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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sna | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Antirestriction ArdC protein from R388 plasmid. Mn(II)-bound structure. | |||||||||
要素 | ArdC protein | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / DNA binding protein Metalloprotease Antirestriction | |||||||||
機能・相同性 | N-terminal domain of anti-restriction factor ArdC / Antirestriction, ArdC / Polyvalent protein, metallopeptidase domain / N-terminal domain of anti-restriction factor ArdC / Zincin-like metallopeptidase / single-stranded DNA binding / : / ArdC protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Gonzalez-Montes, L. / Moncalian, G. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2020 タイトル: ArdC, a ssDNA-binding protein with a metalloprotease domain, overpasses the recipient hsdRMS restriction system broadening conjugation host range. 著者: Gonzalez-Montes, L. / Del Campo, I. / Garcillan-Barcia, M.P. / de la Cruz, F. / Moncalian, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sna.cif.gz | 407.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sna.ent.gz | 331.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sna_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sna_full_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sna_validation.xml.gz | 76 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sna_validation.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/6sna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/6sna | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34316.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ardC / プラスミド: pET29c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I6B2 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25 % v/v ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→54.82 Å / Num. obs: 66345 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 25.69 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / Num. unique obs: 6492 / CC1/2: 0.822 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6I89 解像度: 2.7→54.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.75 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→54.82 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.74 Å
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