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- PDB-6sqx: Insights into a novel NlpC/P60 Endopeptidase from Photobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqx
タイトルInsights into a novel NlpC/P60 Endopeptidase from Photobacterium damselae subsp. piscicida
要素Peptide-binding protein
キーワードHYDROLASE / NlpC/P60 / cell wall hydrolases / Crystallography X-Ray / D / L-endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised peptidase with NlpC/P60 domain, YkfC type / SH3b1 domain / NLPC_P60 stabilising domain, N term / SH3 domain (SH3b1 type) / : / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SH3 domain of the SH3b1 type
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium damsela subsp. piscicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lisboa, J. / Pereira, P.J.B. / dos Santos, N.M.S.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/CVT-CVT/30018/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: Msphere / 年: 2021
タイトル: A Secreted NlpC/P60 Endopeptidase from Photobacterium damselae subsp. piscicida Cleaves the Peptidoglycan of Potentially Competing Bacteria.
著者: Lisboa, J. / Pereira, C. / Rifflet, A. / Ayala, J. / Terceti, M.S. / Barca, A.V. / Rodrigues, I. / Pereira, P.J.B. / Osorio, C.R. / Garcia-Del Portillo, F. / Gomperts Boneca, I. / do Vale, A. / Dos Santos, N.M.S.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide-binding protein
B: Peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,52548
ポリマ－114,7872
非ポリマー2,73846
水18,9881054
1
A: Peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,66122
ポリマ－57,3931
非ポリマー1,26821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,86426
ポリマ－57,3931
非ポリマー1,47125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.578, 109.966, 130.936
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peptide-binding protein / SH3 domain of the SH3b1 type


分子量: 57393.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Signal Peptide: M1-A19 LEHHHHHH: His Tag
由来: (組換発現) Photobacterium damsela subsp. piscicida (バクテリア)
遺伝子: E4T26_07800, FA893_15790, PDPJ_2_00460 / 細胞株 (発現宿主): Codon + / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V1VDL8

-
非ポリマー , 5種, 1100分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Imidazole pH 8.0 + 15 % PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射モノクロメーター: Silicon Si crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.3 Å / Num. obs: 216685 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 18.86
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 21426 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.69 / Rrim(I) all: 1.626 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3m1u

3m1u


解像度: 1.4→38.29 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1754 10695 4.94 %
Rwork0.1467 --
obs0.1481 216667 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.92 Å2 / Biso mean: 28.36 Å2 / Biso min: 12.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→38.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7391 0 169 1055 8615
Biso mean--43.42 38.51 -
残基数----914
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.420.33493610.31416467682895
1.42-1.430.33793570.294168017158100
1.43-1.450.31783540.278468067160100
1.45-1.470.30733480.254967927140100
1.47-1.490.28493620.24968517213100
1.49-1.510.2723470.252567867133100
1.51-1.530.31743490.25568387187100
1.53-1.550.28333530.239468217174100
1.55-1.580.24633540.21668027156100
1.58-1.60.23563420.204868417183100
1.6-1.630.24193790.191768327211100
1.63-1.660.19613490.159968207169100
1.66-1.690.20623360.150268627198100
1.69-1.730.18883690.148768347203100
1.73-1.760.19193690.139768467215100
1.76-1.80.19893730.139868017174100
1.8-1.850.1783600.135268427202100
1.85-1.90.16733460.123268827228100
1.9-1.950.16983430.118268527195100
1.95-2.020.14813680.122868867254100
2.02-2.090.16773570.125968547211100
2.09-2.170.16223270.130969037230100
2.17-2.270.14693250.1369517276100
2.27-2.390.17173520.140669237275100
2.39-2.540.17483630.133369067269100
2.54-2.740.173550.14469467301100
2.74-3.010.17933690.14569297298100
3.01-3.450.15273540.143770097363100
3.45-4.350.15233670.133270367403100
4.35-38.290.15724070.143172537660100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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