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万見
- PDB-6spt: High resolution crystal structure of N-terminal domain of PEX14 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6spt
タイトルHigh resolution crystal structure of N-terminal domain of PEX14 from Trypanosoma brucei in complex with the fist compound with sub-micromolar trypanocidal activity
要素Peroxin 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / PEX5-PEX14 protein protein inhibitor / HAT / peroxisome / Trypanosoma
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-FTW / Peroxisomal membrane protein PEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Napolitano, V. / Dawidowski, M. / Kalel, V.C. / Fino, R. / Emmanouilidis, L. / Lenhart, D. / Ostertag, M. / Kaiser, M. / Kolonko, M. / Schilebs, W. ...Napolitano, V. / Dawidowski, M. / Kalel, V.C. / Fino, R. / Emmanouilidis, L. / Lenhart, D. / Ostertag, M. / Kaiser, M. / Kolonko, M. / Schilebs, W. / Maser, P. / Tetko, I. / Hadian, K. / Plettenburg, O. / Erdmann, R. / Sattler, M. / Popowicz, G.M. / Dubin, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Accelerated Early staGe drug dIScovery675555 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Activity Relationship in Pyrazolo[4,3-c]pyridines, First Inhibitors of PEX14-PEX5 Protein-Protein Interaction with Trypanocidal Activity.
著者: Dawidowski, M. / Kalel, V.C. / Napolitano, V. / Fino, R. / Schorpp, K. / Emmanouilidis, L. / Lenhart, D. / Ostertag, M. / Kaiser, M. / Kolonko, M. / Tippler, B. / Schliebs, W. / Dubin, G. / ...著者: Dawidowski, M. / Kalel, V.C. / Napolitano, V. / Fino, R. / Schorpp, K. / Emmanouilidis, L. / Lenhart, D. / Ostertag, M. / Kaiser, M. / Kolonko, M. / Tippler, B. / Schliebs, W. / Dubin, G. / Maser, P. / Tetko, I.V. / Hadian, K. / Plettenburg, O. / Erdmann, R. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8519
ポリマ－7,8831
非ポリマー9688
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area4750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.935, 45.935, 63.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Peroxin 14


分子量: 7883.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PEX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IEW2
#2: 化合物 ChemComp-FTW / 5-[(4-methoxynaphthalen-1-yl)methyl]-1-[2-[(2-methyl-1-oxidanyl-propan-2-yl)amino]ethyl]-~{N}-(naphthalen-1-ylmethyl)-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[4,3-c]pyridine-3-carboxamide


分子量: 591.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H41N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→39.78 Å / Num. obs: 23334 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.93 % / Biso Wilson estimate: 15.045 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 9.42 / Num. measured all: 91713
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.33.3670.2912.9715149521544990.890.34586.3
1.3-1.53.9740.2114.9225853675865060.950.24296.3
1.5-24.0620.10110.0528739736570750.9890.11696.1
2-2.54.2580.0617.7610751264625250.9940.06895.4
2.5-34.160.05419.974597119111050.9950.06292.8
3-54.190.05322.745304132312660.9960.06195.7
5-103.7880.06621.2911593463060.9940.07788.4
10-203.2170.06721.0614851460.9980.08190.2
20-39.782.1670.03417.59138610.0475

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→39.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.131 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1524 1155 4.9 %RANDOM
Rwork0.1084 ---
obs0.1106 22179 93.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 13.924 Å2 / Biso min: 5.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数552 0 68 136 756
Biso mean--17.13 26.68 -
残基数----69
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.019769
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.019763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.671.9451047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2893.0011781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.628598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45823.63633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10415154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.064157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02171
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.46531530
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.747531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.17151611
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 74 -
Rwork0.194 1275 -
all-1349 -
obs--74.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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