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- PDB-6sr6: Crystal structure of the RAC core with a pseudo substrate bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sr6
タイトルCrystal structure of the RAC core with a pseudo substrate bound to Ssz1 SBD
要素
  • Putative heat shock protein
  • Putative ribosome associated protein
キーワードCHAPERONE / Hsp70
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / regulation of translational fidelity / Hsp70 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ribosome binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / : / Ribosome-associated complex head domain / Zuotin-like, zuotin homology domain / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. ...: / Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / : / Ribosome-associated complex head domain / Zuotin-like, zuotin homology domain / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Putative ribosome associated protein / Putative heat shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Valentin Gese, G. / Lapouge, K. / Kopp, J. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 1036-TP22 ドイツ
German Research FoundationSI 586/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The ribosome-associated complex RAC serves in a relay that directs nascent chains to Ssb.
著者: Zhang, Y. / Valentin Gese, G. / Conz, C. / Lapouge, K. / Kopp, J. / Wolfle, T. / Rospert, S. / Sinning, I.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative heat shock protein
B: Putative ribosome associated protein
C: Putative heat shock protein
D: Putative ribosome associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,2918
ポリマ－141,2284
非ポリマー1,0634
水1,63991
1
A: Putative heat shock protein
B: Putative ribosome associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1454
ポリマ－70,6142
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
2
C: Putative heat shock protein
D: Putative ribosome associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1454
ポリマ－70,6142
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.977, 258.454, 53.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Putative heat shock protein


分子量: 63706.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0008010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZX9
#2: タンパク質 Putative ribosome associated protein


分子量: 6906.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0006310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYD6
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20.5% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.4 Å / Num. obs: 46860 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 38.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4516 / CC1/2: 0.658

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180126データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MB9

5mb9


解像度: 2.5→33.71 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 --Random selection
Rwork0.1889 ---
obs-46801 98.85 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8732 0 64 91 8887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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