[日本語] English
万見
- PDB-6ssd: Transaminase with PLP bound -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssd
タイトルTransaminase with PLP bound
要素ForI-PLP
キーワードTRANSFERASE / PLP bound
機能・相同性Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Gao, S.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: PMP-diketopiperazine adducts form at the active site of a PLP dependent enzyme involved in formycin biosynthesis.
著者: Gao, S. / Liu, H. / de Crecy-Lagard, V. / Zhu, W. / Richards, N.G.J. / Naismith, J.H.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ForI-PLP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8983
ポリマ－44,5551
非ポリマー3432
水11,908661
1
A: ForI-PLP
ヘテロ分子

A: ForI-PLP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7976
ポリマ－89,1102
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10400 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area27630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.300, 92.300, 118.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 ForI-PLP


分子量: 44555.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris-HCl pH 8.0 and 30 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→72.89 Å / Num. obs: 156410 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / Num. unique obs: 4974 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 1.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.18→43.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.779 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1286 7817 5 %RANDOM
Rwork0.1111 ---
obs0.112 148310 93.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.19 Å2 / Biso mean: 17.774 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.18→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3142 0 5 661 3808
Biso mean--31.39 32.44 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.9714822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01337595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8395506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23923.467150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92915570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5141527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.86536759
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.2665432
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.99356876
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.211 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 380 -
Rwork0.256 7167 -
all-7547 -
obs--61.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る