PDB-2cp9: Solution structure of RSGI RUH-042, a UBA domain from human mitoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cp9

タイトル

Solution structure of RSGI RUH-042, a UBA domain from human mitochondrial elongation factor Ts

要素

Elongation factor Ts, mitochondrial

キーワード

PROTEIN BINDING / UBA / structural genomics / human / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of mitochondrial translation / mitochondrial translational elongation / Mitochondrial translation elongation / translational elongation / translation elongation factor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated anneling, torsion angle dynamics

データ登録者

Ohashi, W. / Hirota, H. / Izumi, K. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of RSGI RUH-042, a UBA domain from human mitochondrial elongation factor Ts
著者: Ohashi, W. / Hirota, H. / Izumi, K. / Yoshida, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cp9.cif.gz	368.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cp9.ent.gz	309.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cp9_validation.pdf.gz	340.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cp9_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	2cp9_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	2cp9_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/2cp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/2cp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6so0-d 2wj7-4 3t46-d 2crn-d 1yvc-d 3qp3-3 2yuz-d 2n3h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002012647.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (8) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Elongation factor Ts, mitochondrial

6.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest target function

#1: タンパク質	Elongation factor Ts, mitochondrial / EF-Ts / EF-TsMt 分子量: 6801.699 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free (E.coli) / プラスミド: P041220-07 / 参照: UniProt: P43897

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細	内容: 1.23mM RSGI RUH-042 U-13C, 15N; 20mM Tris-HCl U-2H, 100mM NaCl, 1mM DTT U-2H, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL ECA / 製造業者: JEOL / モデル: ECA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Delta NMR	4.3	JEOL	collection
NMRPipe	2.1	Delaglio	解析
NMRView	5.0.4	Johnson	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert	精密化

精密化

手法: simulated anneling, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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