PDB-6sqt: Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sqt

タイトル

Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant

要素

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1A / RNA hairpin / co-crystallization

機能・相同性

機能・相同性情報

U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Rosenbach, H. / Span, I.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Expanding crystallization tools for nucleic acid complexes using U1A protein variants.
著者: Rosenbach, H. / Victor, J. / Borggrafe, J. / Biehl, R. / Steger, G. / Etzkorn, M. / Span, I.

履歴

登録	2019年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sqt.cif.gz	121.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sqt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sqt_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sqt_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	6sqt_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	6sqt_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6sqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6sqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sqnC 6sqqC 6sqvC 6sr7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vi6-2 2pc6-2 3f0z-d 3ehi-d 3f10-d 2dwy-5 5ypb-d 5v3s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (4) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

BBB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

CCC: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

34.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.810, 89.810, 86.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-127- HOH
2	1	CCC-122- HOH

#1: タンパク質	U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A 分子量: 11379.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→38.89 Å / Num. obs: 29093 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.84→1.87 Å / R_merge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 238 / CC_1/2: 0.276 / R_rim(I) all: 1.189 / % possible all: 13.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→38.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 4.455 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	1474	5.071 %
R_work	0.2134	-	-
all	0.215	-	-
obs	-	29067	82.004 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.628 Å²	-0.814 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.628 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→38.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2198	0	0	73	2271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.649	3009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	1.583	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.109	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.482	21.176	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.781	15	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.432	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.443	3.962	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.433	3.961	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.805	5.915	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.806	5.918	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.375	4.67	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.373	4.673	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.832	6.714	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.83	6.717	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.704	45.586	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.713	45.573	2424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.888	0.449	20	0.399	458	X-RAY DIFFRACTION	18.3775
1.888-1.94	0.351	50	0.375	946	X-RAY DIFFRACTION	39.6971
1.94-1.996	0.355	70	0.339	1290	X-RAY DIFFRACTION	54.9939
1.996-2.057	0.274	66	0.3	1549	X-RAY DIFFRACTION	67.9714
2.057-2.125	0.275	79	0.267	1754	X-RAY DIFFRACTION	79.4883
2.125-2.199	0.289	110	0.245	1882	X-RAY DIFFRACTION	88.8889
2.199-2.282	0.247	103	0.219	1983	X-RAY DIFFRACTION	96.2177
2.282-2.375	0.237	104	0.198	1976	X-RAY DIFFRACTION	99.5692
2.375-2.481	0.278	87	0.203	1902	X-RAY DIFFRACTION	99.7493
2.481-2.602	0.236	92	0.191	1814	X-RAY DIFFRACTION	99.4781
2.602-2.743	0.275	104	0.212	1724	X-RAY DIFFRACTION	99.8362
2.743-2.909	0.248	93	0.223	1644	X-RAY DIFFRACTION	99.4845
2.909-3.109	0.284	83	0.232	1542	X-RAY DIFFRACTION	99.7545
3.109-3.358	0.215	59	0.216	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.358-3.678	0.235	76	0.19	1340	X-RAY DIFFRACTION	99.9294
3.678-4.111	0.202	88	0.181	1181	X-RAY DIFFRACTION	100
4.111-4.746	0.186	46	0.16	1106	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
4.746-5.808	0.253	61	0.218	899	X-RAY DIFFRACTION	99.6885
5.808-8.195	0.225	62	0.241	717	X-RAY DIFFRACTION	100
8.195-38.89	0.328	21	0.251	428	X-RAY DIFFRACTION	97.6087

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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