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Yorodumi- PDB-6rt2: Crystal structure of Trypanosoma Brucei PEX14 N-terminal domain i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rt2 | ||||||
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Title | Crystal structure of Trypanosoma Brucei PEX14 N-terminal domain in complex with small molecules designed to investigate the water envelope | ||||||
Components | Peroxin 14 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Peroxisomal Translocation / PPI inhibition / Protein-Inhibitor Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Napolitano, V. / Ratkova, E.L. / Dawidowski, M. / Dubin, G. / Fino, R. / Popowicz, G. / Sattler, M. / Tetko, I.V. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Chem.Commun.(Camb.) / Year: 2020 Title: Water envelope has a critical impact on the design of protein-protein interaction inhibitors. Authors: Ratkova, E.L. / Dawidowski, M. / Napolitano, V. / Dubin, G. / Fino, R. / Ostertag, M.S. / Sattler, M. / Popowicz, G. / Tetko, I.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rt2.cif.gz | 144.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rt2.ent.gz | 114.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rt2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6rt2_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6rt2_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6rt2_validation.xml.gz | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6rt2_validation.cif.gz | 33.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rt2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5aonS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 7754.945 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Gene: PEX14 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8IEW2 #2: Chemical | ChemComp-CV5 / ( #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-BME / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M Na2SO4, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→20 Å / Num. obs: 145521 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.512 % / Biso Wilson estimate: 23.445 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.152 / Net I/σ(I): 14.55 / Num. measured all: 365510 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5AON Resolution: 1.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.723 / SU ML: 0.039 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.051 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.17 Å2 / Biso mean: 21.234 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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