[日本語] English
万見
- PDB-6srf: Crystal Structure of Human Prolidase G278N variant expressed in t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6srf
タイトルCrystal Structure of Human Prolidase G278N variant expressed in the presence of chaperones
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / dipeptidase / metallohydrolase / prolidase / pathological variants
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / : / PROLINE / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Wator, E. / Wilk, P.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Co-expression with chaperones can affect protein 3D structure as exemplified by loss-of-function variants of human prolidase.
著者: Wator, E. / Rutkiewicz, M. / Weiss, M.S. / Wilk, P.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,08311
ポリマ－108,4552
非ポリマー6289
水18,6281034
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area35070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.557, 106.692, 216.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-921-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 54227.551 Da / 分子数: 2 / 変異: G278D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 6種, 1043分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#6: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1034 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.847→47.86 Å / Num. obs: 102309 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.33 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/av σ(I): 10.8 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 1.02 % / Rmerge(I) obs: 1.622 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 16073 / CC1/2: 0.479 / % possible all: 97.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5m4g

5m4g


解像度: 1.847→47.86 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2101 2.05 %
Rwork0.1802 --
obs0.181 102287 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.65 Å2 / Biso mean: 38.5343 Å2 / Biso min: 14.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.847→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7519 0 66 1034 8619
Biso mean--37.75 42.65 -
残基数----961
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.847-1.88950.3281310.3323623694
1.8895-1.93680.38041390.32076629100
1.9368-1.98910.30321400.30196659100
1.9891-2.04770.33331390.26746655100
2.0477-2.11380.24891390.22896643100
2.1138-2.18930.26371410.20996693100
2.1893-2.2770.24681390.20026642100
2.277-2.38060.2521400.19616679100
2.3806-2.50610.23531390.18686659100
2.5061-2.66310.23391410.18576728100
2.6631-2.86870.24471410.17156706100
2.8687-3.15730.18721400.16266698100
3.1573-3.61410.16571420.14256744100
3.6141-4.55280.16141430.13196810100
4.5528-47.860.20481470.17247005100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4386-0.0832-0.14541.10450.05950.5322-0.006-0.0595-0.03760.45110.0282-0.09140.0380.0195-0.01760.35610.0039-0.04550.2278-0.00790.1672-14.6805-20.1592-10.71
21.4175-0.70671.18551.6606-0.76371.6247-0.0821-0.14620.08290.05030.05250.0277-0.1523-0.24830.00260.1839-0.00150.01040.233-0.00150.2109-15.3252-15.4321-39.2709
30.6268-0.20380.09961.5105-0.4860.82980.01140.0330.07670.09960.00550.1331-0.0252-0.0224-0.01840.1838-0.01150.00960.22050.0050.2077-21.89913.5466-33.8153
41.2645-0.12820.2511.71741.0124.39030.02170.12470.08680.0440.0528-0.4865-0.11410.4443-0.07510.1841-0.0255-0.0090.23780.03290.3238-5.25440.6703-35.7299
53.8998-0.05721.19535.4371.04411.6434-0.03210.2266-0.0495-0.331-0.08-0.03420.21970.17270.11970.26220.01460.02110.340.04230.3024-22.4254-4.5503-29.7073
60.79820.0866-0.15851.3794-0.27680.4997-0.01880.0330.0501-0.10820.10420.4056-0.0129-0.0957-0.08840.19820.002-0.03850.21740.01420.2658-39.5542-28.4471-36.67
71.9105-0.52611.2371.7012-0.62571.8359-0.0447-0.1983-0.35770.08780.1203-0.02960.037-0.1794-0.06030.2012-0.00570.03560.2301-0.00150.2463-10.7322-30.6684-36.2805
80.85510.20170.30850.5904-0.26640.31760.0003-0.07570.0018-0.0281-0.0191-0.3764-0.0020.0530.02350.21850.01880.03550.2439-0.01970.3175-9.4277-42.2302-35.5767
90.9046-0.11870.0841.8182-0.20940.6197-0.031-0.1087-0.27870.06240.0373-0.11580.10480.0213-0.00430.19210.0186-0.0070.20270.00770.2334-17.0171-55.1269-28.7961
103.1840.52320.16031.2646-0.32731.02880.02440.4625-0.2327-0.52070.0074-0.28690.06320.0891-0.02770.33270.03540.06730.2773-0.04910.24-14.7396-46.1806-46.7428
111.6848-0.31140.27018.7117-7.38546.26150.02990.17650.2351-0.1046-0.0609-0.0574-0.20360.0850.01720.2940.04830.01120.3736-0.02010.3016-19.3666-43.1293-29.9928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 212 )A6 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 213 through 252 )A213 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 253 through 457 )A253 - 457
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 458 through 480 )A458 - 480
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 504 through 505 )A504 - 505
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 212 )B6 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 213 through 252 )B213 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 253 through 319 )B253 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 320 through 452 )B320 - 452
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 453 through 480 )B453 - 480
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 503 through 504 )B - D503 - 504

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る