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万見
- PDB-6so0: NMR solution structure of the family 14 carbohydrate binding modu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6so0
タイトルNMR solution structure of the family 14 carbohydrate binding module (CBM14) from human chitotriosidase
要素Chitotriosidase-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM / hevein like fold / chitin binding / chitotriosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium ...polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium / specific granule lumen / tertiary granule lumen / lysosome / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Madland, E. / Crasson, O. / Vandevenne, M. / Sorlie, M. / Aachmann, F.L.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway226244 ノルウェー
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: NMR and Fluorescence Spectroscopies Reveal the Preorganized Binding Site in Family 14 Carbohydrate-Binding Module from Human Chitotriosidase.
著者: Madland, E. / Crasson, O. / Vandevenne, M. / Sorlie, M. / Aachmann, F.L.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitotriosidase-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2011
ポリマ－6,2011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4690 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Chitotriosidase-1 / Chitinase-1


分子量: 6201.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHIT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13231, chitinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N TOCSY
132isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
142isotropic13D HNCA
152isotropic13D HNCO
162isotropic13D CBCA(CO)NH
172isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1142isotropic13D H(CCO)NH
1132isotropic13D 1H-15N NOESY
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
2113isotropic12D 1H-1H NOESY
2103isotropic12D 1H-1H COSY
2153isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.1 mM [U-98% 15N] CBM14, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CBM14, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.1 mM CBM14, 50 mM sodium phosphate, 100% D2OD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMCBM14[U-98% 15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.1 mMCBM14[U-98% 13C; U-98% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.1 mMCBM14natural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細
10.11 Mconditions_15.51 atm298.1 K
20.11 Mconditions_25.51 atm298.1 KSample was freeze dried and dissolved in D2O

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.5Keller and Wuthrichデータ解析
XEASYBartels et al.データ解析
YASARAKrieger, Darden, Nabuurs, Finkelstein, Vriend精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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