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万見
- PDB-6sni: Cryo-EM structure of nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sni
タイトルCryo-EM structure of nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
要素
  • 6AG9-Fab heavy chain
  • 6AG9-Fab light chain
  • Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycosyltransferase / Glucosyltransferase / GT-C / N-Glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-P-Glc:Man9GlcNAc2-PP-dolichol alpha-1,3-glucosyltransferase / dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase activity / Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / hexosyltransferase activity / : / aerobic respiration / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, ALG6/ALG8 / ALG6, ALG8 glycosyltransferase family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bloch, J.S. / Pesciullesi, G. / Boilevin, J. / Nosol, K. / Irobalieva, R.N. / Darbre, T. / Aebi, M. / Kossiakoff, A.A. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII3_147632 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII5_173709 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_166672 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of the ER-based glucosyltransferase ALG6.
著者: Joël S Bloch / Giorgio Pesciullesi / Jérémy Boilevin / Kamil Nosol / Rossitza N Irobalieva / Tamis Darbre / Markus Aebi / Anthony A Kossiakoff / Jean-Louis Reymond / Kaspar P Locher /
要旨: In eukaryotic protein N-glycosylation, a series of glycosyltransferases catalyse the biosynthesis of a dolichylpyrophosphate-linked oligosaccharide before its transfer onto acceptor proteins. The ...In eukaryotic protein N-glycosylation, a series of glycosyltransferases catalyse the biosynthesis of a dolichylpyrophosphate-linked oligosaccharide before its transfer onto acceptor proteins. The final seven steps occur in the lumen of the endoplasmic reticulum (ER) and require dolichylphosphate-activated mannose and glucose as donor substrates. The responsible enzymes-ALG3, ALG9, ALG12, ALG6, ALG8 and ALG10-are glycosyltransferases of the C-superfamily (GT-Cs), which are loosely defined as containing membrane-spanning helices and processing an isoprenoid-linked carbohydrate donor substrate. Here we present the cryo-electron microscopy structure of yeast ALG6 at 3.0 Å resolution, which reveals a previously undescribed transmembrane protein fold. Comparison with reported GT-C structures suggests that GT-C enzymes contain a modular architecture with a conserved module and a variable module, each with distinct functional roles. We used synthetic analogues of dolichylphosphate-linked and dolichylpyrophosphate-linked sugars and enzymatic glycan extension to generate donor and acceptor substrates using purified enzymes of the ALG pathway to recapitulate the activity of ALG6 in vitro. A second cryo-electron microscopy structure of ALG6 bound to an analogue of dolichylphosphate-glucose at 3.9 Å resolution revealed the active site of the enzyme. Functional analysis of ALG6 variants identified a catalytic aspartate residue that probably acts as a general base. This residue is conserved in the GT-C superfamily. Our results define the architecture of ER-luminal GT-C enzymes and provide a structural basis for understanding their catalytic mechanisms.
履歴
登録2019年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10258
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
H: 6AG9-Fab heavy chain
L: 6AG9-Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,15811
ポリマ－113,0273
非ポリマー5,1308
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10350 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area39960 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase / Asparagine-linked glycosylation protein 6 / Dol-P-Glc:Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1 / 3- ...Asparagine-linked glycosylation protein 6 / Dol-P-Glc:Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1 / 3-glucosyltransferase / Dolichyl-P-Glc:Man9GlcNAc2-PP-dolichyl glucosyltransferase


分子量: 64423.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ALG6, YOR002W, UNA544 / プラスミド: pOET1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12001, dolichyl-P-Glc:Man9GlcNAc2-PP-dolichol alpha-1,3-glucosyltransferase

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 6AG9-Fab heavy chain


分子量: 24953.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 抗体 6AG9-Fab light chain


分子量: 23650.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 15分子

#4: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 FabCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2ALG6COMPLEX#11RECOMBINANT
36AG9 FabCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.11289472 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171764 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00647737
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.847810534
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05081162
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00391275
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.6224493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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