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- PDB-6sna: Crystal structure of Antirestriction ArdC protein from R388 plasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sna
タイトルCrystal structure of Antirestriction ArdC protein from R388 plasmid. Mn(II)-bound structure.
要素ArdC protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / DNA binding protein Metalloprotease Antirestriction
機能・相同性N-terminal domain of anti-restriction factor ArdC / Antirestriction, ArdC / Polyvalent protein, metallopeptidase domain / N-terminal domain of anti-restriction factor ArdC / Zincin-like metallopeptidase / single-stranded DNA binding / metal ion binding / : / ArdC protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gonzalez-Montes, L. / Moncalian, G.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-55534-C2-2-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesFPU014/0601 スペイン
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2020
タイトル: ArdC, a ssDNA-binding protein with a metalloprotease domain, overpasses the recipient hsdRMS restriction system broadening conjugation host range.
著者: Gonzalez-Montes, L. / Del Campo, I. / Garcillan-Barcia, M.P. / de la Cruz, F. / Moncalian, G.
履歴
登録2019年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArdC protein
B: ArdC protein
F: ArdC protein
G: ArdC protein
J: ArdC protein
K: ArdC protein
N: ArdC protein
X: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,97116
ポリマ－274,5318
非ポリマー4408
水5,927329
1
A: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
J: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
N: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
X: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3712
ポリマ－34,3161
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.499, 116.499, 162.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
ArdC protein


分子量: 34316.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ardC / プラスミド: pET29c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I6B2
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25 % v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→54.82 Å / Num. obs: 66345 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 25.69
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Num. unique obs: 6492 / CC1/2: 0.822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREPCCP4 7.0.076位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I89

6i89


解像度: 2.7→54.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2943 --
Rwork0.2216 --
obs0.2207 63337 95.47 %
原子変位パラメータBiso mean: 46.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→54.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16012 0 8 354 16374
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.74 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3664 --
Rwork0.2926 2950 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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