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Yorodumi- PDB-6sss: Crystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sss | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2 | ||||||||||||
Components | Microsomal glutathione S-transferase 2 | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / ER MEMBRANE PROTEIN / GLUTATHIONE TRANSFERASE / MAPEG / MGST2 / INTEGRAL MEMBRANE ENZYME | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione binding / Glutathione conjugation / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase ...membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione binding / Glutathione conjugation / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase / glutathione transferase activity / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / enzyme activator activity / : / lipid metabolic process / positive regulation of inflammatory response / nuclear envelope / response to lipopolysaccharide / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.498 Å | ||||||||||||
Authors | Thulasingam, M. / Nji, E. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||||||||
Funding support | Sweden, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Crystal structures of human MGST2 reveal synchronized conformational changes regulating catalysis. Authors: Thulasingam, M. / Orellana, L. / Nji, E. / Ahmad, S. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sss.cif.gz | 461.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sss.ent.gz | 388.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6sss_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6sss_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 6sss_validation.xml.gz | 29.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6sss_validation.cif.gz | 39.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6sss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6sss | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ssrSC 6ssuC 6sswC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 131 / Label seq-ID: 10 - 137
|
-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 17465.410 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MGST2, GST2 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: Q99735, glutathione transferase |
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-Non-polymers , 7 types, 91 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-M88 / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SCN / | #7: Chemical | ChemComp-K / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 4.5 Details: 0.1M Sodium acetate pH 4.5 0.4M Sodium sulfate 0.1M Potassium thiocyanate 17% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8729 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8729 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.49→43.329 Å / Num. obs: 35150 / % possible obs: 98.29 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.31 |
Reflection shell | Resolution: 2.49→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 35150 / CC1/2: 0.433 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6SSR Resolution: 2.498→43.329 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / Phase error: 29.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.66 Å2 / Biso mean: 54.355 Å2 / Biso min: 24.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.498→43.329 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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