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- PDB-6smc: mouse Interleukin-12 subunit beta - p80 homodimer in space group P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smc
タイトルmouse Interleukin-12 subunit beta - p80 homodimer in space group P1
要素Interleukin-12 subunit beta
キーワードCYTOKINE / homodimer / antagonist / fibronectin / secreted glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / natural killer cell activation / T-helper cell differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of natural killer cell proliferation / cytokine receptor activity / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of interleukin-10 production / immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of protein secretion / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / : / cytokine activity / endosome lumen / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / Golgi lumen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. ...Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders12S0519N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0B4918N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0E1516N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Around she goes: the structure of mouse Interleukin-12 p80
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-12 subunit beta
C: Interleukin-12 subunit beta
D: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,66010
ポリマ－157,5944
非ポリマー3,0666
水00
1
A: Interleukin-12 subunit beta
C: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3305
ポリマ－78,7972
非ポリマー1,5333
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-12 subunit beta
D: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3305
ポリマ－78,7972
非ポリマー1,5333
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.074, 96.791, 107.780
Angle α, β, γ (deg.)68.586, 76.842, 85.827
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGVALVAL(chain 'A' and (resid 23 through 92 or (resid 95...AA65 - 6865 - 68
12LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 23 through 92 or (resid 95...AA8383
13LYSLYSASNASN(chain 'A' and (resid 23 through 92 or (resid 95...AA217 - 220217 - 220
24ARGARGVALVAL(chain 'B' and (resid 23 through 92 or (resid 95...BB65 - 6865 - 68
25LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 23 through 92 or (resid 95...BB8383
26LYSLYSASNASN(chain 'B' and (resid 23 through 92 or (resid 95...BB217 - 220217 - 220
37ARGARGVALVAL(chain 'C' and (resid 23 through 92 or (resid 95...CC65 - 6865 - 68
38LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 23 through 92 or (resid 95...CC8383
39LYSLYSASNASN(chain 'C' and (resid 23 through 92 or (resid 95...CC217 - 220217 - 220
410ARGARGVALVAL(chain 'D' and (resid 23 through 120 or (resid 121...DD65 - 6865 - 68
411LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 23 through 120 or (resid 121...DD8383
412LYSLYSASNASN(chain 'D' and (resid 23 through 120 or (resid 121...DD217 - 220217 - 220

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40


分子量: 39398.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1:22 form the signal peptide and should be cotranslationally cleaved.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12b / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GlycoDelete / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43432
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 200 MM NAFORMATE, 100 MM NAPO4 PH 6.2, 10 % GLYCEROL, 20% MEDIUM PEG SMEAR (BCS CONDITION 40)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.76 Å / Num. obs: 21609 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4.12 % / Biso Wilson estimate: 119.7 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 5.49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
10.28-48.764.0523.468210.9960.05889.6
7.35-10.284.1516.515510.9970.07597.1
6.02-7.354.29.4619540.9880.14995.6
5.23-6.024.026.9322820.9880.19193.9
4.68-5.234.115.6924380.9840.23590.1
4.28-4.684.144.0627770.9510.36891.6
3.96-4.284.182.4630560.8920.62392.4
3.71-3.964.171.2832850.7291.117394
3.5-3.714.090.7734450.5781.85291.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDS20190315データ削減
XDS20190315データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SFF

6sff


解像度: 3.5→48.76 Å / SU ML: 0.5686 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.1363
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3098 2153 10.03 %
Rwork0.2787 19316 -
obs0.2818 21469 92.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 153.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9582 0 202 0 9784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003210005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.682213568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04481521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.55286032
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.580.38911460.42841218X-RAY DIFFRACTION86.17
3.58-3.670.40981450.40071260X-RAY DIFFRACTION95.38
3.67-3.770.41181570.42111332X-RAY DIFFRACTION95.76
3.77-3.880.40981240.39941344X-RAY DIFFRACTION93.15
3.88-4.010.39661610.35451264X-RAY DIFFRACTION93.63
4.01-4.150.32111370.32221326X-RAY DIFFRACTION93.42
4.15-4.320.32891290.28981249X-RAY DIFFRACTION91.56
4.32-4.510.35081490.31271285X-RAY DIFFRACTION92.16
4.51-4.750.30851330.27841250X-RAY DIFFRACTION90.87
4.75-5.050.31251410.24921242X-RAY DIFFRACTION89.51
5.05-5.440.28611360.24911270X-RAY DIFFRACTION91.06
5.44-5.980.2931490.26571314X-RAY DIFFRACTION94.88
5.98-6.850.29831490.27241326X-RAY DIFFRACTION95.84
6.85-8.620.29921510.24711354X-RAY DIFFRACTION97.1
8.62-48.760.2331460.19911282X-RAY DIFFRACTION92.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.479393458733.45403354322.318054382055.205548766691.818869284493.330057795660.1118336357010.29915242327-0.0836508728087-0.100784403135-0.00428229736590.5219575284660.368987134933-0.0796702069744-0.03866033535541.16675796598-0.129260800057-0.283952880340.7770735697570.2679841052351.3018279510351.0950418137-19.784475863654.9220226324
24.311855996721.797041221410.976078831993.692152229861.181548983072.97518786095-0.0302493030088-0.1913435191040.2411416881050.2009199103190.0290213252502-0.0443983156542-0.301841415860.3363558342910.0180131209410.994900365224-0.0333563965747-0.324750516740.6519607969420.2165032193471.18073285108-18.78525107196.56686254495-25.2151075872
33.247930389920.4211653224733.121938708231.278740611030.8129531235946.85987325963-0.02433430964570.54786069694-0.165654904406-0.2896861667440.1845299471170.533329320468-0.0586335314384-0.270125772054-0.1742796701381.35459906966-0.172641697652-0.5213323497390.928755540350.2302393447151.625673927148.265417694726.135129298332.2198151371
44.103758627210.2427280615651.159136613381.0058995251-0.01014905672121.198684525480.17728648732-0.318017908725-0.4983176190870.51831525810.0553039890163-0.3296220242790.2678460737360.192696085273-0.2028451466721.75639314176-0.183885642455-0.6489942737061.155279211710.3626711110031.5847588293-20.8083025313-35.97742876622.34432234636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B
3X-RAY DIFFRACTION3Chain C
4X-RAY DIFFRACTION4Chain D

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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