0.3529	-0.0912	0.4039	8.8335	0.6561	-9.7944
24	1.5531	0.1515	0.3508	0.2839	0.3904	0.3188	-0.1972	0.3588	0.1304	0.1759	0.18	-0.3147	-0.1247	-0.0951	0.0054	0.2435	0.0279	0.0217	0.2773	0.0571	0.3228	19.3907	11.4639	-9.2079
25	0.46	-0.2355	-0.2466	0.693	0.7417	0.413	-0.0944	-0.0969	0.1043	1.0337	-0.0757	0.1494	-0.7582	0.1783	-0.0033	0.3819	0.0174	-0.0134	0.2815	0.0125	0.3843	7.5976	13.4009	-5.1155
26	0.3293	-0.2516	0.2591	0.5717	0.3249	0.3828	0.8506	-0.1942	0.7998	0.2649	-0.3023	0.2491	-0.9302	0.2037	-0.0002	0.3627	0.0172	0.0314	0.3136	0.0609	0.4936	13.7072	16.4122	-4.5009
27	1.0212	-0.1885	0.3348	0.2601	0.0123	0.8628	-0.1926	0.0309	-0.3183	0.1007	0.3433	-0.0976	0.3005	-0.1472	0.0067	0.3267	-0.0115	0.0497	0.2293	0.0063	0.2469	15.407	4.3318	-1.1461
28	1.1485	0.8305	-0.0651	0.2921	-0.1038	0.1326	0.0591	-0.0192	0.346	0.4706	0.0907	0.071	0.0342	-0.2155	0.5214	0.1475	0.0114	-0.0463	0.3344	0.0676	0.3749	7.7836	11.3472	-11.1899
29	0.8436	-0.2372	0.1129	0.5092	0.7402	0.6924	0.025	0.3343	-0.1427	0.1616	0.0172	0.4141	-0.1663	0.2573	-0.0005	0.2911	-0.011	-0.0145	0.3083	0.0178	0.2795	20.5023	4.27	-10.2966
30	0.6885	-0.1403	-0.0864	0.5548	0.4746	0.4921	-0.3678	0.2282	-0.0732	0.3014	-0.1723	0.113	0.1695	0.5549	-0.0122	0.5049	-0	0.0836	0.3152	0.0329	0.3581	18.9286	-15.3316	-4.3078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 188:204)	A	188 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 205:215)	A	205 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:232)	A	216 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 233:266)	A	233 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 267:283)	A	267 - 283
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 284:293)	A	284 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:306)	A	294 - 306
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:320)	A	307 - 320
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 321:335)	A	321 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 336:350)	A	336 - 350
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 351:361)	A	351 - 361
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 362:371)	A	362 - 371
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 372:381)	A	372 - 381
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 382:392)	A	382 - 392
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 393:403)	A	393 - 403
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 188:204)	B	188 - 204
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 205:215)	B	205 - 215
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 216:232)	B	216 - 232
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 233:266)	B	233 - 266
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 267:283)	B	267 - 283
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 284:293)	B	284 - 293
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 294:306)	B	294 - 306
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 307:320)	B	307 - 320
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 321:335)	B	321 - 335
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 336:350)	B	336 - 350
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 351:361)	B	351 - 361
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 362:371)	B	362 - 371
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 372:381)	B	372 - 381
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 382:392)	B	382 - 392
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 393:403)	B	393 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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