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万見
- PDB-6sp3: mouse Interleukin-12 subunit beta - p80 homodimer in space group ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp3
タイトルmouse Interleukin-12 subunit beta - p80 homodimer in space group P21 crystal form 1
要素Interleukin-12 subunit beta
キーワードCYTOKINE / homodimer / antagonist / fibronectin / secreted glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / T-helper cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cytokine receptor activity / natural killer cell activation / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of protein secretion / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / endosome lumen / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to type II interferon / Golgi lumen / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders12S0519N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0B4918N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0E1516N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Around she goes: the structure of mouse Interleukin-12 p80
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9795
ポリマ－78,7972
非ポリマー2,1813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Assembly is present in multiple crystal forms. SEC MALLS data identifies a dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.800, 176.140, 54.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.963, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTYRTYR(chain 'A' and (resid 23 through 54 or (resid 55...AA23 - 8823 - 88
12HISHISGLNGLN(chain 'A' and (resid 23 through 54 or (resid 55...AA91 - 27591 - 275
13GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 23 through 54 or (resid 55...AA287 - 330287 - 330
24METMETTYRTYR(chain 'B' and (resid 23 through 89 or resid 91...BB23 - 8823 - 88
25HISHISGLNGLN(chain 'B' and (resid 23 through 89 or resid 91...BB91 - 27591 - 275
26GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 23 through 89 or resid 91...BB287 - 330287 - 330

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40


分子量: 39398.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-22] form the signal peptide and are most likely cleaved off during protein maturation.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12b / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat1 -/- Glycodelete / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43432
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% MPD, 10% PEG6000, 100mM HEPES pH7.5 (Crystal screen HT condition 78)
Temp details: thermostatted incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→58.714 Å / Num. obs: 19059 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.13 % / Biso Wilson estimate: 100.061 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 12.59
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
8.86-58.7143.8843.567440.9990.0291
6.32-8.863.9431.8613340.9990.0411
5.17-6.324.0424.7616900.9980.0511
4.48-5.174.1521.619740.9980.0621
4.01-4.484.1514.8222850.9970.0881
3.66-4.014.178.9524810.990.1581
3.39-3.664.355.2626920.9710.291
3.18-3.394.022.4329020.8920.611
2.99-3.184.161.1129570.6461.3581

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDS20170615データ削減
XDS20170615データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6sff

6sff


解像度: 3→50.88 Å / SU ML: 0.546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.9544
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 950 5 %
Rwork0.2394 --
obs0.2407 19007 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 120.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4629 0 145 0 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65386670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.38153437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.491380.45872521X-RAY DIFFRACTION98.34
3.16-3.360.36941370.34022567X-RAY DIFFRACTION99.63
3.36-3.620.33971350.29312588X-RAY DIFFRACTION99.74
3.62-3.980.28551330.24572570X-RAY DIFFRACTION99.89
3.98-4.560.26571370.21292601X-RAY DIFFRACTION99.78
4.56-5.740.18861360.1982586X-RAY DIFFRACTION99.71
5.74-50.880.26071340.22622624X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.222198929964.13688767256-4.30303799634.93899413734-4.20920007444.489432253710.101195469125-0.583735712317-0.4041476420930.388502167104-0.427068200984-0.718732218914-0.2450885000430.604514859660.001159017765750.910945844166-0.0114362866869-0.1202446860530.8622139003740.07376181490390.9989922638650.93200882762732.68438156017.00156998983
27.46264154101-0.955749215789-0.4809587989360.9453774133161.732871878244.16662710774-0.293389288993-0.960190247990.6607518835150.5273069637420.26247481530.659766904121-0.810700984695-1.07077391929-0.06735860509811.468595731210.3995536908870.1746425082321.213597176260.314032682351.57488733197-33.684746871118.798839927427.5462283848
39.0426611878-4.68576289709-2.061192127442.452905762221.168676633611.03112201930.1128086599790.2053881098580.0854213296938-0.124619765787-0.162359110589-0.1694127990.02907701910280.02257792884960.1487641496540.9917015831070.0778922110051-0.05879700639510.874396672690.03087568158020.8086027766754.50955830685-26.581935896118.2007822468
48.699401050961.40795597606-2.658196635964.62018349835-1.361900510766.50442792602-0.227823236969-0.744371921357-0.5205485632960.8398184071350.2446226191110.7017678070620.800964410836-0.775630090493-0.248689948611.148221623640.03677060546910.005011129957930.9538763219260.1221341147710.937488276718-29.419058276-10.926189659237.9737450481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:230 or resid 350:355)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 231:334
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 1:230 or resid 350:355)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 231:334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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