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万見
- PDB-6ssr: Crystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssr
タイトルCrystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2 at 3.8 Angstroms resolution
要素Microsomal glutathione S-transferase 2
キーワードTRANSFERASE / ER MEMBRANE PROTEIN / GLUTATHIONE TRANSFERASE / MAPEG / MGST2 / INTEGRAL MEMBRANE ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / glutathione binding / Aflatoxin activation and detoxification / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / glutathione transferase ...membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / glutathione binding / Aflatoxin activation and detoxification / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / enzyme activator activity / lipid metabolic process / positive regulation of inflammatory response / nuclear envelope / response to lipopolysaccharide / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / : / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
Microsomal glutathione S-transferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Thulasingam, M. / Nji, E. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council10350 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of human MGST2 reveal synchronized conformational changes regulating catalysis.
著者: Thulasingam, M. / Orellana, L. / Nji, E. / Ahmad, S. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microsomal glutathione S-transferase 2
B: Microsomal glutathione S-transferase 2
C: Microsomal glutathione S-transferase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3963
ポリマ－52,3963
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.942, 151.149, 70.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA4 - 13710 - 143
21LEULEUBB4 - 13710 - 143
12ASPASPAA4 - 13210 - 138
22ASPASPCC4 - 13210 - 138
13ASPASPBB4 - 13210 - 138
23ASPASPCC4 - 13210 - 138

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Microsomal glutathione S-transferase 2 / Microsomal GST-2 / Microsomal GST-II


分子量: 17465.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGST2, GST2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q99735, glutathione transferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES 0.4M Lithium citrate 40% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→44.45 Å / Num. obs: 6009 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.423 / Net I/σ(I): 4.64
反射 シェル解像度: 3.8→3.93 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 2.247 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 6009 / CC1/2: 0.663 / % possible all: 99.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UUI

2uui


解像度: 3.8→44.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 89.593 / SU ML: 1.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.969 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33682 301 5 %RANDOM
Rwork0.305 ---
obs0.3067 5707 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 139.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.78 Å20 Å20 Å2
2---9.22 Å20 Å2
3---18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.8→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3148 0 0 0 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.954393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93337060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2495398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9322.214131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00615500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.811518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.26813.9711601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.26613.971600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.7320.9541996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.72720.9561997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.41314.3561631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.40814.3551629
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.49621.4012397
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined26.37313739
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other26.37313740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A84760.12
12B84760.12
21A82040.12
22C82040.12
31B82100.13
32C82100.13
LS精密化 シェル解像度: 3.801→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 22 -
Rwork0.427 422 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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