[日本語] English
万見
- PDB-6snk: Crystal structure of the Collagen VI alpha3 N2 domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6snk
タイトルCrystal structure of the Collagen VI alpha3 N2 domain
要素Collagen alpha-3(VI) chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen VI / von Willebrand factor A domain / alpha/beta Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type VI trimer / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / muscle organ development / Collagen degradation / ECM proteoglycans ...collagen type VI trimer / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / muscle organ development / Collagen degradation / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / response to glucose / response to UV / extracellular matrix / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / extracellular vesicle / : / neuron apoptotic process / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain ...Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-3(VI) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gebauer, J.M. / Degefa, H.S. / Paulsson, M. / Wagener, R. / Baumann, U.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB829 / B11 ドイツ
German Research FoundationINST 216/682-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure of a collagen VI alpha 3 chain VWA domain array: adaptability and functional implications of myopathy causing mutations.
著者: Solomon-Degefa, H. / Gebauer, J.M. / Jeffries, C.M. / Freiburg, C.D. / Meckelburg, P. / Bird, L.E. / Baumann, U. / Svergun, D.I. / Owens, R.J. / Werner, J.M. / Behrmann, E. / Paulsson, M. / Wagener, R.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha-3(VI) chain
B: Collagen alpha-3(VI) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2722
ポリマ－44,2722
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Collagen alpha-3(VI) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1361
ポリマ－22,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Collagen alpha-3(VI) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1361
ポリマ－22,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.639, 40.538, 57.114
Angle α, β, γ (deg.)83.342, 76.792, 79.559
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 Collagen alpha-3(VI) chain


分子量: 22135.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL6A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12111
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 30% P550MME_P20K, 0.1M Morpheus buffer 1, 0.12M Morpheus alcohols (condition D1 of Morpheus screen from Molecular Dimensions

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→55.4523 Å / Num. obs: 15370 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.147 / Rrim(I) all: 0.267 / Net I/σ(I): 0.939
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.273.21.2413410.2250.9031.54696.5
9.07-55.433.30.1462250.9510.0940.17499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3594精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4igi

4igi


解像度: 2.2→55.43 Å / SU ML: 0.2504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.3301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 761 4.97 %
Rwork0.2004 14537 -
obs0.2031 15298 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→55.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 0 0 100 3015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64813991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.95521083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.370.29431530.24262881X-RAY DIFFRACTION94.72
2.37-2.610.29851510.23142896X-RAY DIFFRACTION95.61
2.61-2.990.27481490.22332875X-RAY DIFFRACTION95.91
2.99-3.760.26871560.18932952X-RAY DIFFRACTION97
3.76-55.430.21631520.17642933X-RAY DIFFRACTION96.98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る