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万見
- PDB-6ssf: Transaminase with LCS bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssf
タイトルTransaminase with LCS bound
要素ForI-LCS
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / LCS bound
機能・相同性Chem-LUH
機能・相同性情報
生物種Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Gao, S.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: PMP-diketopiperazine adducts form at the active site of a PLP dependent enzyme involved in formycin biosynthesis.
著者: Gao, S. / Liu, H. / de Crecy-Lagard, V. / Zhu, W. / Richards, N.G.J. / Naismith, J.H.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ForI-LCS
B: ForI-LCS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,55310
ポリマ－89,1102
非ポリマー1,4438
水16,430912
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.920, 126.760, 141.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ForI-LCS


分子量: 44555.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-LUH / [4-[(~{Z})-[(2~{S},5~{S})-5-(azanyloxymethyl)-3,6-bis(oxidanylidene)piperazin-2-yl]methoxyiminomethyl]-6-methyl-5-oxidanyl-pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 433.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N5O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris-HCl pH 8.0 and 30 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9698 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9698 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→61.67 Å / Num. obs: 169858 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 33.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / Num. unique obs: 8227 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→61.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.837 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.056
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1728 8514 5 %RANDOM
Rwork0.1417 ---
obs0.1432 161265 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.65 Å2 / Biso mean: 21.045 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→61.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6254 0 88 912 7254
Biso mean--34.2 34.38 -
残基数----848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0136715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.6449175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3661.57814301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4285906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.38121.393323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.144151033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7891549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021418
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.659312891
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 643 -
Rwork0.318 11573 -
all-12216 -
obs--96.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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